凌虚与玉鼎真人聊了几天后，因为元始天尊刚讲完道，玉鼎真人却是要闭关感悟一番，于是凌虚拜别玉鼎真人后，离开了玉鼎真人的洞府。在去拜访其他阐教师兄时，见他们纷纷封闭了洞府，凌虚也不在打扰。
凌虚再次来到玉虚宫，这次却是来向元始天尊辞别，经白鹤童子通传后，凌虚进入玉虚宫中，向元始天尊禀明来意后，元始天尊勉励凌虚回去后好生修炼，不可懈怠，然后就让他下山去了。
凌虚出了玉虚宫，汇合了早已等候在这里的凌叶等人，在白鹤童子的带领下走下了昆仑山。“凌虚就此拜别，白鹤师弟保重！”
“师兄保重！”
待凌虚一行人走远后，白鹤才返回玉虚宫，继续服侍玉清圣人。凌虚一行人徒步离开昆仑山，向东南方向行去，准备回山闭关修炼。
此行下山，凌虚与凌叶尽去心中羁绊，修行路上再无顾忌，凌虚此次上昆仑山，又听元始天尊讲道五十余年，凌叶也收了水灵为弟子，几人却是都需要安稳下来，或静心修炼，或教导弟子。
好在在昆仑山的五十年间，水灵修为大进，成功筑基，凌虚却是可以带着他们驾云前行。在离开昆仑山地界后，凌虚即招来祥云，带着凌叶三人一路不停的向云梦山飞去。
不止一日，凌虚带着三人终于回到云梦山，穿过护山法阵，凌虚一行人消失在云梦山中。凌虚降下云头，一行人落于天机洞前，凌叶不等将自己的徒弟安顿好，就匆匆忙忙的向天机洞内跑去，凌虚只好留下来安排一切。
凌虚先唤来青蛟，将青蛟介绍给火蛟和水灵认识，然后让她二人各自介绍自己。在得知水灵是凌叶的徒弟后，清楚凌叶与凌虚关系的青蛟，尽管水灵只有筑基期修为，还是恭恭敬敬的向水灵行了一礼，而知道火蛟只是一个道童后，煞有其事的来到火蛟身边，静等火蛟向自己行礼。
看着青蛟那洋洋得意的样子，凌虚却是没有多说，交代了青蛟带着她二人参观一下道场后，自己也进入天机洞内。
果不其然，凌虚进入天机洞后，就看到凌叶正抱着小白泽逗她，而小白泽似乎并不领凌叶的情，反而有些抱怨凌叶打搅了自己的好梦，此时正在凌叶怀中闹腾。反倒是凌叶自己被小白泽挠的笑声不断。
凌虚看了一眼凌叶说道“叶子，我去闭关了，我已安排青蛟带着水灵她们去参观云梦山了！”
“恩”听了凌虚之言，凌叶回应了一声后，看着怀中的小白泽，有些不舍的说道“野，你先去修炼吧！等水灵回来，我交代一下她修炼的注意事项后，就去闭关。”
凌虚见状就径直来到蒲团处，盘腿坐下开始吐气调息，进入修炼状态。消除心中羁绊后，凌虚对道法的感悟快了不少，连带的修炼速度也快了许多。
修炼了一段时间上清仙法后，凌虚转而开始修炼九转玄元功。九转玄元功是凌虚主要修炼的功法，虽然修炼之法极为艰难，而且进度也极为缓慢，但是凌虚每次修炼时都会留有很长的时间来修炼。
灵气不断被凌虚引入体内，在九转玄元功法的运转下，不断的强化凌虚的肉身，如今凌虚已经将九转玄元功修炼到第四转，修炼时不仅要锤炼肉身，还要锤炼元神。
对于如何锤炼元神，凌虚却是有自己的独特之法。因为祭炼紫电惊雷枪，使得凌虚在雷法上的造诣比之寻常修士要强上不少，再加上通天教主传下的上清神雷修炼之法，所以凌虚的施展的雷法威力异常强大，而凌虚锤炼元神之法，就是将元神沐浴在雷海，利用神雷之威来锤炼元神。
由于凌虚利用雷法来修炼玄功，以至于在凌虚闭关的地方不时传来神雷轰鸣之声，使得凌叶不得不出来查看一下凌虚的状态。
凌叶将自己的弟子安顿好后，也自寻地方修炼。如今修炼洞府变得更大，凌叶可选择的地方更多，由于小白泽就在这里睡觉，凌叶为了陪在小白泽身边，所以就将闭关场所选在了天机洞内洞。
发现凌虚只是在利用雷法修炼后，凌叶虽然感觉凌虚修炼之法过于残忍，心中有些担心外，倒也没有打扰凌虚修行，只是出洞安抚了一下被震惊的水灵等门下后，又继续去修炼了。
凌虚一修炼就是数百年，直到凌虚感觉自己招来的神雷无法再锤炼自己的元神后，凌虚才停止了九转玄元功的修炼。经过数百年的修炼，凌虚的九转玄元功虽然未能突破至第五转，但是也到了第四转巅峰，只是缺少一个突破的契机。
修为上达到瓶颈后，凌虚仍未就此出关，而是祭出自己的灵宝开始祭炼起来，使自己可以充分发挥灵宝的威力，同时也使自己对灵宝中自带的法则有更深的领悟。
如今凌虚拥有的先天灵宝有紫电惊雷枪、一气乾坤扇、定海神珠，天机图四件，除了定海神珠无法带出东海被凌虚留在了别府内，其余三件都在凌虚身边。
凌虚先祭起紫电惊雷枪，一边祭炼其中的禁制，一边领悟禁制中的雷道法则。作为凌虚第一件得到的先天灵宝，这些年来多凌虚的帮助还是很大的，无论是道法上的运用，还是法则上的领悟。而且凌虚喜好枪术，所以想尽快将紫电惊雷枪祭炼完全。
只是紫电惊雷枪的品级较高，在修为不足的情况下，凌虚根本做不到将其完全祭炼，所以只能尽自己最大的能力来祭炼。祭炼了紫电惊雷枪后，凌虚又将一气乾坤扇和天机图祭炼了一下，由于这两件灵宝只是辅助修炼，所以凌虚并没有太过投入。
在凌虚感觉到在修炼也无法再提升自己的实力后，凌虚才停了下来，起身离开了天机洞。
凌虚出了天机洞后，径直来到了药田，施法将药田的范围又扩大了一倍后，凌虚将一气乾坤扇祭出，将游历过程中收集的灵药纷纷取出，种在了药田内，凌虚还将自己偶然得到的一眼灵泉也放置在了药田旁。
接着凌虚又去寻找降龙木的移植场所。在挖出降龙木后，又在其下方遇到极寒之水，那时凌虚就意识到降龙木与这极寒之水是伴生的，所以在移植降龙木时凌虚也需要将极寒之水一同放下。