朱载坖不由得在内阁的题本上御批道：“昔日皆言太祖酷烈，朕今日方知，彼辈之贪婪，岂剥皮实草足以泄朕之愤乎？罪加三族，实不可恕！”
李春芳等人赶紧求见朱载坖，辅臣们担心此案真的扩大化，又形成如同郭桓案一样株连遍天下，整个官场惴惴不安的大案，这是他们最担心的事情，所以李春芳等人赶紧来给安抚一下朱载坖。
李春芳等人认为，严惩这些涉案的官吏，当然是应该的，不管是剥皮实草还是株连三族，都是应该的。但是这些案子所涉及的官吏，仅仅是大明官吏中的一小部分，朱载坖不能因噎废食，而且从朱载坖推行新政以来，官场风气还是得到了很大的改善，贪墨的现象也比之前少多了。
而且辅臣们认为，这些贪墨行为，并非是一朝一夕来的，有不少都是长久以来的陈规陋习，他们盗窃库银、盗卖物资，并不是从隆庆朝才开始的，现在查出来的，不少都可以直接追溯到嘉靖朝，所以朱载坖不必为此而大动干戈。
辅臣们也分析了为什么会出现这样的事情，小吏和下级官员的长期甚至是世袭任职是发生这种事情的主要原因，在发生贪墨案件的各个仓库中，很多仓库的小吏都是世袭任职的，这些管库的库大使等下级官员，要么是从小吏升任的，要么是长久的在此处任职，发生贪墨，不足为奇。
辅臣们认为，只要搞清楚缘由，针对性的施加措施，遏制贪腐，并非不可能的事情，但是辅臣们担心的是朱载坖就此大开杀戒，并且不再信任官员们，这是辅臣所担心的问题。
朱载坖说道：“诸位所言，朕都知道，此案不仅要穷究到底，还惩前毖后，完善大明对于各个仓库的管理、监督，防止再出现此等硕鼠。”
同时陆绎也向朱载坖奏报，现在诏狱关押的人犯太多，是否要先处理掉一部分，来保证接下来的案子审讯，朱载坖同意了陆绎的看法，现在太仓涉案的这库丁什么，基本上已经交代完毕，该追赃的也追赃了，朱载坖出中旨，将这些涉案的库丁，全部市曹刑戮，剥皮实草，悬挂于太仓银库，以警醒后人。
同时将三族全部流放缅甸，抄没家产，以儆效尤。
除此之外，朱载坖要求厂卫根据取得的口供，对这些盗卖朝廷物资的商贾予以缉拿，不仅要拿人，还要抄没家产，同时拷问相关的情况，尤其是他们怎么和这些官吏勾结在一起的，有哪些官员参与到其中了，最高涉及到什么级别的官员，朱载坖给陆绎授权，四品以下，锦衣亲军不必向朱载坖请旨，直接向太子报备之后，就可以拿捕，四品以上官员，向朱翊釴说明情况之后，由朱翊釴向朱载坖请旨拿捕。
陆绎得旨之后，就立刻和刑部尚书洪朝选沟通，从刑部调集刽子手，准备行刑，同时拿捕这些奸商，朱载坖也下旨给领侍卫内大臣严绍庭，要求他从亲军诸卫中抽调两卫一万一千人，加强京师的警卫，配合五城兵马司弹压京师，同时将腾骧左卫、武骧左卫调入大内，加强宫禁。
朱载坖一边忙着处理这些犯罪的官吏，一面要召见吏部，选拔新的官吏，接管这些仓库，同时朱载坖也在思考，要变革大明的仓库管理制度了。
大明的库藏管理实在是太过于零散的，这种零散的管理实在是疏漏太多，给这些硕鼠有机可乘。
朱载坖于是召集内阁辅臣，户部尚书鄢懋卿、户部尚书总督盐政钞关王国光、吏部尚书张瀚等人商量怎么样杜绝仓储贪腐。
次辅张居正提出了自己的看法，他认为仓储弊案频发，最主要的原因还是大明的财政过于零散，大量的实物税充斥其中，朝廷不但要征收银钱、粮食、布匹、丝绸，还有其他各种杂七杂八的实物，这些实物有时候对于朝廷并非是什么有用或者常用之物，一时无用，就储备于仓库中，往往长期不用，这就给了这些官吏们上下其手的空间。
所以张居正认为，应当省并税则，增加折色，减少本色，压缩这些官吏们上下其手的空间，朱载坖认为张居正说的是有道理，之前朱载坖没有大规模实行折色，主要是担心对于普通百姓的伤害过大，但是现在针对的是这些杂色税收，影响的人相对较少，确实是应该予以省并。
朱载坖认为，本色之中，粮食、布匹、丝绸不用折色，因为这些都是朝廷必需的物资，同时布匹、丝绸在现在也都可以充当货币，还可以与西洋进行交易，其他的杂色实物赋税，能够省并的，就予以省并折色，数量太少可以直接取消，减少百姓的负担，除了有军国之用，必须本色征收的物资之外，其他的能折色的尽量予以折色，不给这些贪官污吏以机会。
另外一个问题就是要加强对于这些仓库的监管，大明不是没有管理仓储的机构，但是总督仓场驻节通州，主要是管理京通仓的事务，对于户部的其他仓库，除了太仓银库直接在户部的管理之外，其余的仓库虽然名义上归属户部管理，但是户部能有多少时间来管理这些仓库，那就只有天知道了。
这种过于粗放的管理也是使得仓储弊案频发的原因，朱载坖认为，应该专门设立一个机构，将大明的仓储统一管理起来，除了银钱直接进入太仓银库，粮食进入京通仓之外，其余的所有物资，也都应当予以严密的监管，防止再出现这类事情。
不仅是京师的仓库，还有地方府州县的仓库、九边的军储，都要加以监管，防止出现贪墨。对于朱载坖的这个看法，重臣们也认为确实是到了加强朝廷对于仓储管理的时候了，这两年朝廷的收入大幅度增加，但是仍旧是非常紧张，但是这些硕鼠，动辄贪墨国帑数十万两，岂不可恨？