在攻取重庆府不成之后，杨应龙率兵撤回，同时分兵攻打綦江、合川、南川等地，均被官军击败，在确定贵阳无碍之后，各路援军从川、滇两个方向进剿。
杨应龙虽然麾下人数不少，但是并没有占领什么朝廷的重要据点，但是杨应龙所过之处，百姓死伤惨重，经尚在路上的贵州经略赵锦上疏，请求朱载坖晓谕川、黔土司，激励他们为朝廷效力。
朱载坖下旨：“杨应龙负恩犯顺自干天顺，诛止首恶更不株连土司，自我朝开设以来因俗而治世效职贡上下相安，何必改土为流，方是朝廷疆宇其，宣谕朕意共鼓忠愤，有能俘应龙以献即许代其世职，若合谋成功各裂土酬赏。”
朱载坖明确批示批示朝廷待播州土司不薄，你我相处融洽，何故反我朝廷，因而对杨应龙反叛之事十分恼怒，更是拿出播州土地爵位作为诱赏，只要诛杀恶首。
同时从云南等地调入贵州的援兵开始增加，官军和杨应龙部的兵力对比开始朝着有利于官军的方向进展了，杨应龙开始从四川撤回播州，对于杨应龙撤兵的举动，官军认为杨应龙已经惧怕官军了，尤其是四川方向的官军，重庆方面的官军以石柱土司兵为主，他们和杨应龙本就有些关系，使得叶梦熊不敢对他们完全放心。
即便是杨应龙后撤之后，叶梦熊立即命令土司兵追击杨应龙，将杨应龙赶回播州区，没有想到杨应龙突然回师重庆，勒兵犯綦江，城中新募兵不满三千，贼兵八万奄至，游击张良贤战死，綦江陷。杨应龙尽杀城中人，投尸蔽江，水为赤。
这下轮到巡抚四川都御史叶梦熊抓瞎了，当即命令已经追击杨应龙的各路四川官军守卫各州县，防止为杨应龙所偷袭。然后叶梦熊赶紧向经略赵锦和朝廷汇报此事。
之前朝廷对于平播战事是非常乐观了，因为这么多年以来，朝廷用兵基本上都十分的顺利，凶狠如北虏，不也得乖乖的向朝廷称臣纳贡吗？杨应龙不过一个贵州深山里的土司，能够翻起多大的浪来？再加上朝廷调集官军、土兵二十多万，这么强大的兵力，剿灭杨应龙只不过就是时间问题罢了。
但是事情并没有大臣君臣想的那么顺利，现实刘綎战败，损兵四千，虽然对于大明来说，并不算多大的损失，但是挫伤了官军的士气，现在杨应龙更是屠了綦江，这是分明藐视大明朝廷，还有就是叶梦熊、邢阶干什么吃的，不仅没能剿灭杨应龙，还是得杨应龙能够陷城屠杀，大明的国威何在？天子的尊严何在？
科道御史们纷纷上疏弹劾，从邢阶、叶梦熊和川、黔两省的各级将领，都被科道言官们予以弹劾了，他们要求朱载坖严惩邢阶、叶梦熊等人，还有刘綎，就是因为之前没有严惩刘綎，才使得官军将领疏忽懈怠，导致大败，他们要求严惩这些官员，督兵进剿，迅速将杨应龙剿灭。
朱载坖对此事也是极为不满，朝廷已经动用大军征缴杨应龙了，虽然朱载坖也知道贵州的客观条件，官军不可能快速解决战斗，但是也不能一直败绩啊，朱载坖认为确实要对前线的官员们体格醒了。
朱载坖于是以上谕的形式对于参加剿除杨应龙的文武官员予以申斥：“杨贼妄自尊大，僭称尊号，明为我司臣属之职司，寄天朝之藩篱，暗行此悖逆忘祖，篡立违典之行。朕恭行天讨，以申正义，诸路臣僚，当体朕意，合谋协同，督兵进剿，何乃一再矢机，堕我军威？是天朝无严诛之律条，朕非能杀人之主乎？倘若再行失机，丧师失地，朕虽有山海之量，奈国法何？斧钺之加，悔之何及？”
朱载坖以严旨督促官军进剿，同时对邢阶、叶梦熊等负有责任的官员全部革职留任，以观后效，朱载坖的态度是很明确的，就是如果再有这种事情发生，朱载坖的耐心是有限的。
而经略贵州赵锦经过近两月的跋涉，终于抵达贵阳府，赵锦一道贵阳府，首先宣读了朱载坖的上谕，宣读完毕之后，赵锦对这些文武官员们说道：“杨贼作乱，圣天子忧心西南，我等食君之禄，忠君之事，若再放任杨贼猖獗，天子震怒，国法昭彰，诸位当知矣！”
朱载坖的严旨使得这些官员们还是有些担忧的，朱载坖不是一个特别宽容的人，尤其是对于官员，加以诛戮在隆庆朝并不罕见，所以朱载坖的警告还是很有威慑力的，赵锦宣读完上谕之后，就详细询问现在贵州的情况。
其实现在官军的形势已经得到了好转，并没有之前那么危急了，刘綎率兵收复了乌江以南的各处据点，现在驻军养龙坑，与播州土兵隔乌江对峙，四川等处的官军从北、西两个方向压过来，在北方已经将杨应龙逐出了重庆府，正在沿綦江追击杨应龙。
西面的官军沿桐梓江过古蔺进逼播州，湖广官军驻守白泥、龙泉，防止杨应龙东逃，官军可以说已经从四个方向将杨应龙控制住了，只待聚集起足够的兵力，就可以大举进剿，以平定播州。
赵锦没有这么乐观，杨应龙准备多时，总不可能没有底牌的，赵锦问道：“杨贼中战力最强是哪一部。”
巡抚贵州都御史邢阶赶紧说道：“禀赵部堂，杨贼中又三万苗兵，由其弟杨兆龙统帅，现在正在乌江北岸驻守。”
赵锦想的是如果能够将这股杨应龙的精锐吃掉的话，对于朝廷之后的进剿就很容易了，因为这些土兵一旦进入大山之中，官军要想将其全部斩尽杀绝，就很难了，所以最好是诱使他们与官军大战一场，一战击溃其主力，邢阶当然知道这确实是快速解决播州之乱的办法，但是杨贼狡诈，恐怕很难上当。
赵锦认为杨应龙不上当，朝廷就要想方设法逼他和朝廷决战。