君臣商量之后认为是可行的，朱载坖随即命殷士儋和葛守礼商量此事，看科道需要多少言官，由翰林院派人轮替，朱载坖认为，去科道的翰林官，必须将六科和十三道监察御史都担任一遍，还要有巡按御史的经历才行。
只有让他们下到基层去，真正见识了大明的基层官员是什么样子，大明的百姓又是什么处境才能够使他们再日后的宦海生涯中有所帮助。
朱载坖还特地下诏，翰林官充任科道言官，不准空言塞责，人浮于事，无论是在六科还是十三道，必须要有切实可查的成绩出来，也就是必须要有弹章上奏，在结束科道任职之后，回到翰林院的翰林官们也要向朱载坖上疏陈述他们在地方的所见所闻。
同时官员们的津贴方案也终于出炉了，经过内阁、户部、吏部的会商，终于拟定了一份官吏津贴的方案，这次官员的津贴方案，以职务为准，从内阁学士到流外三等下的吏员，全部都有津贴，当然，根据朱载坖的意思，津贴主要向六品及以下的官员和吏员倾斜。
对于科道、翰林院等清贵官员，六部的中下级官员和吏员，地方的州县官员和吏员，还有海关、钞关、盐政、仓场等衙门的官员，根据所处位置的不同和工作量的大小，分门别类的给予津贴，基本上相当于现在官员俸禄的一半，对于吏员的工食银，增加的更多，基本上保证了吏员和生活。
同时之前比较穷困的科道、翰苑官员的生活水准也得以改善，官吏的俸禄支出大为增加，根据新的津贴则例，官吏的俸禄支出要增加一百余万两，对于官吏们来说，这还是大明开国以来，朝廷第一次涨工资，这次朝廷的新政，罕见的没有任何人提出异议，迅速获得通过。
当然由于今年的财政有盈余，朱载坖还是再次在朝廷官员们发放了恩俸，所有官员们发放一月恩俸，九边官员、盐政、海关、钞关、仓场官员两月恩俸。
给官吏们加了俸禄之后，就该朱载坖出刀了。
隆庆六年的第一道诏书，朱载坖就杀气腾腾的表示：迩来法纪倾颓，官吏贪墨，朕所素知也！此天下之大病，生民之顽疾也。朕承太祖之遗志，律有明条，前有未尽者，务必照大明律从重处断，凡官吏枉法贪墨，俱照大明律处断，凡追赃不及者，除人犯正法之外，将家人充军，以尽追赃，凡前有法条者，俱以大明律为准。
朱载坖向天下官吏们再次重申了大明律有关贪赃犯罪的处罚措施：监守盗贪墨，刑赃四十贯，斩；枉法受财，刑赃八十贯，绞；不枉法受财，刑赃一百二十贯，流三千里杖一百；坐赃，刑赃五百贯， 徒三年，杖一百。
朱载坖还在诏书中明确说明，自诏书发布之日起，半年内，主动向上司交代罪行，并且将赃银赃物缴纳归公者，可以免予处罚，同时朱载坖还要求刑部、都察院、大理寺以及地方法司衙门，在审理贪墨犯罪时，行贿、受贿同罪，一并论处，凡是因贪墨被判处的官吏，永不叙用，有功名者一律削籍，在追赃未尽之前，其子孙不准参加科举。
同时朱载坖命令都察院和科道，率先对户部、兵部、刑部、工部、总督仓场、提督盐政、提督海关、提督钞关、总督河漕等衙门和南北直隶、浙江展开清查，重点就是刑名和钱谷两项，严查贪墨和枉法之事。
向这些衙门和地方增派巡按御史和给事中，要求涉及的衙门和地方必须配合科道的工作，同时派出锦衣卫协助这些御史和给事中们清查账目案件。
在朱载坖的亲自点将下，翰林侍读学士王锡爵充户科都给事中，核查户部账目，翰林侍讲学士申时行充刑科都给事中，核查刑部案件，翰林侍读学士余有丁，充工科都给事中，核查工部账目。
翰林编修许国，充南直隶巡按御史，翰林编修王家屏，充浙江巡按御史，翰林编修沈一贯，充浙江道监察御史，翰林检讨沈鲤，充刑科给事中，翰林编修朱赓，充工科给事中，翰林侍读学士赵志皋，充户部给事中巡视提督仓场衙门，翰林编修张位，充户科给事中，巡视提督钞关衙门，翰林编修于慎行，充户科给事中，巡视提督盐政衙门，翰林修撰陈于陛，充户科给事中，巡视提督海关衙门。
而在朱载坖的诏书下达之后，最先响应朱载坖诏书的居然是严世蕃、赵文华、鄢懋卿、胡宗宪等人，他们纷纷通过密疏，向朱载坖表示，自己曾经在嘉靖年间有过贪墨，现在向朱载坖缴还贪墨所得的银两，请求朱载坖依律惩处他们，严世蕃缴还了十万两，赵文华、鄢懋卿缴还八万两，胡宗宪缴还六万两。
对于他们的懂事，朱载坖也表示满意，在批答他们的密疏中，朱载坖表示，卿等忠诚，朕已俱见矣！所献银两，交内承运库收储，至于世庙时旧事，朕自不追究，卿等奋勉勠力，·朕必有所报也！
在朝廷的强大压力下，也有不少官员向朝廷退缴赃银，但是朱载坖相信，还有大量的人在观望，看朝廷是不是要动真格的，对于这种人，不见棺材不落泪的。
面对朱载坖的整肃吏治的决心，朝廷上下都在议论纷纷，很多人认为这次恐怕又和当年太祖朝一样，要大开杀戒了，当然也有人认为不过是雷声大雨点小罢了，真要以贪墨来论的话，大明有几个真正的清官？
朝廷还要不要干活的，总不能把满朝官员都罢黜、流放、杀头吧？
这种想法，在朱载坖提出整肃吏治的时候就有人提出来了，不过朱载坖在和阁臣们商量之后，还是觉得要大规模的整肃吏治，当然，朱载坖的整肃吏治和太祖皇帝的肃贪是有不同的。