在原作的第一部快要完结时，主角团们会知道一个，对于他们来说极其残酷的，有关整个世界的真相。
从来就没有所谓的宽恕和原谅，人类始终是赤与蓝之神的弃民，盖亚教廷对当年所述的一切全是谎言。
七贤者的死因并不是自裁谢罪，实际上他们从未向神灵屈服过，如今的人世间都是他们奋战的结果。
所谓的神造之神赫尔梅斯，实际上是一种类似高达机甲的巨型构物，由黑白使徒作为其核心操控它进行灭世。
在当年那场千年灭世之中，负责操控赫尔梅斯的白翼使徒伊丽丝，在关键时刻被七贤者之首伊扎克成功策反。
他们联合起来袭击了黑翼使徒伊邪丽丝，虽然没有将她彻底消灭，但也成功斩断半边翅膀，导致黑翼使徒陨落。
随着白翼使徒被策反，并导致了黑翼使徒的陨落，神造之神赫尔梅斯终于停止，赤与蓝之神授意的灭世也无果而终。
之后七贤者与白翼使徒继续联合，让白翼使徒伊丽丝假扮为现世神盖亚，编造了如今盖亚教廷的宣传口径。
但他们确实终止了假学的传播，因为说到底使徒并不是主人，无法真正的操控神造之神赫尔梅斯。
如果让假学继续在世界传播，黑雾污染的面积持续不断扩大，那么就会有新的黑白使徒诞生，操控赫尔梅斯完成那未完成的灭世。
所以七贤者主导成立的盖亚教廷，才以一种一刀切的方式，将旧日假学的一切给尽数埋葬。
还在盖亚教廷之上成立秘密的内院，他们清楚千年灭世时发生的许多真相，职责就是在七贤者都不在以后，继续领导这个世界埋葬假学。
白翼使徒伊丽丝的寿命并非无限，当她死后由提前培养的复制人，继续扮演现世神盖亚的角色，于是真相就这么被一代代的隐瞒与传递下去。
然而等到系列的第二部时，新一批主角团们才会在不断的冒险中，知道了真相背后的真相。
赤与蓝之神并非是世界的创造者，他们是从外星降临而来的侵略者，这个世界真正的神灵是所谓“绿之神”。
绿之神作为土着神灵，根本无法击败能够星际旅行的赤与蓝之神，于是缩到了世界最深处苟延残喘。
但他终究是这个世界的本源意识，权柄并没有被彻底剥夺，所以依旧能够通过另一种形式，不断影响被赤与蓝之神掌控的外界。
比如黑雾在正常情况下，是不会造成前文提到的那种影响，只是一种正常的污染现象而已。
之所以这个世界中会导致自然枯萎，被黑雾感染的动植物，对人类——确切地说是赤与蓝之民——有着极强的憎恨，这都是源自绿之神的影响。
但绿之神的真正杀招在于“千年之兽”，原作中关于千年之兽的信息并不多，所以不少是戴文瓘的推测。
虽然说千年之兽的诞生和黑雾有关，但千年之兽和假学之间应该不是强关联，真正孕育他的是文明程度而非假学本身。
千年之兽应该是一种因文明到达一定程度，就会诞生出来毁灭世界的存在，只不过七贤者这一次轮回体现为假学。
因为在他们成功停摆赫尔梅斯，将假学给彻底埋葬以后，并不能完全阻止千年之兽的诞生。
然而赫尔梅斯诞生的最大目的，并不是毁灭触怒赤与蓝之神的人类文明，而是为了保证人类文明不因为千年之兽而被彻底摧毁。
赤与蓝之神似乎必须要离开这个世界一段时间，为了防止世界被彻底毁灭，他们才创造了神造之神。
赫尔梅斯没有足够的力量击败千年之兽，所以赤与蓝之神的对策别出心裁，赫尔梅斯不需要击败千年之兽。
所以赤与蓝之神并未因人类发展假学而愤怒，之所以要让神造之神赫尔梅斯灭世，恰恰是为了让人类更久远的生存下去。
这就是神造之神赫尔梅斯的使命，通过轮回灭世防止千年之兽诞生，这样虽然人类文明会从零开始，但人类本身却不会彻底灭亡。
然而这种千年轮回在上一次出了问题，由于七贤者策反了白翼使徒，导致千年灭世被提前终止，千年之兽第一次真正的诞生了。
于是七贤者在战胜赫尔梅斯后，又面临着千年之兽这个可怕的敌人，好在他们得到了意想不到的帮助。
大概是因为当年创造千年之兽的时候，绿之神还太年轻太幼稚，因此对赤与蓝之神带来的一切充满憎恨。
但经过这么多年的观察后他发现，诶原来人类文明这玩意对神灵是有好处的呀，所以说固然对赤与蓝之民依旧憎恨，但他也不希望世界被彻底毁灭。
可显然千年之兽是一段被写死的代码，即便是它的创造者绿之神，现在也没有办法进行修改，这就仿佛是已经进入社会成为社畜的自己，看到当初中二时期的产物时一样。
但归根结底祂毕竟是千年之兽的创造者，于是绿之神与七贤者联手，通过绿之使徒创造出了，专门针对克制千年之兽的黑耀大剑，最终成功肢解并斩杀了千年之兽。
然后就是七贤者和绿之神的翻脸，毕竟他们的立场从一开始就不相同，假学是真的有危害，然而这种危害是可以缓解的，那就是只要封印乃至重创绿之神便可以。
于是七贤者制造出诛神塔，试图朝着地心来一发诛神之刃，可惜被绿之神提前察觉，派遣绿之使徒做了手脚。
最后就游戏目前的情况来看，除了一个帕拉迪翁以外，其他留人全部死在了诛神塔当中，而帕拉迪翁却也不回归盖亚教廷，就这么诡异的开始在世界各处游荡。
不过这个计划在游戏第二部被重新启用，绿之神虽然没死但也被重创到昏迷，黑雾终于变成一种正常的污染了。
游戏第三部的视角转移到树罗大地，这里面居住着绿之神创造的绿之民，故事主线是绿之神重伤后，给树罗大地带来的严重冲击。
不得不说绿之神是真的拉胯，完全不懂应该怎么培育一个文明，树罗大地的绿之民完全被养肥了。
比如说他们的种田方式，就是从绿之神祭司那里领取神水，洒在田地上一直祈祷，然后田地便能丰收了，这也是为什么绿之神被重创后，树罗大地直接半身不遂的原因。
然后第二部中被表明是悲情人物的赤与蓝之神，他们的立场在第三部又发生了一次反转。
游戏中亦正亦邪的浮士德，在第三者视角中直言不讳的说道：必须有人在赤与蓝之神回归之前“登上王座”，否则整个世界都将遭到毁灭。
这段对话揭示出赤与蓝之神，对赤与蓝之民也未必是善意，他们当初的离去恐怕不是自愿，留下神造之神赫尔梅斯恐怕也另有所图。
但这一切背后的原因到底是什么，很遗憾其实钟善泽也不知道，因为游戏出到第三部就太监了。
这距离第三部都已经十几年过去，公司就不断的用这个ip，出一些从手游到页游到端游的产品，反正一直没把第四部的坑给填上。