大宁之战的中路军几支军队中，戚金驻守大宁州，原蓟州标兵营则是被调往了最北端的高州，尤世威则是在参加完大宁城之战后，返回了武烈城，负责武烈州的防御。
与此同时，原先驻扎在桃林口的冀州镇守军大部分被调往了利州一带驻防，而原密云的蓟州镇守军则是北迁至古北口外的满套儿与小兴州一带屯垦，留下的密云与古北口一带则交给了回防的京营第十营。
此外，回防的山海关军队继续负责山海关与周边的石门寨等地防守外，还加上了桃林口的防守重任，至于禁军第四营与蓟州镇军队北上大宁行都司后留下的迁西、三屯营与喜峰口防区，则交给了一直驻防在滦州的禁军第十三营负责。
当林丹汗驱赶了土默特诸部后，鸠占鹊巢了土默川、河套地区一带，朱由校便再次发动了对察哈尔的二次战争，这次战争的主帅是孙承宗，战场主将是满桂，副将则是杨肇基与王威。
除了宣大三镇的军队外，朱由校还让孙承宗节制了陕西三镇的军队，也就是延绥、宁夏与陕西三镇。
这场战争打得有来有往，从夏季一直打到了冬季，才最终将虎墩兔赶出了土默特部的地盘，而朱由校在这些地方再次新增了一个归化行都司。
因规划行都司的设立，原先的宣大三镇驻军也必须跟着做了较大的调整，满桂带着禁军第三营进驻归化城，山西镇总兵王威则带着大部分的山西镇军兵前往河套地区驻扎，至于新的军镇所在地则是中套黑山西侧的丰州城，也就是后世的包头一带。
考虑到时间上已经进入冬季，山西镇的迁移时间改到了隆武四年的开春，到时候与他们一起迁徙过去的，还有陕西与山西北部无地或少地的贫民，这些人依然会有同等的安家费与免税赋土地。
大明开国初期，整个北方都是地广人稀，或许这也是当时的朝廷不得不内迁的重要原因之一，毕竟肥沃的中原土地都没人耕种，怎么会去这些相对贫瘠荒芜的地方。
但现在大明已经经过了两百五十多年的稳定发展，人口基数早就从洪武时期的五六千万人发展到了近两亿人，传统的中原汉地也逐渐出现了人多地少的困境。
所以，隆武朝几次有官方高额补贴的人口大迁徙，都得到了积极的响应，尤其是生活在黄土高原上苦不堪言的贫苦百姓。
将漠南蒙古中同大明一直敌对的察哈尔与土默特为首的酋长赶出漠南地盘，并且在这些地盘的关键地区驻扎重兵后，就算蒙古人口一时依然占据较大的优势，但有强军驻守在侧，外加陆续不断的大移民，汉人的人口总数用不了太长的时间便会占据多数，到时候蒙古人再想作乱，难度就变得大了许多。
除了强军驻守与迁移汉民，朱由校还重新将所有蒙古人进行了编户齐名，一些比较大的部族采取半自治的方式，同时与大明皇族联姻，比如朱由校给自己的三位皇叔每人娶了一位蒙古妃子，而选中的三个部族是势力依然强大的乌珠穆沁、乃蛮与科尔沁。
刚开始时三位皇叔自然是强烈反对的，但在朱由校的软硬兼施下，以及承诺朝廷帮他们供养这些蒙古妃子后，他们才最终不得不咬牙同意了。
除了乌珠穆沁、乃蛮与科尔沁三个较大的部族同大明皇家联姻外，朱由校还鼓励士兵与新迁徙过去的汉民同蒙古人通婚，这种鼓励不仅仅只是口头上的鼓励，还有土地、农具与牛羊的鼓励，比如娶一个蒙古女子奖五十亩土地，两人生一个男孩奖励锄头两把，生两个再多奖励一只羊，生五个则是奖励耕牛一头。
此外，还有免费普及五年制汉化教育，尊重并发扬黄教的传播，以及教导蒙古人停下来耕种等。
而这些政策的落实，自然是一个长期的工程了，光大宁十万户大移民就花了将近三年的时间，更何况是汉化教育普及这种不说百年工程，最起码也是三代工程，所耗费的时间与精力自然就是更多。
为了解决汉化教育教师缺乏的问题，朱由校将一些犯罪官员流放地改到了漠南各蒙古人聚居的地方，让他们充分发挥余热，为大明的汉化夷狄做出该有的贡献。
而且被流放的犯罪官员名单中，除了未来继续犯罪的官员外，还有之前被流放至西北的两百多个生员。
朱由校为了快速解决漠南蒙古诸部教师不足的问题，将这些人被流放至西北的国子监所谓才子们，更改流放地为大宁、金山与规划行都司，给他们一次改过自新的机会，只要顺利从启蒙学院毕业的蒙古孩子达到一定数量后，便可废除他们身上的枷锁，返回中原开始新的生活。
除此之外，朱由校还让工部出资修筑密云-兴州-武烈-承德-会州-大宁-高州-敖汉-乃蛮-金山-叶赫、高州-神树-开平-兴和-集宁-归化-丰州的主干道，以及大宁-营州-义州、锦州-义州-阜新-金山、高州-蒙牛特-白城-乌珠穆沁、张家口-兴和-苏尼特、大同-丰镇-集宁等支线。
要想富先修路，要想解决漠南蒙古的同化问题，道路通畅是至关重要的一环，有了便捷的交通，不仅会加剧漠南与中原地区的沟通，也会方便中原地区的军队快速到达发生叛乱的地区。
除非这些地方的蒙古人不愿意继续生活在漠南地区，学着林丹汗迁往他处，对于这种人，朱由校自然不会挽留，必要的时候还会派大军前往追剿。
面对着朱由校定下的漠南地区庞大的筑路计划，内阁与户部的官员一开始集体反对，他们只支持由工部出资修筑密云-大宁-金山-叶赫这一条与大同-丰镇-集宁-归化这两条主干道，毕竟修筑的这些道路短期内看不到什么回报，而且因路线过长导致成本十分高昂。