直至13世纪，阿拉贡和卡斯蒂利亚对宗教少数派（犹太人和穆斯lin）保持宗教宽容。但是在14世纪犹太人的境遇直转急下，迫害在1391年的大规模屠杀——当时除了阿维拉，其他主要城市都发生屠杀——中达到高潮。在接下来的一个世纪里，总数为20万人的西班牙犹太人中有一半都改宗信基督教（成为“改宗者”）。迫害的最后一个阶段由两位“基督教君主”施行，他们在1492年发布诏令，命令剩余的犹太人改宗，否则将被驱逐出西班牙诸国。根据不同的信息来源，被驱逐的犹太人的数量可能从4万到12万不等。在接下来的几十年里，穆斯lin也遭受到相同的命运——被迫改宗（改宗者被称为“摩里斯科人”）或被驱逐。犹太人和穆斯lin并非这个时期唯一遭受迫害的人群。吉普赛人也面临着悲惨的命运：所有年龄在18-26岁之间的吉普赛男性都必须在桨战船上服役——这相当于判他们死刑，但是其中的大部分都成功的躲藏起来并逃避追捕。
西班牙语和大学
在13世纪，西班牙诸国的基督教地区存在多种语言，包括卡斯蒂利亚语、加泰罗尼亚语、巴斯克语、加里西亚语、阿兰尼斯语和莱昂尼斯语。但是一个世纪之后，卡斯蒂利亚语（即现今的西班牙语）成为卡斯蒂利亚王国内最重要的文化和交流工具。在卡斯蒂利亚费尔南多三世统治的最后一年，官方文件开始使用卡斯蒂利亚语撰写；直到阿方索十世统治期间，卡斯蒂利亚语成为官方语言。从此之后卡斯蒂利亚所有的官方文件都使用卡斯蒂利亚语撰写，所有的外语文本也都由原来翻译为拉丁文本改成翻译为卡斯蒂利亚语文本。
13世纪，莱昂和卡斯蒂利亚建立许多大学，如萨拉曼卡大学和巴伦西亚大学都是欧洲最早建立的大学。在伊莎贝拉和斐迪南治下，萨拉曼卡大学教授安东尼奥·德·内夫里哈撰写的《卡斯蒂利亚语语法》的第一个版本在1492年出版。
西班牙帝国
西班牙帝国是近现代历史上第一个全球性帝国。它也是世界历史上规模最大的帝国之一。在16世纪，西班牙诸国和葡萄牙是欧洲进行环球探险、殖民扩张和开拓跨洋商路的急先锋。当时西班牙和美洲大陆之间的跨大西洋商路和途径菲律宾的东亚与墨西哥之间的跨太平洋商路十分繁荣。西班牙征服者摧毁阿兹特克文明、印加文明和实际上经已走到衰落尽头的玛雅文明，将北美洲和南美洲的广阔土地纳入自己的版图；又于1580年入侵葡萄牙王国，建立西葡帝国。西班牙帝国依靠其经验丰富的海军纵横大洋；依靠其着名的、可怕而训练有素的步兵——西班牙步兵大方阵在欧洲战场上占尽优势。正如着名法国历史学家皮埃尔·维拉（pierre Vilar）所说：“这是人类历史上正在上演的最特别的一幕史诗。”在16和17世纪，西班牙文化也正处于其黄金时代。
但是最初的美洲殖民地是令人沮丧的，尽管殖民对于贸易有刺激作用，当时的贸易规模仍然很小。随着殖民者来到新大陆的天花和麻疹等疾病使土着人口急剧减少，特别是在阿兹特克、玛雅和印加等文明的人口聚居区；而这又进一步削弱被征服地区的经济发展潜力。
在16世纪20年代，墨西哥的瓜纳华托发现银矿，开始大量产出白银，其后又在墨西哥的萨卡特卡斯和秘鲁的波托西发现银矿，美洲的白银输出急剧增加。运载白银的船队往返于大西洋两岸，重新带动西班牙的经济，使其得以进口奢侈品和谷物。白银输出同时也是西班牙哈布斯堡王朝维持其用于进行在欧洲和北非的一系列战争的军事力量的重要财政来源，虽然除了17世纪的少数年份，西班牙本土（特别是卡斯蒂利亚地区）的税收仍然是殖民帝国最重要的收入来源。尽管从17世纪40年代开始，西班牙诸国便经历着军事力量和经济实力的衰退，但是自1580年西班牙诸国和葡萄牙王国形成君合国（1640年重新分离）开始到19世纪其失去美洲殖民地，期间它都是世界上最大的殖民帝国。面对新的挑战以及殖民帝国建立过程中遇到的困难和灾难，西班牙的思想家们在自然法、国家主权、国家法、战争和经济等方面阐述最初的现代思想。在萨拉曼卡学派等的影响下，他们甚至对帝国主义的合法性提出质疑。
西班牙哈布斯堡王朝
西班牙诸国在哈布斯堡王室统治时期达到顶峰，随后又陷入衰退。身兼神圣罗马帝国的皇帝和西班牙诸国的国王查理五世（卡洛斯一世）治理下的西班牙诸国在欧洲的领土达到极限。
由于胡安王子和伊莎贝拉公主先后去世且都没有存活的后代，胡安娜和菲利普夫妇成为双王的继承人。1504年伊莎贝拉一世驾崩，胡安娜和菲利普继位，菲利普称费利佩一世。1506年费利佩一世驾崩，斐迪南成为卡斯蒂利亚摄政，1509年以胡安娜精神失常为由将其关在一家修道院里。1516年斐迪南驾崩，胡安娜继位为亚拉冈女王，胡安娜的长子查理也根据母权继位称共治国王卡洛斯一世，名义上与胡安娜共治，但胡安娜仍然被关在修道院里直到1555年驾崩。1519年，卡洛斯登基为神圣罗马帝国皇帝查理五世。从此西班牙诸国便越来越深地卷入欧洲的王朝斗争之中。
查理五世并不经常待在西班牙，而在其弥留之际，他将哈布斯堡的庞大遗产分为两部分：一部分是西班牙诸国及其在地中海和海外的财产，另一部分是神圣罗马帝国。此外，哈布斯堡在尼德兰的财产仍然归属于西班牙国王。