在处斩了两千多叛乱的水西土司兵俘虏后，既有摄于明军残酷血腥的，也有暗下决心选择继续与明军对抗的。
而其中被震慑住的多是土司府的高层与没有家人参与叛乱的人员，至于暗下决心继续与明军对抗到底的，多是那些被斩杀的至亲家人。
尽管奢社辉母子向洪承畴投降了，但洪承畴可不放心继续将他们留在水西城，而是将他们带回了贵阳府城，同时还留下了参将秦邦翰带着一个营驻守在了水西城，以防水西土司的再次叛乱与支援陈策在水西的战事。
回到贵阳府后，洪承畴开始给朝廷上请求在贵州施行改土归流的题本，计划废除水西、水东的世袭宣慰司与其它地区的宣抚司，改任通过科举产生的流官来接任这些府州县。
他将改土归流的内容主要分成七大内容：第一，废除宣抚司与宣慰司，设置府州县三级地方行政机构，并由朝廷派遣流官充任官职；
第二，将贵州布政司分成七府六十县，七府分别是贵阳府、都匀府、毕节府、安顺府、永宁府、镇远、铜仁；
第三，从其它布政司移汉民垦荒，充实地方，移易倮习；
第四，清查户口，丈量土地，统一赋税；
第五，建城池，设关卡，屯兵戍边；
第六，兴儒学，设置官学、乡学、义学，科举适当优惠，禁止苗民诸多宗教祭祀活动及风俗习惯，推行三纲五常及忠孝节义观念；
第七，计擒为上策，兵剿为下策，令其投献为上策，敕令投献为下策，治苗之法，当恩威并施。
在七条内容的后面，洪承畴还分别附上了八府六十县的具体名字与划分依据，比如，陆广与鸭池河以东区域并入贵阳府，同时并入贵阳府的还有龙里卫与威清卫。
至于原陆广河、鸭池河以西的水西宣慰司，与毕节卫、赤水卫合并，成立毕节府，府城毕节县，而原属于谷龙河以南的水西宣慰司地盘则划入安顺府。
此外，永宁州与普安州合并，成立永宁府，府城永宁州，平坝、安顺与镇宁三地合并后，成立安顺府，府城安顺州。
原新添卫、兴隆卫与平越府并入都匀府，府城都匀县，黎平府、思州府与苗疆腹地并入镇远府，府城镇远县，石阡府、思南府并入铜仁府，府城铜仁县。
洪承畴的题本在经过大半月的传递后，终于被送到了朱由校的案头上，简单看完内阁的票拟后，朱由校让刘时敏拿来贵州的地图，开始思考与比划洪承畴的府州县划分，在花了近两个小时的思考后，朱由校基本同意了洪承畴划分，并且还将遵义府也纳入了贵州布政司。
之所以将遵义府也纳入贵州，一个是后世的习惯使然，另一个则是贵州布政司实在太小，而他北面的四川布政司又过于庞大。
至于移汉民充塞贵州，朱由校自然是举双手赞成，他着令陕西布政司两年内从延安府迁出十万户进入贵州毕节、安顺、永宁、都匀等府。
对于这些充塞的屯民，朱由校不仅给予了土地、种子与租借耕牛的优惠，还允许免除赋税五年。
除此之外，朱由校还鼓励贵州布政司利用贫瘠的山地广种油桐，从而赚取种地外的额外收入，至于收获的桐油，自然会有四海商行下属的两家造船厂大量收购。
桐油是一种非常不错的防腐防潮的涂料，对于还是处于木质船只的时代，更是显得尤其的珍贵。
之前四海商行造船厂的船只涂料，多是来自武昌府的桐油，武昌府南靠太平山与幕阜山，那里本就有不少的野生油桐树。
在武昌造船厂需求大量桐油的时候，选择了与这里的山民合作种植油桐树，山民种植与采摘油桐，再拿到附近的油坊榨成油，之后再送到四海造船厂指定的收购点进行售卖。
虽然种植油桐的确很辛苦，但对于没有太多收入来源的山民来说，是一笔非常不错的外快。
有了与武昌府山民合作的经验，四海造船厂再到贵州与当地山民合作，自然是驾轻就熟的事情。
时间久了，桐油的数量肯定出现饱和，但四海商行可以卖给其它广大的造船厂与以船运为主的商行，此外，还可以作为出口给泰西人的另一种贸易品。
长期在大海上漂荡的泰西船队，对于桐油这种优质的防腐防虫的海船涂料，自然是爱不释手。
他们除了给自己船队使用，还可以高价卖给其他船队。
不久之后，大明与泰西船队兴起了一波桐油热，桐油的产量供不应求，价格也跟着翻了几翻，造成了长江沿岸山区兴起了一波种植油桐的热潮，直到十多年后出现了铁甲船，需求量才慢慢地降了下来，价格也跟着下降不少。
价格下降，种植的人自然也会跟着减少，这都是逃不脱的供需平衡被打破后的必然结果。
至于贵州兴儒学先生不够的问题，经过这两年的连续贬官与流放贵州，已经补足了不少的空编，今后依然会继续将罪官发配到西南各地。
将这些以东南为主的士绅家族贬到西南，等于是进行了一种持续性的强制文化扶贫。
这些被贬尤其是流放过去的官员，都是一群受过良好教育的高级知识分子，随他们一同过去的家人也大都如此。
而且，其中不少被抄家流放过去的罪官，就算之后被取消了流放判罚，想再次回到家乡的时候，早就时移世易，已经没了容身之地，最终不得不选择定居流放地或迁往他处定居。
这样下来，既打压了以东南士绅为首的顽固对抗势力，也提高了西南地区的教化，一举两得的事情，朱由校自然很乐意去做。
至于这些没落与受罪的犯官，朱由校自然是不会有任何的愧疚的，他可比老朱同志与朱老四温和多了，他只是让这些人流放到西南支教，支教成果不错的人，朱由校还会准许他们提前返乡。
同满清主子们动不动为了说错一句话就诛九族与夷三族相比，朱由校已经很温和了。
虽然他不怕暴君的骂名，但也不能浪费了这些人“书香世家”的身份，得充分发挥他们的余热，教化西南各少数民族子民。
洪承畴的题本被批复后，该忙碌的不仅有洪承畴与以他为首的贵州巡抚衙门，还有吏部与兵部这两个事关文武官员遴选的部门。
虽然贵州在大多数文武官员眼中，是不通教化的蛮夷之地，但谁让那里的官职是实打实的实缺啊，这可让壬戌科众多三甲新科进士们兴奋得不行，一下子多出如此多的实缺，他们可以不用在家苦等候补出现了。
至于兵部这边，则是军屯与卫所的设立，虽然朱由校在南北直隶与辽东基本废除了卫所，但此时到处充斥着土民的贵州，还是离不开这个军民合一的卫所制。
与此同时，户部也要跟着忙碌起来，毕竟移民、清查户口、丈量土地与地方赋税都离不开他们，对于贵州，朱由校只有两个要求，一个是顺利推进改土归流，不要再出现大规模的土民叛乱，另一个则是不要中央一直倒贴。
至于进入贵州平叛的四支军队，在隆武三年三月彻底平定奢安之乱后，重庆府军直接变成了贵阳府军，负责贵阳及其周边的安全。
秦邦屏的忠州白杆兵，分成了两个部分，一个营驻扎水西城，另一个营驻扎安顺。
而杜文焕的援川军，驻地改到了遵义，负责川黔之间的稳定。
最后一支由陈策带领的四川标兵营，则重新回到了重庆府，负责川东与整个四川的平稳。