魏公公甚是惊讶，他没想到提出废除天皇的竟然是日本儒学界这些人。
不过稍加思索也就明白了，莫说主张“融中亲中”的日本儒学界，便是普通的日本人，对于京都那个天皇都谈不上什么敬畏与忠诚。
这是日本特定的历史因素形成的。
武人开创的幕府虽然一直强调忠君，不过这个君乃是将军，而非天皇。幕府之存在也是对天皇权威的最大蔑视。
更休提现在的日本皇室只有一小块封地，因为没钱，皇室都得派人在街上出售字画来获取微薄收入。
德川幕府建立之后，更是在财政上死死拿捏着京都皇室，在朝政上也是直接干涉，后水尾天皇与其说是天皇，倒不如说是傀儡。
日本人真正将天皇视作神一样的存在，还得两三百年后打倒幕府后的维新。
没有神道教和****加持，天皇这个玩意，自然就不值钱，更不会成为日本读书人心目中不可侵犯的存在。
正如魏公公一直表扬的，儒学不分国界，儒生们的思想觉悟就是高。
众所周知，“尊皇攘夷”、“皇道乐土”一直是皇军的宣传口号，但这个宣传口号在不定的时期内具有暂时性的模糊。
具体理解为，就是不同的人对这个“皇”有不同的理解，比如京都那个年轻的天皇陛下就对这两个宣传口号很感兴趣。
菊机关在京都的密线就向大本营传递过京都方面想和皇明接触的意思，但由于德川秀忠对京都的掌控比较严密，双方无法正式见面会谈。
并且，无论是京都方面，还是皇军方面，都希望正式的会谈能够在京都会战以后。
京都的控制权在谁手中，才能决定会谈是否可以成功进行，并取得双方共同满意的效果。
基于种种现实，魏公公无意现在就向全日本宣告“皇”字一意的真正含义，因为时机尚不成熟。
因此，对于日本儒学界部分人士提出的废除天皇，举国融入大明，以大明之皇帝为日本之皇帝的激进想法，公公是予以认可，但提出了“三步走”方案。
所谓“三步走”方案的第一步，就是先行攻占京都，将后水尾控制在皇军手上，从而能够利用后水尾影响到一些日本藩国，并彻底否定幕府存在之法理性。
这一阶段，皇明及皇军对年轻的天皇陛下是表示尊重的，并尽可能的保留京都朝廷。
第二步便是在控制京都后，上书大明皇帝陛下，册封后水尾为日本国王，仿朝鲜例。
第三步则是皇军在军事、文化、经济上能够彻底融合日本时，进行日本国的正式内附。
第一步和第二步，公公称为“明治时期”，即由大明对日本部分地区的实际统治时期。
这一时期，魏公公保守估计需要五到八年。
第三步，是谓“共荣时期”，又谓“长治时期”，即真正的东亚共荣时代。
“明治时期”，皇军主要推行的除了汉语言教学及科举制度外，就是加强对京都朝廷的控制，并对日本政体和制度进行大改革。
计划中，将由魏公公本人和年轻的后水尾签订《明日议定书》，以确定京都朝廷和大明的正式关系。
这个方案在出台时遭到了近卫师团部分军官的反对，如第一联队长真田一郎、第六联队长李炎昭。
李炎昭提交《解决日本问题的根本方策》文稿，认为皇明对日本之征讨应当是全面的、彻底的，不留任何隐患的。
故皇军应当不断增兵日本，夺取京都之后立即进军江户，在控制日本这两个政治中心后立即向其余藩国进军，以皇军不可战胜的刺刀为皇明彻底解决百年倭患问题，同时亦拯救深陷幕府残暴之统治日本人民。
该文稿中，李炎昭强烈建议大本营不能承认京都朝廷，并要求在京都会战中尽一切条件实现对伪天皇之斩首。
理由就是天无二日，民无二主。
为了实现这一目标，近卫师团部分军官已经开始瞒着大本营，策划对京都的攻击。首发
大本营方面出于对日本的全盘考虑，以及皇军自身军力投放的实际能力，对激进军官的方案自是强烈反对。
“不扩大”是大本营目前对征日作战的总纲领。
参谋长官蒋西凤亲自发文就李炎昭所提交的方案进行了质疑，并要求近卫师团整顿军官思想，执行大本营既定作战方案以及制定的对日占领方案。
李炎昭的回文竟强硬的表示，第一军绝难承服“京都伪政权之存在”。
近卫师团长曹文耀虽是虎将，但在御下这一块过于仁义，显得有些婆妈，老想做老好人，所以针对师团所属各部的混乱意见，曹文耀竟然无法拍板而决，形成一个统一的思想，以致在会议时军官们竟然能够吵成一团。
官司便打到了魏公公这里。
为进一步阐明自己的意见，真田一郎、李炎昭联名上报了《新日本建立方案大纲》，该大纲核心就是提出绝不能满足于只建立亲明政权，如果仅建立一个亲明政权，便不能按帝国的意图行事。
魏公公就这份大纲批示：本来，将日本作为我帝国领土之一部，才是长策。但鉴于历史的渊源，目前急于付诸实施，有可能遭到日本国民的的物议和反对，增加皇军讨伐作战的辛苦，恐非贤明之举。
随后，魏公公下令训斥真田一郎、李炎昭等人，用词极其严厉。并指示葛三郎领导之菊机关立即进行对京都朝廷的“策反”行动。
在无法保证双方会面的情况下，公公指示菊机关必须保证后水尾及皇室、京都朝廷能够留在京都，不随德川秀忠逃往江户或其余地区。
日本儒学界秘密观察团离开后，一月上旬，魏公公从整个战局出发，认为同德川秀忠之幕府中央军主力进行战略会战的时机已经成熟，命令大本营制定了第一军北上攻击京都、有喜支队攻击池田、三田一线、学文支队攻击草津，采取“关门打狗”战法，务将幕府及近藩日军关在京都附近，各个歼灭的作战方针。
史称“统一的大决战”。