对于申时行的这个建议，重臣们也予以同意了，因为对于臣子们来说，这显然已经是最好的结果了，这些涉案的官员能够交由法司处置，避免将此案进一步扩大化，这点对于现在的臣子们来说已经是最好的办法的。
朱翊釴很清楚，这是之前朱载坖和申时行等人商量好了的，朱载坖通过厂卫大肆拿捕这些涉案的官员，并且加以株连，这是第一步，也就是杀人的阶段，朱载坖此举就是敲山震虎，制造群臣心目中的恐慌，对于臣子们来说，他们最担心的就是出现像太祖朝那样的大案，大肆株连，搞得整个朝廷都受到影响，所以申时行再抛出所谓的自首之法，对于朝臣们来说就是现在唯一的救命稻草，就这办法，还要看朱载坖这个皇帝接不接受呢。
王锡爵等人也认为这个办法是相对不错的，但是要说服朱载坖才行，而这个重任，就得交给太子才行了，王锡爵等人只得催促太子立即动身前往西苑，说服朱载坖，现在厂卫每时每刻都在京师拿人，而且还不断的向外地派出缇骑，拿捕外地的官员，这事必须要尽快解决，免得搞出大事来了。
朱翊釴于是在群臣们的希望之中，赶赴西苑，但是厂卫的动作并没有就此停下，当天，陆绎指挥锦衣亲军拿捕了安希范等在朝中有一定影响力的人物，对于朝廷来说，这更加加剧了官员们的恐慌情况，而且说明太子的劝谏恐怕并没起到应有的效果，这点臣子们也是很清楚的。
所以在首辅张四维的率领下，阁部重臣们再次来到西苑，想要求见朱载坖，没想到朱载坖明确加以拒绝，出来解释的事太子朱翊釴，朱翊釴对重臣们说道：“父皇信不过法司，认为法司衙门可能会宽纵这些官员。”
对于朱载坖的这个判断，首先起来反驳的就是左都御史杨继盛，杨继盛说道：“殿下，请转奏陛下，老臣在都察院，绝不会有所偏私的。”
右都御史温纯也出来保证此事，朱翊釴也也只得再次回去和朱载坖商量此事，很快朱翊釴出来传达了朱载坖的旨意，左都御史杨继盛、右都御史温纯、刑部左侍郎吴时来三人进入西苑，对于重臣们来说，这无疑是一件很好的事情，朱载坖愿意接见法司官员，就说明对于申时行所提出的办法，朱载坖还是有所考虑的。
三位臣子奉诏进入西苑，先在无逸殿等待了一下，朱载坖才抵达，三位大员们赶紧行礼，对于他们到这里的目的，朱载坖是很清楚的，当然这也是朱载坖提前和申时行商量好的，朱载坖的问题是很简单的，三法司能否依照大明律严格办案，对于杨继盛和温纯的个人操守，朱载坖是信任的，但是当他们真的面对这么多的官员的时候，能否下得去手，这确实是一个问题。
朱载坖也向杨继盛等人提出了这些问题，朱载坖不是不能将此案交给三法司办理，但是三法司怎么保证能够让朱载坖满意呢，这点确实是朱载坖所关心的问题，杨继盛等人在和朱载坖商量了之后，对于申时行所提出的建议做了两点修改，第一就是不是官员自首就能够逃避厂卫，对于所涉事情严重，情节恶劣的官员，一样是要移送厂卫的。
第二就是厂卫也要旁听三法司的审讯，对于那些想通过自首逃避厂卫，但是并没有如实供述，尤其是没有交代其背后的人和行贿人的官员，经过厂卫提请之后，一样可以在朱载坖御批之后移送镇抚司。
朱载坖明确表示，如果不答应这两点，朱载坖宁愿继续让厂卫办理此事，杨继盛等人同意了朱载坖要求，朱载坖随即命令翰林院起草相应的诏书，昭告天下，敦促这些官员和他们背后的金主主动自首，否则的话，一旦被厂卫拿获，肯定是要严惩不贷的。
同时朱载坖决定实施三法司会审，以左都御史杨继盛、右都御史温纯、刑部左侍郎吴时来、大理寺卿蔡国珍等人为主审官，全面负责对于本案涉案官员、商人的审断，提督东厂办事官校刘忠监审，成国公、锦衣中卫指挥佥事朱应桢监审，对于发现的有不如实交代，没有交代具体的行贿商人名单的官员，即刻提请朱载坖，要求将相关人员移送厂卫严审。
同时朱载坖还宣布，在实施行贿受贿同罪的基础，对于行贿的商人，能够主动交代或者是被官员索贿的商人，可以酌情免于处罚，在朱载坖的诏令下达之后，张四维、申时行等阁臣也迅速以内阁阁谕的形式晓谕官员们，要求涉案的官员立即自首，以免被送厂卫。
而三法司也联名发出告示，要求涉案官民人等，迅速向三法司、各提刑按察使司和巡按御史自首，以免被厂卫所拿捕，在朱载坖、内阁和三法司的强大压力下，一些官员们也向三法司自首，不过人数并不多，不少官员仍旧在观望，对于这点朱载坖也是很清楚的，他当即命令陆绎和刘忠，厂卫要加大缉捕的力度，同时对于这些行贿的商贾，要重点缉拿和查抄。
尤其是查抄家产，朱载坖很清楚，这些商人们和官员们一样，深谙狡兔三窟的道理，他们往往将家财隐匿于其他地方，防止遭到朝廷的一网打尽，在这种情况之下，朱载坖将原本锦衣卫的查检百户升格为查检千户所，直接隶属于锦衣亲军都指挥使司，同时各卫也有相应的查检百户所，专司查抄之事，朱载坖严令各查检千百户和办案卫所，要将涉案各犯所隐匿的财产一体查抄，不准有所隐匿，同时还实施机动部署查检力量的方式，将查检千户所的精干校尉向苏松、浙江、福建、广东、江西等省份派出，支持当地卫所办案，务必保证人赃并获。