在处理了这些事情之后，朱载坖关注的仍旧是海关关税的问题，在很长一段时间，海关关税都是大明财政的重要来源，朱载坖不得不重视此事。
海关关税主要有两部分构成，第一就是船钞，也就是针对商船征收的赋税，是依据商船的大小等级而征收的关税，按照规定所有类型的商船都要征收船钞。按照船只的大小，分为三等，第一等船征银三千五百两，第二等船征银三千两，第三等船征银二千五百两。
第二就是对于货物征税，主要是出口关税和进口关税，对于大明来说，进口关税显然是更多的，按照大明现在征缴原则，主要是实施比例征缴，即估算进出口货物的价值之后，按照这个价值乘以相应的税率，作为商人应交的税款，以大明出口的大宗产品来看，茶叶大概是十分之一，棉布、瓷器税率为百分之十五，丝绸税率为百分之二十。
除了这些有明确税率的货物之外，还有就是一些朝廷并没有规定税率的货物，统称为杂货，对于这些杂货，则采取估值课税的办法，统一税率为十分之一。除此之外，还有一些免税项目，比如因贡而来者，税应免则免之，专以市而来者，货应征则征之，此海外诸番所以畏怀也。
对于海外贡使的船只，照例是免征各种赋税的，还有就是运米免税的政策，专运粮食的船只，免征一切赋税，运米五千石者，减十分之五，运米两千石的，减十分之二，还有一些特殊商品也可以享受税收的减免，主要是朝廷所急需的药材、硝石、硫磺等军需物品，都可享受赋税的减免的。
对于大明现行的海关制度，朱载坖还是基本上满意的，现在的赋税征缴还是比较得力的，不过也有一些问题，就如船钞来说，只分三等，显然是有过于儿戏了，而且大明船只和西洋船只在载重上是有区别的，要细化船钞的征收则例，除此之外就是行商和杂项赋税的管理问题了。
杂项赋税，其实就是规费，这种东西在大明是一点也不稀奇的，海关的杂项赋税门类一样很多，主要包括平余、漏税罚科、员役截旷、载货规银、车轿银、水手把港钱还有大头火耗，这些银子之前归海关总署支配，虽然也有账目上缴户部，但是朝廷对于这些的监管还是不强的，朱载坖决定加强对于这些规费的监管，除了用于海关的办公和给海关各级官吏的加俸之外，也要上缴太仓。
还有就是行商的管理，这些外国商人到大明来经商，既不了解大明的市场，也不了解大明的各项法度，语言也多不通，所以就有了行商，行商是一门极有利润的生意，他们承担了外贸的重要环节，协助海关估算进口货物的价值，与外商沟通，收买外商货物，同时负责为外商购买所需要的货物，绝对是非常有利可图的生意。
按照朝廷的规定：“如有身家殷实之人愿充洋货行者，或呈明地方官承充，或改换招牌，各具呈认明给帖。”行商是经过朝廷许可才能够充当的，承充行商者不仅需要“身家殷实”，而且还需要经过官府的批准“各具呈认明给帖”，是在朝廷许可下的垄断商人，利润非常之丰厚。
但是行商垄断也存在着很多的不利因素，他们垄断了对外贸易的巨额利润，使得自己实力大增，是否会对朝他构成威胁，朱载坖还尚不知晓，而且这些包商制本来就存在种种弊端，不利于大明海外贸易的发展，这些行商承销进口洋货，采办出口丝茶，为外商提供仓库住房，代雇通商工役。行商对于承保的外国商船货物因享有优先的权利，在其他分销货物的行商交不出进口货税时，必须先行垫付。凡外商有向官府交涉禀报的事，责令行商通事代为转递，并负责约束外商不法行为。
很多时候，这些行商实际上在履行朝廷海关的相应职能，最重要的就是定价权，因为价格就直接关系到朝廷的海关关税，尤其是这种大宗货物的贸易，失之毫厘差之千里，这是非常重要的，而海关在核定关税的时候，重要的依据就是行商们对于商品的估价。
这些行商是官方特许的垄断性商业组织，其主要职能是协定出口货价及代中外商人纳税。除了做生意之外，十三行还要与来华洋商打交道，从货物买卖到日常起居，事无巨细，都必须通过十三行。
朱载坖很清楚，这些行商们在其中所攫取的利润是十分之丰厚的，但是朝廷一时半会儿确实真是离不开他们，因为在海关关税的征收当时，行商充当了极为重要的作用，洋商到港，未必会携带金银，往往是携带各种货物，想要将货物卖掉之后再缴纳关税并且采购回程的商品，而在这个阶段，就是行商们发挥的时候了。
他们首先是要估算货物价值，呈请海关复核之后，开具关税清单，然后行商代为缴纳关税，并且总包货物，将其发卖之后，扣除关税和自己的规费，在按照洋商的需求，采取相应的出口货物，然后帮其办理出口，缴纳关税，在朝廷关税的征缴过程中，行商起了极为重要的作用。行商可以保障朝廷能够及时收到关税。
这点朱载坖是很清楚的，但是行商的缺点也是很明显的，首先就是行商的权力过大，他们拥有核定价格的大权，而无论是行商自己还是洋商，肯定都是希望将征税价格核定越低越好，以逃避、减少朝廷的关税，但是朝廷肯定是希望能够足够征缴关税的。
其次就是行商利用自己的特权，两头压榨，上下通吃，不仅仅是敲诈外商，也敲诈大明商人，好从中谋取巨额利润，行商赚的越多，朝廷的关税就越少，这点是毫无疑问的。