五月十一日，朱全忠在洛阳完成了控制昭宗的一系列部署安排后返归大梁（河南开封）。
六月份，凤翔节度使李茂贞、西川节度使王建、邠宁节度使杨崇本相互传送檄文，约好合兵讨伐朱全忠。
朱全忠派大将朱友裕为行营都统前往迎战，又令保大节度使刘寻弃守鄜州（陕西延安富县），卫护同州（陕西渭南大荔县）。
六月二十日，朱全忠亲自统军西讨李茂贞。
七月初三，经洛阳拜别昭宗，于七月初十抵达永济。
昭宗自从离开长安，日夜担忧身遭不测，每天与何后沉溺酒中相对哭泣。枢密使蒋玄晖把昭宗一举一动随时报告给了朱全忠，朱全忠深感不安。
李茂贞、杨崇本、李克用、刘仁恭、王建、杨行密这些藩镇大佬互通有无，所说无非都是些振兴唐室的言辞。
朱全忠想向西出兵，征讨李茂贞、杨崇本，又觉得昭宗聪敏果决，且对目前境遇意愤难平，担心他会借机生变。便想换个年幼的皇帝充当傀儡，这样他才有禅代机会。
一番思量过后，朱全忠委派判官李振到洛阳，与蒋玄晖、朱友恭、氏叔琮共同谋议，见机行事。
八月十一日，晚，牙官史太等百余人叩击宫门，说是有重大军情需当面报告昭宗。
夫人裴贞一开门询问：“既是奏报军情，为何带兵前来！”史太二话不说，挥刀将她砍翻，率先闯入宫门。昭仪李渐荣大声惊呼：“不要伤害皇上！”
此时昭宗已喝醉睡下，听到外边动静急忙起身，仅披着件单衣绕着房柱躲闪，被史太追到砍杀。
李渐荣用身体护住昭宗，也被史太所杀。何后向蒋玄晖哀求，才得以幸免。
可怜昭宗，空有强国心愿，奈何身处末世，终遭历史淘汰。随着他的故去，大唐已是名存实亡！
八月十二日，蒋玄晖矫诏称昭仪李渐容、夫人裴贞一杀害了昭宗。并以何后名义，立十三岁的辉王李祚为太子，改名李柷。让他在昭宗灵柩前即位，是为昭宣帝。
宫中恐惧异常，没人敢出声哭泣。
十月初一，朱全忠听闻朱友恭等弑杀昭宗，假作震惊，放声痛哭着扑倒在地，双手拍打地面哽咽着说：“这些天杀的奴才，怎敢做出如此忤逆罪行，让我背负万世恶名！”
十月初三，朱全忠赶回东都，趴伏在昭宗棺椁上恸哭不止，又在小皇帝面前陈述，这绝不是他的意思，还厚颜无耻的请求讨伐叛贼。
随后，以朱友恭、氏叔琮不能约束士兵侵扰为由，把朱友恭贬为崖州（海南三亚）司户，氏叔琮贬为白州（广西玉林博白县）司户，不久又赐他们自尽。
临刑前，朱友恭破口大骂：“你出卖我堵住天下非议，难道能瞒过鬼神吗？你如此做事，定会断子绝孙！”
天佑二年（905年）正月初九，朱全忠一不做二不休，索性让蒋玄晖把昭宗九个儿子叫到宫内饮酒，趁他们酒醉沉睡，将他们全部勒死，沉入河池灭迹。
事情做到这个份上，朱全忠仍不罢休，他既想通过禅让的方式上位，就必须先把那些忠于唐室的大臣诛除殆尽。
五月初七，有彗星出现，宽大的彗尾横贯天空！
宰相柳璨按朱全忠交代，列出一份长长的重卧权贵名单交给朱全忠，提议道：“这些人聚众胡说，非议朝政，应全部杀掉以应天象。”
判官李振也说：“朝廷之所以治理不好，全因为这些世代为官、手握重权的轻浮之辈扰乱朝政。况且大王要图大事，这些人都是难以说服的人，不如全杀了！”朱全忠深以为深。
五月十五日，诏贬宰相独孤损、裴枢、崔远为刺史；贬吏部尚书陆扆、工部尚书王溥为司户。
其他官员，无论门阀世家，还是科举中仕，但凡身居要职，全被指斥为浮薄之徒，逐一贬黜。
大唐近三百年形成的利益链条彻底断裂！
六月初一，在李振提议下，朱全忠把裴枢等三十余名被贬高官，驱赶到白马驿，一夜间全部杀掉，尸体扔进河里，史称“白马之变”。
李振是前昭义节度使李抱真的曾孙，虽也算权贵子弟，但因他们一族是粟特人（今中亚塔吉克斯坦、乌兹别克斯境内），又世代为将，社会地位并不高。
加之他曾多次参加科考，却从未中第，因此恨透了那些高高在上的朝廷要员。他曾对朱全忠说：“这些人常常自命不凡，夸耀自己是什么清流，应把他们扔进黄河变成浊流。”朱全忠笑而不答。
一次，朱全忠与幕僚和几个文人在大柳树下闲聊。朱全忠指着柳树说：“这棵树可做车毂。”幕僚无人应声，有个文人起身作答：“是可以做车毂。”
朱全忠那张本来还在笑着的脸，突然冷下来，骂道：“你们读书人就喜欢顺口搭音、欺骗别人！做车毂需用榆树，柳木怎么可以！”
于是看向左右护卫，挥手喝道：“你们还等什么，杀了！”没等几个文人有所反应，数十名护卫已持刀上前，将他们砍翻在地。