汉密尔顿的财政措施有助于结束美国独立战争后财政的紊乱状况，增加了联邦政府的税收，促使商业集团、证券持有者、股票经纪人、投机家获取暴利致富，但严重地损害了农民、手工业者、退伍士兵和小店主等人的利益。汉密尔顿的财政措施，激化了国内的阶级矛盾。广大的城乡劳动者对商业集团、投机家的巧取豪夺，表示极大的愤怒。汉密尔顿的财政措施也导致资产阶级内部代表两种不同利益的政治派别的斗争。杰斐逊服膺天赋人权思想，主张给予人民以一定的自由、民主权利，同城乡劳动者的反抗结合起来，对汉密尔顿派有利于少数富有商业资本家、投机家进行掠夺的政策展开了斗争。
杰斐逊派组织的民主共和党同汉密尔顿派领导下的联邦党，在美国政治斗争日趋激化的形势下出现，遂使两党制开始形成。双方互相攻讦，力图将对方驱逐出政府。汉密尔顿因其财政措施得到华盛顿的支持，在联邦政府中的地位较为巩固。1793年底，杰斐逊辞去国务卿的职务，汉密尔顿派垄断了政府的权力。
1794年，在宾夕法尼亚西部边疆，爆发了威士忌酒事件的农民起义。汉密尔顿从邻近的数州调集1.5万民兵，亲赴现场，镇压逮捕了没有来得及向西部撤退的起义领袖18人，押送到华盛顿。汉密尔顿这一措施激起广大劳动者的愤怒。
这一时期，欧洲爆发的法国资产阶级革命引起英、俄、普、奥等国的武装干涉。随着法国革命的动荡不宁，英法矛盾激化。在英法的冲突中，从1792到1794年，汉密尔顿派与杰斐逊派的斗争又扩大到了外交方面。亲英与亲法就成为两个党派外交政策的分野。杰斐逊派赞扬法国革命，主张支持革命的法国人民。汉密尔顿派仇恨法国革命，重视同英国的贸易，认为对英贸易的入口税有助于推行他的财政措施。当时，英国经常截获美国船只，并拘捕美国海员，英法冲突即将引起英美冲突。汉密尔顿坚信对英国作战无异于全国性的自杀行为。联邦党人控制的政府，于1794年派遣最高法院首席法官约翰·杰伊赴英，11月签订妥协性的《杰伊条约》。英国同意放弃北美西北地区的若干贸易据点，杰伊允诺替英国债权人清理旧债务，主要是南部种植园主欠下的。《杰伊条约》对美国出口加以种种限制，且没有使英国同意停止对美船的拦截活动，引起全国人民的反对。汉密尔顿公开地为这个条约辩护。至此，汉密尔顿的对内对外政策，都引起杰斐逊派和劳动人民的反对。1795年，汉密尔顿不得不辞职，但他的财政政策措施，由新任财政部长小奥利弗·沃尔科特贯彻下去。
总的来说，二人尖锐对立，根源在于两个人有不同的社会理想及不同的建国方略。两位伟人处处针锋相对，寸步不让。两人在建国方略上存在着严重的分歧，主要表现在两人有不同的政治与经济建设的方针与主张。在政治领域，杰斐逊从对人民的高度信任出发，极力主张加大民选的立法议会的权力以有力制约行政部门;汉密尔顿则从对人民的极端不信任出发，主张建立一个高度集权化的行政部门以有力制约民选的立法议会。在经济领域，杰斐逊想走农业立国的道路;汉密尔顿则想走工商业立国的道路。
汉密尔顿与杰斐逊的尖锐斗争，吸引了美国众多学者的注意。学者们写出大量巨着，对二人做出评价，并从政治、经济、思想等各个角度分析其斗争的实质与意义。总的说，特别是在\"进步学派\"占统治地位的20世纪上半叶，美国史学界明显存在着\"抑汉扬杰\"的倾向。二战后，\"进步学派\"的地位发生动摇。近几十年来，有众多美国学者写出赞誉汉密尔顿的着作，纠正了\"抑汉扬杰\"的倾向。随着世事的不断变迁，人们的思想也在不断发生变化，同时不断对过去进行反思，纠正偏激看法。美国越来越多的历史学家达成这样的共识:汉密尔顿与杰斐逊都是建国时代的伟人，都对美国历史发展做出了杰出贡献。虽然这两位伟人尖锐对立，其结果是\"相辅相成\"。路易斯·哈克认为，美国已从不同角度接受了两位伟人的影响，如果美国人相信政治民主化是不可缺少的，就得承认杰斐逊的不朽贡献;如果美国人相信稳定的政治制度和有尊严的政治是必要的，就得承认汉密尔顿的不朽贡献。\"两个人的贡献都是巨大的。我们都是杰斐逊者，我们都是汉密尔顿者。\"纳尔逊.布莱克说，\"像汉密尔顿、亚当斯和马歇尔这样的联邦党人，都为他们的国家很好的尽了力。尽管他们并不信奉民主，但是，他们的积极进取的国家主义有助于创建一个强大的、稳定的政府，这个政府最后能够被引向民主目的。\"尽管在美国仍有学者对汉密尔顿的历史地位提出挑战，但已不属于美国史学界的主流看法。
决斗与逝世
1795到1796年，汉密尔顿虽致力于法律和经营生意，仍写了《卡米勒斯信件》的政论文章继续为《杰伊条约》辩护。
1798年7月，同法国作战的气氛很浓厚，在华盛顿的要求下，约翰·亚当斯总统不得不任命汉密尔顿为督察将军。这是仅次于华盛顿享有的荣誉。汉密尔顿占有这一职位直到1800年6月2日。
亚当斯对汉密尔顿身居这样的高位很不满意，力图摆脱汉密尔顿的控制。当时汉密尔顿气势凌人，准备在英国的配合下，进占新奥尔良、路易西安那和东、西佛罗里达(当时分别为法国、西班牙的殖民地)，并进军墨西哥。而在1799年，亚当斯任命一个3人使节团赴法，蹉商如何调解两国纠纷的问题。通过谈判，美法关系迅速趋向缓和。亚当斯的这一外交成就，激怒了汉密尔顿。他积极在联邦党内策划，在1800年总统选举中另行推选查尔斯·平克尼为总统候选人。联邦党至此分裂。