马来西亚成立之初，即经历了马印冲突、1965年8月9日新加坡脱离大马、1969年的五一三事件及1969年居銮水灾。1969年5月13日，首都吉隆坡发生严重的种族冲突，政府颁布紧急状态。事发后，阿卜杜勒·拉扎克政府开始推行颇受争议的新经济政策，目标是想通过配额制，提高土着的经济权益比例。此后，马来西亚维持一套精心规划的族群政治平衡，政府体系试图将整体的经济发展，与政治经济政策相结合，以提倡所有民族的参与。
1981年至2003年马哈蒂尔·穆罕默德担任总理期间，马来西亚经历了快速的经济成长。由原先以农业为基础的经济，转变为以制造业与工业为主的经济，特别在电脑与消费性电器产品。在这段期间，马来西亚的地理景观也因着多项大型计划而改变,其中包括国家石油公司的双峰塔（曾经是世界最高建筑物，目前仍是全球最高的双子星大楼）、吉隆坡国际机场、南北大道（全国最长也是全东南亚最长的收费高速公路）、雪邦国际赛道、多媒体超级走廊、砂拉越巴贡水坝以及新的联邦行政首都布城直辖区。1998年，亚洲金融危机使马来西亚的经济和政局严重受挫。马哈蒂尔在痛斥外汇投机客的同时，拒绝副总理安瓦尔以及国际货币基金组织的“药方”，对货币进行管制。经济专家当时认为，外资将因此却步，马来西亚将会步入经济衰退期。然而，马哈蒂尔独树一帜的政策很快就见效，领导马来西亚走出金融危机的阴影，经济复苏步伐是当时受金融危机打击国家中最快的。1999年，经济增长率就接近危机前的水平，经济重新步入了稳步成长的轨道。因为努力推动国家经济发展，马哈蒂尔被尊称为现代化之父（bapa pemodenan）。
2004年大选，国阵获得全民支持，历史性地赢得90%国会议席，继续执政。2008年大选，国阵政府面对反对党的强烈抗衡，首次失去1969年以来国会三分之二的多数议席。3大反对党即人民公正党、民主行动党和伊斯兰党结盟，称为人minlian盟。2013年大选，国阵政府失去国会三分之二的多数议席之余，更失去了另外的7个国会议席。州议席方面国阵政府依旧稳如泰山，顺利地赢得了13个州属中的10个，其中一个州属是反对党之前所执政的吉打州。 此外，2015年之前由伊斯兰党、人民公正党和民主行动党所成立的的人minlian盟（minlian），由于伊斯兰刑法争议，成员三党之一的伊斯兰党于2015年6月15日决定与民主行动党断交。6月16日，民主行动党秘书长林冠英宣布minlian不复存在。同年6月17日公正党承认minlian瓦解。
纳吉布任内设立了一个马来西亚发展有限公司（1mdb），其设立目的为建立全球伙伴关系和促进外商直接投资，是国家的战略举措。然而，1mdb却在2015年被爆出负债110亿美元，前总理马哈蒂尔·穆罕默德表示，1mdb借贷太多，而且缺乏透明度。随后，美国《华尔街日报》报导称有7亿美元（折合马币约26亿林吉特）从此公司转入纳吉布·阿卜杜勒·拉扎克的私人户口，引发马来西亚国民哗然。1mdb贪腐案也涉及许多国家。马哈蒂尔和时任副总理穆希丁的阵营公开批评，导致马哈蒂尔失去在国家机关和公司担任的职务，穆希丁也丢失副总理职位。对此，纳吉布与1mdb皆予以否认，纳吉布更声称此事件为“政治迫害”。2016年1月26日，马来西亚总检察长丹斯里阿班迪表示，上述争议款项是沙特阿拉伯王室2013年作为私人捐款送给纳吉布的，而纳吉布亦已将其中6.2亿美元退还王室。他说，纳吉布没有违反任何法律，也不会受到任何制裁，此案到此为止。批评人士指出，一个由纳吉布新任命的总检察长，如今宣告纳吉布没有犯罪，虽然再次使纳吉布政权恢复了“合法性”，但是笼罩在纳吉布政权头顶上的“不信任阴云”丝毫没有消散。2020年7月28日，吉隆坡高等法庭宣判，纳吉布涉及一马弊案的SRc洗钱案的7项指控全部成立，判处监禁12年和罚款2亿1000万林吉特，若无法缴付罚款则加监5年。
2015年9月22日，在野联盟希望联盟成立，由人民公正党、民主行动党以及从伊斯兰党分裂出来的国家诚信党组成。2017年3月14日，马哈蒂尔·穆罕默德领导的土着团结党加入希望联盟。2018年大选，前总理马哈蒂尔率领的希盟夺下国会（即下议院）的121席位，超过总席位的半数，成功执政，该联盟推举的总理候选人马哈蒂尔成为马来西亚第7任总理，并终结纳吉布领导的国阵61年来的长期执政，完成首次政党轮替。93岁的马哈蒂尔也因此成为当时全球最高龄的国家领导人。
2020年2月末，希望联盟政府倒台，引发政治危机。希望联盟成员土着团结党分裂，以zhuxi穆希丁为首的大多数成员称土团党退出希盟，与之前的执政联盟国阵及未曾执政的伊斯兰党组成国minlian盟，并在3月1日正式组成新政府，由穆希丁出任总理。然而穆希丁得以在此次政治危机中任相充满争议，而前任总理马哈蒂尔·穆罕默德则形容穆希丁的做法等同背叛。2021年8月，马来西亚guojiayuanshou苏丹阿卜杜拉宣布接受穆希丁呈辞及内阁总辞，并在该月委任巫统副zhuxi伊斯迈尔沙必里成为马来西亚第9任总理。伊斯迈尔沙必里来自巫统但获得国minlian盟支持，上任后便推行“大马一家”（Keluarga malaysia）口号，其所属联盟国阵也在马六甲和砂拉越州选中取得2\/3的席位，在2022年马来西亚大选后国阵大败，希盟和国盟在下议院发生大马首次悬峙政局，而政治危机在安瓦尔被委任为第10任总理下才终结。