破城后，魏兵“屠丸都”，杀死八千余人，唯独对昔日曾死谏国王莫犯魏国的沛者得来一家网开一面，不加处罚。“俭令诸军不坏其墓，不伐其树，得其妻子，皆放遣之。”平叛之后，在当地穿山凿渠，援助居民农业灌溉及交通建设，恩威并济，加强魏国影响力。
正始六年（245年），流亡的位宫迁都复辟，意图再次反叛，毋丘俭率军再征高句丽。位宫望风而逃，奔买沟（今朝鲜咸北会宁）。魏军摧毁其陪都不耐城（又称国内城，今吉林集安市境内。
毋丘俭决心扫荡远东，将高句丽经营数百年的势力连根拔除，同时震慑四夷，于丸都城墟兵分两路，一路派玄菟太守王颀带兵继续北上寒地，夺取句骊北部地区，顺带搜捕东川王，另一路由乐浪太守刘茂、带方太守弓遵率军南下，扫荡朝鲜半岛，清除高句丽的同盟、附庸势力。自领余部，坐镇丸都，降服周边地区。
毋丘俭遣王颀出使扶余国（高句丽北），获得扶余王位居支持。位居向来亲善魏国，遣人运送军粮供给魏军。王颀率北路远征军继续追击位宫，于竹岭大破高句丽残部。位宫军死伤惨重，溃不成军，位宫本人侥幸突围，再度携妻女亲信北逃。王颀军乘胜追击，于东沃沮（南沃沮）境内再败高句丽仆从军，将收留、协助过高句丽王的邑落攻破、清算，斩首三千余级，以此警告东胡各国（部）。东沃沮降。位宫亡命至北沃沮（置沟娄）境内，已无人敢施以援助，唯恐招来魏军报复。魏军仍然穷追不舍，位宫继续北逃，远走肃慎，于次年病死。王颀军亦深入苦寒，过北沃沮再度追击千余里，经挹娄国，一直抵达肃慎南界，（今俄罗斯滨海地区）临海问岛（一说今北海道岛），方才罢休。至此，高句丽在毋丘俭和王颀等人的打击下，名存实亡，领土悉数并入玄菟郡。
而另一支南征魏军也是连战连捷。弓遵、刘茂先是协力击溃濊貊各邑联军并逼迫不耐濊侯举邑投降，与高句丽断交，勒令其定期至郡城向魏国官员宣誓效忠，并接收濊貊当地居民户籍、税赋、劳役。从而将东汉初年废弃的临屯郡（在今朝鲜半岛中东部）故地也再次收入版图。魏军传檄布告半岛，要求南部的辰韩等八国归并魏国乐浪郡。因翻译有误，招致诸韩起兵反抗，攻击带方郡。弓遵、太守刘茂一同带兵南下平叛，合带方、乐浪、新地（临屯）三郡之力，彻底打垮韩军，并灭亡辰韩，成功镇压韩人起义，结束了半岛战争。中原王朝对朝鲜半岛的实际统治版图、控制力度达到了空前的规模。
整个征服战争至正始六年（245年）年初基本结束，毋丘俭、王颀、寇娄敦等远征军指挥官于国内城遗址立下石碑，传于后世。并于正始六年（245年）五月班师凯旋，王颀、刘茂等地方官留守当地。将士们论功受赏，封侯的人达到百人以上。（注：据《三国史记》载，高句丽以诈降计刺杀王颀，打败魏追兵。此事不见于中国史籍，且王颀亦领带方太守、后参与邓艾伐蜀，应为其吹嘘之语，或者误认他人）魏军两次征讨，每次均俘获高句丽人口数千，并将他们迁入内地。
毋丘俭领导的东征，是中原王朝对东北地区有史以来最远的一次征讨。经过征讨，魏之势力远至今俄罗斯滨海地区，不但将句骊绝大部分领土并入幽州玄菟郡，还将朝鲜半岛岭东濊貊地区，东南辰韩国领土，也归入了乐浪、带方二郡，收复汉四郡全境，另拓地数千里。
此后，毋丘俭被调为左将军，假节、领豫州刺史，转镇南将军，监豫州诸军事，在南方参与对吴战争。嘉平三年（252年），魏军在东兴之战中大败，元气大伤。吴国趁势兴兵，大举入侵。
为了挽救东线颓势，时任魏国执政、大将军司马师转毋丘俭为镇东将军，都督扬州诸军事，以抵挡吴军。毋丘俭到任后恪尽职守，整顿边防，调和兵、吏矛盾，提拔了一些身份地位不受重视的人才，如牙门张特为合肥新城守将。
之后，吴国太傅诸葛恪举全国之力，兴兵二十万大举北伐。面对吴军的来犯，毋丘俭采取守势，指挥各部坚守城、寨，固守待援，其中部将张特防守的合肥新城，吸引了大批吴军。战线漫长，毋丘俭兵力有限，分身乏术，好在张特带着少量士兵成功坚守，防线才没被冲出缺口，探知吴兵军营起了瘟疫，士兵战斗力严重下滑，太尉司马孚的洛阳援军业已抵达后，指使诸将反攻，魏军化守为攻，冲击吴军大营，吴军经过连日消耗，士气低迷，在魏军猛攻之下溃不成军，或掉到壕沟，或缴械投降，或流窜奔逃，或哭喊求饶，光文钦所部就斩首万余级，俘虏不计其数，吴兵溃不成军，诸葛恪丢下老弱病残，仓皇撤退，归国后威望尽失，不久失势被杀。
毋丘俭凭此役又得升迁，加镇东大将军，其余诸将士皆论功受赏。新城战役结束后毋丘俭特地上疏朝廷，不为自己邀功，通篇只为有功官兵，忠义之士逐个陈述事迹，善后抚恤，魏帝曹芳欣然采纳。
正始十年（249年），高平陵之变发生，大将军曹爽被司马懿所杀。作为曹爽余党的文钦，深感恐惧，后因战功统计问题与司马师产生争端，心怀怨念。文钦性格桀骜，粗猛无礼，与诸葛诞互相嫌恶，从不共谋。但毋丘俭非常礼遇文钦，二人互相交好，渐走渐近。
毋丘俭儒士出身，渴望功名，常以“飞鸿”“凤鸟”自比。却不好党争，洁身自好。故而先后得势的曹爽、司马懿集团均允许毋丘俭握有重兵，戍守边疆重镇。继父掌权、威望不足的司马师也对毋丘俭敬重有加。但这种情况很快便发生了改变。嘉平六年（254年）三月，夏侯玄、李丰等重臣密谋取代司马师元辅的地位。事情败露，被司马师诛杀全族。