朱载坖现在最担心的就是河工了，自从嘉靖以来，黄河屡次决口，不仅使得运河中断，而且黄河的泛滥还会给凤阳、河南、山东等省份带去极大的伤害，黄河的水灾也是造成北方流民的重要原因之一。
朱载坖对于河工自然是极为重视，不敢怠慢的，尽管任命潘季驯总督河漕，但是朱载坖仍然非常关心治河的事情，一旦河工失败，对于大明来说将会是极大的灾难。
所以朱载坖这次到东南来，也有实地考察询问潘季驯的意思在里面，潘季驯之前在奏疏中称：“淮、 黄既合，自有控海之势。使黄、淮力全，涓滴悉趋于海，则力强且专，下流之积沙自去，海不浚而辟，河不挑而深。”
其实就是让黄淮合流，这个办法到底怎么样，朱载坖心里是没底的，因为自金明昌五年，黄河决阳武，在梁山泺分为南北二支，后来刘大夏治河时，筑黄陵冈堤，北流遂绝。
现在潘季驯提出来的方案是，筑茶城长堤，黄河全河之水乃自西趋东，经开封、归德、徐州进入淮安府境，会淮水入海，这样的话，潘季驯认为，黄河整体南移，加上运河东移，黄河、淮河、运河在淮安一带相交汇，强大的水流能够带走黄河携带的泥沙，这就是潘季驯的束水冲沙之法。
朱载坖是认同潘季驯的这一理论的，要不然朱载坖也不会任命潘季驯为河漕总督了，但是到底效果如何，朱载坖还要仔细审视之后再说。
对于潘季驯的主张，并不是没有反对意见，其中反对最激烈的就是工部尚书朱衡，在之前的治河中，他和潘季驯意见相左，不能共事，朱载坖将朱衡调离之后，朱衡更是在朝堂上激烈的反对潘季驯的治河方略。
朱衡反对潘季驯的治河方略中最重要的一条就是，由于淮河中游地区地势极为平坦，河流落差极小，筑堰蓄水所淹的面积极其巨大，泗州等地随时都面临灭顶之灾。因为潘季驯为了实现束水冲沙的办法，为了加强清水对黄河泥沙的冲力，潘季驯计划大筑高家堰，截断淮河，逼迫全部淮水以趋清口，将大涧、小涧等原来出水口全部闭塞，实现所谓的蓄清刷黄和引淮济运。
潘季驯认为，一旦高家堰工程结束，使得淮水全部从清口涌入黄河，冲刷泥沙入海，清口则越来越深，不但高邮、宝应地区原来被淹没的田地得以重新耕种，而且，上自虹县、泗州、盱眙，下及山阳、兴化、盐城等处，皆成沃壤。
但是朱衡是坚决反对的，朱衡认为，一旦这样做了，会使得淮河下游面临严峻的水患，所以朱衡坚决不同意潘季驯的办法。朱衡认为：新河受东、兖以南费、峄、邹、滕之水。以一堤扞群流，岂能不溃?宜分之以杀其势。
而且大明的治河方略本来就有问题，户部、工部会商此事时，就曾经定下过治河的大方略，就是：祖陵为国家根本，即运道民生，莫与较重。首先就是要保证凤阳的祖陵风水，其实朱载坖很怀疑凤阳的祖陵里埋的什么，毕竟以当年重八哥的状态，他还能找到祖陵也是一件很神奇的事情。
朱衡不同意潘季驯的意见，朱衡就指出，潘季驯把运河出口移到新庄闸，仍命名为“天妃闸”。然而新天妃闸口距黄河、淮河交会处仅200丈，黄河水仍然向运河倒灌，运河河底日益垫高，年年挑浚不已。加上黄河、淮河水流汇合，潆洄激荡，运河出口极为危险，威胁漕船的安全。
同时朝廷为了保障漕运所实行的各种政策也不尽合理，运河每年的上半年是最为繁忙的，朝廷规定：山东、河南漕船限每年农历三月初一日、江北漕船限四月初一日、江南漕船限五月初一日、江西、浙江、湖广漕船限六月初一日到达通州。
各漕船交卸漕粮之后，十日就得启程返航，对于朝廷来说，上半年是一定要保证运河通畅的，所以在漕运开始前和进行时，均要闭闸蓄水，保障运河的通畅，但是此举对于淮河沿岸的百姓来说就是极为痛苦的事情了，因为淮河流域的降水也主要集中在六七月。
漕运进行时，淮水上游支干各河来量极大，无法宣泄，使得整个淮河中游成为滞洪区，只能任其淹没泗州以西地区。若逢上游地区暴雨，短时间就能给河、湖各堤造成严重的威胁。整个淮河下游都会遭受严重的水害，而若是如潘季驯所言，将黄河入淮，水势会更加不可收拾，淮河下游将会遭遇极大的水灾，这是朱载坖所不愿意看到的。
朱衡为此多次上疏，指出可能发生的事情，因为大明的漕运不仅仅受水文的影响，往往还有各种的人为的影响，如沿河役吏的勒索、漕丁售卖所带货物、运河河道障碍等，会将漕运拖到秋季，这样的话，淮河沿岸的百姓所遭受的水灾就会更加严重。
所以朱衡认为潘季驯的这个方案难以实现，同时会造成淮河沿岸的百姓沉重的灾难，所以朱衡不同意潘季驯的方案。
朱衡直接指出了不管是潘季驯还是之前的治河官员，在治河的时候从来不考虑淮河两岸百姓的生计，漕船过淮后或附近的湖泊蓄水过多，官府会随时泄放， 湖泊与运河之间以及运河东侧淮城周边地区往往一片汪洋。在这些官员的心目中，千百万百姓的身家性命均是末叶琐事，只有漕运才他们心中的大局。
为了大局，牺牲一些细枝末节的事情，在他们看来是正常的事情，只要能够保住凤阳的祖陵和漕运的畅通，他们不惜使得整个淮河中下游成为泽国，放任百姓受害，这是朱载坖所不能接受的。
在这个问题上，地方官府和河道、漕运官员常常互相攻讦，地方官府的官员们认为河道漕运官员不体恤民情，而河漕官员认为地方官但知收割，不顾河工；即沿河居民，亦但保目前，苟且一时。双方经常通过奏疏交锋。