对于陆绎的请求，朱翊釴不敢作出决定，一来是他深知锦衣亲军是天子亲兵，自己还不是天子，就直接指挥天子亲兵，这是犯忌讳的，二来就是海瑞不同意将所有涉案官吏全部下诏狱，海瑞可是蹲过诏狱的，他虽然没有遭到锦衣亲军的刑讯，但是诏狱里面是个什么情况，海瑞还是很清楚。
所以海瑞认为涉案的小吏可以下诏狱，但是涉案的官员还是要先下都察院狱，等都察院审理清楚之后，再移送诏狱也不迟。
朱翊釴认为，此事重大，还是应该奏报请旨之后，再做处断，将这一干官吏先全部控制在户部。
而在文华殿，朱载坖命文书房太监将历年以来盗取库银的案件奏报找出来，朱载坖要看看，结果发现，太仓库银被盗，在大明还不是一件稀奇的事情。
太祖朝的郭桓案就自不待言了，从成祖、宣宗、英宗、宪宗以来，历朝都有盗取库银的事情发现，并非什么很稀少的事情，就比较近的来说，嘉靖四十年，户部书手蒋晓因为伪造户部印信及太仓库关防盗取库银被处斩，嘉靖三十一年，刑部尚书应大猷、管理太仓库员外郎汪有执因为一桩盗窃太仓库银的案件被世宗罢免。
正德五年，户部管库主事因库役盗窃太仓库银而被降级调外任，这种案件在大明并非什么稀奇的事情，甚至自己即位之后也有发生。
隆庆二年，由于太仓库监督官员每半年甚至一个月就更替一次，前任、后任官 员相互交接时并不开库对其内的存银进行仔细核对，典守官攒于是可以趁机买通军匠从太仓库中偷窃库银。隆庆二年九月，盗窃外库与老库银的典吏被仇家告发，于是太仓库现任监督官员及前后接管官员都受到了不同程度的惩处。
同时加强了对于外库的管理，朱载坖也发现了一些端倪，之前的库银被盗，主要发生在外库，因为外库的银子流动大，各级官吏勾结起来，通过伪造关防的形式，可以很容易的盗取官银，之前发生的这些库银失窃的案子，也多发生了外库，老库少见。
但是从隆庆二年的案子之后，在马森、葛守礼还有高拱等人的严厉整顿之下，朝廷加强了对于太仓的监管，尤其是对于银两流动大的外库的监管，隆庆二年规定，外库银两逐一查盘明白，封锁完固，巡视衙门查明交代完日，题知该库另造册五本，一存库、一送巡视、一送总督、一送户部、一送户科各存照，彼此互相觉察，同时每月遣科道御史盘查外库银两，造册报知户部和内阁。
每两月，在户部尚书、都察院都御史、户科给事中、锦衣亲军和东厂官校的亲自监督下，盘查太仓外库，有账目不符的立即予以惩处，可以说从隆庆二年之后，朝廷对于外库的监督是极为严密的，隆庆四年，朝廷颁布新铸的砝码给太仓库，同时再次加强对于太仓的监督。
户部左侍郎王国光上疏，将将太仓周围银匠迁走，并禁止在库应役的匠工与外人往来，同时禁止任何外人进入太仓银库，兵部调派亲军诸位轮流值守银库，锦衣亲军和东厂番子也要轮流在银库外值守，除了银库官吏之外，只有户部尚书、巡库御史、户科给事中在每两月的盘查外库中可以进入太仓银库。
同时对于老库，封锁完固，不到每年巡察的时候不准打开，朱载坖明白，这就给了太仓中的这些硕鼠机会，朝廷对于外库肯定是极为重视的，他们要想和之前一样，通过伪造关防等方式直接盗取外库的银两显然是不现实了，所以他们将目标瞄准了老库，因为老库平日是不动的，每年的巡察也不会将所有的木鞘都打开检查，这就给了他们作假的机会。
而且朱载坖查看了之前对于太仓库银失窃的惩处，朝廷虽然会将一些低级官员和小吏处以极刑，但是更多的时候，户部的堂官往往成为背锅侠，嘉靖十一年十一月，总督仓场户部尚书王尧封因太仓库官攒在收放白银的过程中作弊而被命致仕，嘉靖二十六年，户部尚书王杲因为属下官吏将成色较低的白银解入太仓库调换盗取官银而被发边充戍，后来死于戍所。
朝廷的这种处理方式本意是好的，希望能够让部堂大员们重视起来，从上而下的给官吏们施加压力，加强对于太仓的监管，但是现在看来，这种方式显然不能够抑制这些小吏们的贪欲，反而使得户部堂官们成为他们的背锅侠。
而勘察了现场之后的朱翊釴等人也回到了文华殿，朱翊釴向朱载坖奏明了海瑞和陆绎的冲突，请求朱载坖圣裁，朱载坖略一思考之后然后说道：“将一干人犯下诏狱严审，不拘用刑，但是不要弄死了。”
朱翊釴赶紧答应下来，同时朱载坖要亲自交代了此案的侦查方向，朱载坖要求陆绎，将此案的开始时间，涉及的人员，还有他们盗窃库银的数量，每个涉案的官吏盗窃了多少库银，怎么分赃的，都要一一弄清楚，搞明白。
朱载坖很清楚，二十八万两官银，绝对不是一朝一夕能够盗窃的，此案恐怕不是一年两年的事情。
朱载坖随后还派太监询问新任刑部尚书洪朝选，刑部的刽子手中还有没有会剥皮的，这项手艺现在看来要重新利用起来了。
而户部的事情当然是很快就被科道言官们知道了，言官们纷纷上疏，弹劾户部尚书刘体乾，要求刘体乾为此案负责，还有分管太仓的户部侍郎，巡仓御史、户科给事中们，都受到了弹劾，朱载坖将这些弹章先按了下来，同时晓谕内阁，对于相关官员的处分，在查明事情真相之后，再作处断。
而都察院、刑部、大理寺的官员则是上疏认为如此重大的案件，交由厂卫审讯，而不是三法司讯问，于理不合，要求将案犯移送三法司，被朱载坖驳回申斥了。