这场后世史家称之为“宫之焚”的大火，整整烧了一天一夜还多。子末丑初，第一个火头自“御车寄”冒起；直到次日卯初，整个“御所”的大火才完全熄灭。
精美恢弘的“御所”一片焦黑，到处残垣断壁，再也找不到一间完好的房屋。
士兵们一边搬开断梁残瓦，搜寻尸体和可能的生还者，一边往废墟上浇水，防止死火复燃。“御所”中，处处余烟袅袅，时时水汽弥漫，和刺鼻的焦臭一起，共同构成了一副诡异的“有味道”的画面。
太阳升起来了，光柱在烟雾和水汽中穿行，人影晃动，却没有人高声说话，火灾现场笼罩着一种令人不安的寂静，使得这幅画面显得愈加鬼魅。
一具具尸体被摆在已经变黑了的“白沙地”上。这些尸体，有的已经焦烂扭曲，面目全不可辨；也有的是死于浓烟窒息，形状尚算完整。
情形愈来愈不对劲。
寻找尸体和生还者的工作已经进行了大半，但不论是死是活，迄今没有找到一个宫内的真正重要的人物：
今上天皇；孝明天皇的异母妹妹敏宫；孝明天皇的遗孀们，“女御”——皇后九条御子，“典侍”——妃嫔，包括今上天皇的生母中山庆子，还有两位在“和宫下嫁”中发挥重要作用、曾经名列“四奸二嫔”的堀河纪子、金城重子——前者的另一个身份是岩仓具视的姐姐，后者的另一个身份是千种有父的妹妹。
这些人，统统不知下落。
不能完全排除有人烧得面目形状不能辨认——但这种可能性很低。因为火头是从西边的“御车寄”烧起的，由西而东，再而北，这才烧到天皇居住的“常御殿”，最后才烧到先帝的皇后、妃嫔们居住的地方。以上人士，应该有足够的时间逃生，一个都没逃出来。绝无是理。
当然，也可能全部都逃了出去。火头既然由西而东，再而北，如果要逃生。自然是向东、向北，而萨摩藩守卫的乾门，就在东北方向。
萨摩藩一口咬定：这些大人物，俺们一个也没有看见。
更加不对劲的是，倒幕派那几位最重要的公卿，如中御门经之、中山忠能、岩仓具视、千种有父，迄今不见踪影。
幕府派人上门查问，几家人都是相同的说法：前天傍晚，宫里来人将老爷传走了。
最有意思的是：同时传进宫去的，还有几位大人的世子。
情形愈来愈清楚了：这是“火遁”啊。
乾门虽说由萨摩藩掌握。但幕府的探子和新选组一样在暗处施以严密监视。正常情况下，不管白天黑夜，几十至百来号人，加上必不可少的辎重，从容出宫而不被发现。没有任何可能。
但“御所”大火，幕府和会津藩的注意力被火势吸引，精力完全放在灭火上面，加上其时的局面混乱无比，此时在夜幕掩护之下，趁乱出宫，最是神不知、鬼不觉。
而且。大火继续燃烧，整整又烧了一天一夜。于是，在被发现“人不见了”之前，逃亡者们就有了足足一天一夜的宝贵时间，消除踪迹，远离追兵。
“清君侧”的口号嚷得太凶了。居然把“瓮中之鳖”吓跑了！
“瓮中之鳖”？唉，想当然耳！人家其实原本就不在自己的“瓮中”啊。
萨摩藩和倒幕派勾起手来搞鬼无疑，说什么“第三次请辞若还不获准，就自行撤离乾门”，还假惺惺地和会津藩约定“交接防务”。戏演得真好！
想到被人摆弄于股掌之上，松平容保气炸了肺。可又能够怎样？扑上去咬人家？
萨摩藩声称，天皇陛下下落不明，“御所”又变成了这副样子，俺们在京都也没啥事可干了，这就“自行撤离”——不过晚了一天而已，可别说俺们食言啊。
幕府顾不上萨摩藩了，现在的当务之急，是要把天皇追回来，不然，还不天下大乱？
现在的京都，已经开始乱了。
流言四起，人们暗地里都说，萨摩藩请辞乾门守卫之职，朝廷一再慰留；幕府眼见争乾门而不得，庆喜大人便指使京都守护职松平会津守在“御所”里放火，以此威逼朝廷就范，没想到火借风势，把整个“御所”都烧了！
这个说法，颇有市场。因为火头是从“御车寄”烧起来的，而“御车寄”靠近会津藩负责守卫的蛤御门。
也有人说，幕府不喜欢今上天皇，这把火，就是要谋弑！
奇怪的是，没人说天皇陛下“崩于大火”，而是都认为天皇陛下已经在“忠义之士的扈从下”，及时出了“御所”，“巡幸地方”去了。
幕府现在没有心思“镇压反动言论”，现在的首要任务是搞清楚：天皇一行人，到底去了哪里？
就在这时，轩军“东进支队”终于抵达京都。
京都人从来没有见过这么多外国人。
中国人虽然同文同种，但也是外国人——这也罢了，真正扎眼的，是轩军“东进支队”中，还有一个白人营和一个黑人营。数千名外国人进入京都，特别是里边还有上千名西洋人，对于京都乃至全日本来说，都是天翻地覆的大事。
其时日本虽说已经“开国”，但根据相关条约，洋人们主要集中在长崎、神户、大阪、横滨、江户这些地方，京都几乎是一个洋人都没有的。
之所以出现这种情况，主要是孝明天皇坚定不移的“攘夷”的态度。
孝明天皇大概是全日本最厌恶和害怕洋人的人了。他称洋人为“丑夷”，视之为不洁之物、洪水猛兽。做为天皇，他的一切思想和行为都以“攘夷”为出发点和中心点。京都之所以成为“尊王攘夷”的大本营，倒幕派之所以能够利用“攘夷”向幕府叫板，孝明天皇对洋人的这种几乎算是生理上的反感，是很关键的原因。
幸好孝明天皇已经挂掉了，不然，天皇陛下单是看一眼这一千名“丑夷”，就足以背过气去。
严整的军容，雪亮的刺刀，拖过街道时隆隆作响的大炮，加上马关豪商被屠戮净尽、长州藩兵全军覆没的传闻——京都人看着一队队走过的蓝色洋装的士兵，整个城市突然间变得安静起来。人们见面说话的时候，不由自主压低了声音：哪怕在私底下，也很少有人再传播“幕府火烧御所”、“天皇巡狩”之类的话头了。
京都人——或者说日本人——心中的某一块地方塌陷了。
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