公元前1077年，拉美西斯十一世去世。原大臣斯蒙迪斯一世夺权政权，在下埃及建立了第二十一王朝，而在上埃及，则由拉美西斯十一世的利比亚女婿赫里霍尔统治，埃及再次分裂陷入混乱统治时期。在埃及西边的利比亚人在这个混乱时期终于登上了埃及的政治舞台，从公元前945年开始，利比亚人逐步统一了整个埃及，建立了古埃及第二十二王朝（利比亚王朝），统领了埃及两百多年。利比亚人并不崇尚埃及文化，统治阶级眼里只有金钱利益，这导致了埃及国内乌烟瘴气，贪污腐败层出不穷。
公元前818年，帕杜巴斯一世在西奈半岛及尼罗河下游三角洲地区自立为王，建立了古埃及第二十三王朝。公元前730年，位于尼罗河下游西部的塞易斯统治者建立古埃及第二十四王朝。在埃及南方，沉寂了近千年的努比亚人也在这个时候露出了贪婪的獠牙，他们从南向北攻，一不小心就统一了整个埃及，建立了古埃及第二十五王朝。和利比亚人不同，努比亚人比埃及人还埃及，他们是埃及文化的狂热追随者，现今苏丹境内数量庞大的金字塔就是最好的证明。努比亚人统一了埃及之后，古埃及无可奈何的迎来了他们的首位黑人法老：皮耶。
黑人法老在埃及统治了一百年，直到亚述人的到来。在前文提到，亚述人在偷偷摸摸猥琐发育后掌握了铁制冶炼技术，残暴的亚述人终于显露出他们凶残的属性，整个中东深受其害，富庶的埃及地区当然也是亚述人的目标之一。
这个时候赫梯帝国已经被亚述所灭。皮革木盾的努比亚人对阵装备精良和军事素养极佳的亚述人，再英勇的战士都是不可能赢得胜利的，努比亚人最终只能灰溜溜逃回故乡祖地。野蛮的亚述人对埃及文化是毫无兴趣的，他们的眼里只有埃及的财富，于是埃及被亚述人殖民统治了。
普萨美提克一世，一位懂得忍辱负重的枭雄，他原本是第二十四王朝统治者的后裔，在亚述帝国击败努比亚的人时候，普萨美提克一世主动投奔亚述人，最终获得亚述人的信任。公元前664年，普萨美提克一世被亚述国王任命为埃及总督。10年后，亚述国内爆发内战，埃及境内的军事力量被抽调一空。普萨美提克一世知道，苦等的机会终于来临，他率领埃及人民扫清了埃及境内的亚述残余力量，并且一路高歌猛进，击败盘踞在上埃及的努比亚人，建立了古埃及第二十六王朝。
第二十六王朝积极发展农业与商贸，国内经济欣欣向荣，法老权威再次被确立，这个过程持续了一百多年。可恶的亚述帝国也被新巴比伦王国和米底王国击败，但是比较悲催的是，一个更加强大的波斯帝国也如期而至。居鲁士大帝的继承者，冈比西斯二世率领水陆两路大军同时进攻埃及，加上埃及海军上将的叛变，埃及最终沦陷，埃及地区成为阿契美尼德王朝的一个行省。
第一次征服埃及的波斯人并没有虐待埃及人，冈比西斯二世给予了埃及寺庙众多的特权，埃及文化并没有受到伤害。冈比西斯二世最终加冕为埃及法老，波斯化的第二十七王朝建立。在波斯人统治的100多年时间里面，埃及人爆发了四次反抗波斯的大起义。公元前404年，波斯帝王大流士二世去世，波斯国内进入内战，埃及第二十六王朝的后裔普萨美提克五世乘机暴动起义，夺权埃及政权，定都塞易斯，建立埃及第二十八王朝。
普萨美提克五世仅仅在位5年，就被内法阿鲁德一世刺杀，内法阿鲁德一世随后建立古埃及第二十九王朝。第二十九王朝也很短命，唯一值得一提的就是，它曾经与斯巴达结盟，共同对抗波斯帝国。
公元前380年，军人出身的内克塔内布一世夺取了埃及政权，建立了古埃及第三十王朝。这个朝代的埃及，才正式出现了标准化的铸币。第三十王朝也仅仅统治了埃及37年的时间，在此期间，波斯人不断地向埃及发起进攻，但是都被埃及联合希腊人一一打回去了。公元前343年，波斯帝王阿尔塔薛西斯三世几乎收买了所有的希腊城市，并且成功策反了英勇善战的希腊士兵成为波斯雇佣军。面对强大的敌人，这次埃及军队的抵抗显得苍白无力，埃及再度被波斯人攻陷。
愤怒的阿尔塔薛西斯三世下令波斯士兵摧毁埃及神庙，大肆破坏标志性建筑以及烧毁相关的埃及宗教文献，埃及文明遭受了毁灭性的打击。波斯人甚至极大地提高了埃及地区的赋税，让整个埃及人民持续地生活在水深火热之中。生活的温饱问题都不能解决，是没有资格谈论精神的，而且往后的10年里，留守埃及的波斯驻军一直都在忠实地执行摧毁埃及文明的任务，也就是从这个时候起，埃及文明开始出现断层。
历史把波斯的第二次统治称为古埃及的第三十一王朝。亚历山大来到埃及驱逐波斯人后，埃及人民是毫无抵抗地欢迎希腊人的统治的。亚历山大最终也是加冕为埃及法老，建立了希腊化的第三十二王朝。埃及文明与希腊文明开始互相融合，现今埃及的第二大城市城市亚历山大港就是当年希腊猛男留下来的历史痕迹。比较可惜的就是世界“八大奇迹”之一的亚历山大灯塔在1303、1332年两次地震中不幸受损沉入海底。
亚历山大突然暴毙后，原亚历山大的马其顿帝国在埃及地区的总督托勒密自立为王，建立了古埃及第三十三王朝（托勒密王朝）。托勒密王朝与继承波斯地区的塞琉古王朝为了争夺地中海与爱琴海的霸权，前前后后打了六次叙利亚战争，把双方打得是筋疲力尽。
托勒密王朝最后一位君王叫克利奥帕特拉七世，她就是大名鼎鼎的古埃及最后一任法老，我们习惯称她为埃及艳后。埃及艳后为了保住埃及，先是主动成为了凯撒大帝的情人，凯撒被暗杀后，埃及艳后又主动交好凯撒的手下安东尼，并且与安东尼领证结婚生小孩，埃及艳后活生生地为埃及续命了22年，最后安东尼被屋大维打败，安东尼和埃及艳后双双死去，埃及最终还是没能逃脱成为罗马帝国的一个省份的命运。
到了阿拉伯帝国崛起，埃及继续沉沦，成为了阿拉伯帝国的另外一个省份，并且开始了漫长的伊SI兰化，古埃及文明只能在记忆中去寻找了。