朱载坖对于六科的看法就是作为大明的天子近侍，是皇帝的耳目近臣，也不是阁臣或者其他人的打手。
朱载坖首先规定，六科给事中的选任职能出于皇帝的旨意，任何人或者衙门都不能代替皇帝作出决定，或者向皇帝推荐人选。
六科给事中主要的选取对象就是翰林院的庶吉士们，之所以选择这些庶吉士担任给事中，主要是考虑到这些庶吉士们毕竟还不算官场中人，而且关系也相对简单，再加上翰林院的庶吉士们毕竟是以后朝廷的中坚力量，他们长期不接触实务对于翰林官的成长是不利的。
除了六科由皇帝直接简任之外，什么六科给事中考满之后的任官和贬谪，也都是直接由皇帝的安排的，吏部和内阁无权干涉。
而且朱载坖再次将近侍官不允许和其他官员勾结写进六科则例之中，规定六科都给事中、给事中若如外臣交往，以泄露禁中语从严治罪，本人处斩，株连家属。
随即朱载坖将现在六科中的非翰林院出身的给事中、都给事中们全部外放，从翰林院中点选庶吉士充任给事中，资深的翰林官担任都给事中。
同时发布任命，王锡爵、申时行升翰林学士知制诰，于内阁上行走，负责草拟诏书敕诰之事，仍兼都给事中。
随着朱载坖制定的各项则例发布，宣告着朱载坖正式开始用自己的想法来治理大明了，之前朱载坖所采取的各种措施，只能算是新政，到了现在，朱载坖才正式拉开了改革的大幕。
朱载坖认为，改革的首先目的，就是要厘清各个衙门的执掌，不能有重叠模糊的地带，除此之外，还要对现有的衙门予以清查，有叠床架屋的要予以裁并，确有需要的，也要予以新设立。
如对于有关军中犯罪的事项，之前主要是有地方各卫的镇抚、五军都督府断事官所管理，这次朱载坖设立卫尉寺，用于专门审判士卒犯罪和军官职务犯罪等事项。
对于厂卫，朱载坖也做了调整，原本属于锦衣卫的如驯象、仪仗等事务被移交给御马监，锦衣卫现在只负责皇帝的贴身保卫和缉捕诏狱之事。
厂卫的分工也要做一明晰，东厂主要负责对于朝廷官员、京师各衙门的监督，包括锦衣卫，也在东厂的监督之下，而锦衣卫主要负责查办大案、搜集军事情报、维持军纪，纠察军中各种不法之事。
所以锦衣卫的职权反而是得到了加强，原本一卫的编制显然是不够的，锦衣卫的级别也水涨船高，朱载坖下令，原锦衣卫升格为正二品都指挥使司，锦衣卫也正式改称锦衣都司，除原南北镇抚司、诏狱仍然保留之外，按照五军都督府设立前后中左右五卫，按地域负责对整个大明进行监察。
锦衣前卫，下辖辽东、蓟州、宣府、大同、山西五个千户所。
锦衣后卫，下辖广东、广西、云南、四川、贵州五个千户所。
锦衣左卫，下辖陕西、甘肃、宁夏、延绥、固原五个千户所。
锦衣右卫，下辖浙江、福建、湖广、河南、漕运五个千户所。
锦衣中卫，下辖南直隶、直隶、顺天、应天、苏松五个千户所。
所在驻地的锦衣千户所对驻地的各种情报都要加以搜集，尤其是事涉谋反、叛逆、贪墨、邪教等事情，直接同时锦衣都司向皇帝陈奏，同时所在地驻军粮饷兵仗、军容士气、军纪法规，也都是由锦衣卫负责，尤其是犯法士卒、军官，游击以下，许锦衣千户即行正法，游击以上，具折陈奏，等候圣裁。
除了厂卫之外，对于宿卫宫禁的系统，朱载坖也予以调整了，原来负责皇帝贴身侍卫和宿卫宫禁的红盔将军、明甲将军、大汉将军、府军前卫带刀官等，统一整编，设立侍卫处，专门负责宫禁宿卫等事，以定国公徐文壁、京卫都指挥使陆绎充领侍卫内大臣。
同时制定了轮番宿卫宫禁的原则，亲军诸卫、京营、御马监四卫营勇士营各抽一部，负责宫廷宿卫，每十五日轮换一次，朱载坖任命英国公张溶、武定侯郭守乾为领宿卫内大臣。
还有就是有关天下巡检司的管理，之前从孝宗开始，就大肆裁撤巡检司，朱载坖认为并不可取，这样会削弱朝廷对于地方的控制，巡检司的主要职能是所在地方的盗贼缉捕、治安巡防、震慑甚至镇压寇乱等，对于朝廷控制地方有很大好处。
所以朱载坖要求天下各府州县在要害之所、交通要道、土匪横行的地方设立巡检司，同时将巡检司归口到刑部管理，在刑部设立提督巡检衙门，由左侍郎提督之，在各省由按察佥事一人专门负责领导通省巡检司，在府州，同知或者通判负责本府州的巡检司管理，在县由县尉负责巡检司。
而对于巡检司的人手，之前是从地方征调的弓手、民壮充任，现在朱载坖认为这些弓手民壮战斗力实在是太差，而且这种无偿征发来的兵丁实在是没有什么斗志，朱载坖认为要优先安排各地的退伍士卒到巡检司去，而军中的小旗、总旗等基层军官，达到一定年限之后，也可以转任地方担任巡检。
朱载坖连续发布多个诏命，涉及到朝廷的方方面面，尤其是官制方面，使得内阁有些不安了，首辅李春芳上疏朱载坖，认为改革动作实在是太大了，百官和朝廷实在是一时之间难以接受，请求朱载坖暂缓推动各项改革措施。
而内阁大学士陈以勤也向朱载坖上书，认为朱载坖不仅要颁布诏书，制定则例，更重要的是要根据颁布的则例重新修订大明会典，陈以勤还建议，趁此机会，要修大明的官方正史。
对于陈以勤的上疏，朱载坖并没有第一时间予以回应，而是开始仔细思考起来陈以勤的用意了。自己这位陈师傅，这个时候怎么提出来修书了。