在朱翊釴等人走后，朱载坖召见了缇帅陆绎，经过南镇抚司的审讯，锦衣亲军在太仓银库值守的校尉，也有收受小吏贿赂的事情，陆绎请朱载坖决定应该怎么惩处这些内鬼。
朱载坖问道：“按锦衣亲军家法，应该怎么办啊？”
陆绎向朱载坖解释了，按照锦衣亲军家法，这种内鬼一般都是在南镇抚司即行处决的，朱载坖认为，这样没有震慑的作用，命令聚集在京师的锦衣亲军千户以上军官，到场观刑，将涉案的内鬼予以腰斩，首级传递锦衣亲军驻各地千户所，以震慑这些锦衣亲军们。
锦衣亲军是天子鹰犬，只能吃朱载坖的粮饷，为朱载坖办事，要是吃了别家的狗粮，那这样的够怎么能看家护院呢？这样的狗子早点宰了才是正道。
除了锦衣亲军内部的这些内鬼之外，还有就是库银到底是怎么失窃的，朱载坖也很关心这个问题，为了防止银两被盗，朝廷制定了许多严格的制度，如钥匙分别有几个人掌管，进出入国库要经过严格的搜查等等。制度不可谓不严密。
但是就是在这么严密的制度之下，二十八万两白银失窃，到底是用什么办法将这二十八万两白银盗走的？这是朱载坖很关心的问题，据陆绎现在的侦查，主要有两个办法，第一是用茶壶往外带银子。他的缺点是只能冬天用。把银子放入茶壶，和水一起冻成冰，出库检查时，往下一倒，银子出不来，下班回家。
还有一个就比较有味道了，这些库丁“以谷道藏银”，就是把银子塞入肛门。这得练习，还得用点松骨的药，把银锭用猪的脂肪包上再塞，据说一次能塞五十两一锭的银子，将之夹带，据他们交代，在各省押解太仓的官银中，尤其喜欢江西省的官银，因为它们的外形光滑无棱角，夹带最为方便。
朱载坖不禁感叹这帮库丁，要是晚生五百年，在成都那是大有可为，不过朱载坖还是有很多不解的，太仓老库的库银，都是严密封装起来的，没有专门的工具是根本无法打开的，按照户部的规定，无论冬夏库丁进入太仓一律要裸身，进去后才能穿上工作服，等到下班时，在监督官员的目光下，要大喊口号、拍手、跺脚、蹦蹦跳跳，越过十二条横放的扁担。如果没有从肛门、嘴巴中掉出银子，才可以换上衣服回家。
要是没有人配合，怎么去打开木鞘的封条，并且将其复原的，朱载坖认为，不仅仅是库丁，这些小吏、还有户部的管库官员，都参与其中，朱载坖命令陆绎严查，好生打着来问。
同时不仅是现任的户部管库官员和小吏、库丁，离任的官吏，也要将其涉案其中的予以抓捕，这么多的银子，不可能是一时半会就能够盗窃的。
同时朱载坖命令左都御史海瑞从都察院审计署抽点精于审计的小吏和精明强干的御史，再从国子算学中抽调一些身家清白，老实可靠的生员，用以盘查户部的账目，查看是否有其他的贪墨的情况。
同时对于历任的管库官员予以逮捕，朱载坖仔细查看户部有关太仓银库的管理条例，根据户部的规定：监督陪库主事每日早赴库外，西门放风之时，务要亲督开库，及该日官攒将出入军斗严加搜检，若有夹带，当时搜获，即行呈究正法，其有冒名及更替原进人役者，追审情节从重究处，不许仍前怠忽，不行细检，致有疏失。
按照道理，库丁进出银库，都是有官员监督的，而这些库丁盗取官银至二十八万两之多，这些管库官员却一无所知，若非这次清点银两，还不知道官银失窃达二十八万两。
而且随着调查的深入，太仓在此案中的损失还在增加，刘体乾在案发之后将所有的库银再次检查之后，发现太仓新老库中均有假银的出现，这是绝不可能的事情，太仓的银两，在入库的时候就经过严格的检查，保证银两的成色、重量无误，绝不可能有假银掺杂在其中的。
唯一的可能就是这些朝廷的足色官银被人掉包了，所谓假银，就是成色不足的银两，一般七成以下的银子，就是被称为假银，假银有很多不同的种类，如伪银有鼎银，一烧则烟起，去了水银却有六分好银。其余假银宜于细辨验，好银性软，插铜则硬，擦之则红。凡假银只用磨擦、一烧即见。又有做得好者，烧四出火。
有各种不同名目的假银，如赤脚汞银、吊铜、铁碎鏪、钞仔铜、漂白鏪、 江山白、华光桥、倒插铅，还有各类饼银如焦心饼、 倒茅饼、铁线饼、神仙饼、糁铜饼等，这些假银一般是在银两倾镕过程 中掺杂铜、铁、锡、铅等贱金属，伪造成较高成色银两。
刘体乾认为，这些银两肯定是被人掉包了，和老库库银失窃是一伙人所为，但是朱载坖则是有不同的看法，正常来说，户部收解税银，确实是不可能收解到假银的，地方官员也不敢以此来欺骗太仓，所有的解运到太仓的官银，都是有记录了，银匠、州县官员、时间在银锭上都有记录，一旦出事，就可以层层追查的。
而且太仓负责收银的官吏都是积年老吏了，他们对于银两是十分的熟悉，假银要想骗过他们，是不容易的，所以乍一看刘体乾的想法是有道理的，最大的可能就是这些人最开始是掉包官银，然后胆子大了之后就是盗窃官银。
但是朱载坖认为，这些官银在收储的时候就问题的可能性一样是存在的，不能因为现在抓到了盗窃官银的库丁，就对在官银收储过程中可能存在弊病无视。
朱载坖一面命令刘体乾、海瑞和少府卿张守直详细清点太仓的存银，将损失计算清楚，同时命令朱翊釴督率厂卫，严究此事，看看太仓还有多少烂事。