因马尼拉王城尚未攻占下来，所以南居益将自己的临时总督府设在了甲米地这个军港，一是离马尼拉战场距离适中，二是作为海岛与军港，不用太操心安全问题，毕竟马尼拉附近几乎没什么大明人，小心一些不是什么大错。
马尼拉王城内的菲律宾都督恩滕扎等大弗朗机人，当看到大明又来了数量庞大的船队后，本就动摇不定的心，现在变得更加的动摇。
他们远渡重洋过来，不全是为了什么开疆拓土的，而更重要的是为了开展瓷器、茶叶与香料贸易的。
在杨嗣昌等人到达马尼拉的第二天，恩滕扎与马尼拉皇家审问院及主教经过一番强烈争吵后，最终在不可能扭转局势的现实面前，选择了高举白旗投降。
但是，在投降待遇上，双方来来回回争吵了三轮之后，依然在根本原则上没有达成一致。
大弗朗机人的条件是：他们可以撤出马尼拉王城与吕宋岛，但吕宋岛南部诸岛屿依然归属于大弗朗机，同时允许他们带着军械钱粮平安撤出吕宋，并允许大弗朗机舰队前来接他们南下。
朱由校在收到吕宋捷报的时候，就担心文官们为了所谓的大局与以德报怨，从而礼送这些连续犯下屠杀大明侨胞的刽子手，在行人司南下广东送旨意的时候，专门让锦衣卫千户卢剑雨带着一个百户所同行。
朱由校派卢剑雨前往吕宋，除了给他朱由校送密信外，还让他在吕宋组建锦衣卫千户所，负责吕宋与南洋群岛的军情刺探之事，顺便监督吕宋总督府的所有官员。
朱由校给南居益的密信中，除了强调大弗朗机人只能接受无条件投降外，还要公开审判当年参与吕宋大屠杀的大弗朗机人及助纣为虐的土着。
与此同时，还要南居益实施以汉民取代土着的计划，简单点来说，那就是除了直接的大屠杀外，可以采取任何手段削减土着人口，同时增加汉民数量。
双方投降条件差距实在太大，加上此时的大弗朗机人自负惯了，所以谈判进行了三轮之后，双方继续回到了之前的对峙状态。
对于双方僵持在马尼拉王城的状态，南居益也不急于进攻，而是按照朝廷与皇帝的要求，开始有序组建吕宋总督府与两个府的地方官僚建制。
各级主要官员基本都是朝廷任命，但吏员则是直接招募之前积极协助明军攻占吕宋给第的侨民。
至于禁军海军第五营的组建，因是都督府编制，南居益等吕宋官员无法干预，只能任由他们自行招募，同时也不敢阻碍第五营在广东水师中招募兵员。
对于海军第五营招募水兵，与海军第四营一起参加过马尼拉海战的广东水师官兵们，在听说这条消息后，一个个争先恐后地过来报名参加遴选。
作为广东水师的最高将官，沈寿崇虽然很气愤，但已经有过渤海水师被挖墙脚的经历，只能气得干瞪眼，拿海军第五营没有任何办法。
作为将领，沈寿崇自己就很想加入禁军海军，不仅有优厚的俸禄与补贴，还有最先进的舰船与火器使用，而且还是天子亲军，如此待遇，怎能不让每一个官兵们心动。
在吕宋总督府成立的当日，南居益不仅召见了文武各级官员，还邀请了一些土着大族与大明海商前来庆贺。
面对强势的大明，这些土着在枪炮的威慑下不得不参加大明吕宋总督府的成立。
南居益遵照皇帝旨意，没有采取大弗朗机人用过的代理人管理制度，这样的确能快速稳定吕宋各地，但却不是皇帝与朝廷想要的以汉代土之策。
所以，南居益在都督府成立的当日，强行软禁了前来参加庆典的各大土着势力的首脑，之后从马尼拉开始，逐步强势推行府县制。
好在吕宋有十多万侨民，在他们的引导下，府县制的推行虽有不小阻力，但阻力比贵州推行改土归流轻松多了。
而且因有皇帝的保底，南居益等吕宋官员在应对激烈对抗的土着面前，就没了那么多的顾虑，男的一律斩杀，女的充作军队与侨民的妾室，为大明在吕宋快速繁衍人口。
强推府县的过程中，原先被大弗朗机人与土着双重欺压的侨民，不仅翻身奴奴把家唱，还被允许配备武器与抢夺土着土地后，像发了疯一样的四处劫掠土着村子。
不到半年的时间内，靠近马尼拉湾与达古潘湾一百里陆地范围，几乎看不到一个土着男丁的身影，就算有，也是被抓过来修筑城墙与府衙的壮丁。
大弗朗机人在吕宋岛经营的时间并不是很长，除了马尼拉王城与甲米地军港等重要位置有像样的建筑外，其它地方还是以土着胡乱搭建的茅草屋为主。
而大明未来要深耕吕宋，最先要做的事情便是兴建城墙与各级衙门的房屋，将组织架构建立起来，之后是修建港口与道路，方便运输往来。
马尼拉王城内的大弗朗机人在与明军继续对峙了三个月后，因粮食最终消耗殆尽，不得不接受了大明的无条件投降。
对于无条件投降的大弗朗机人与土着雇佣军，先是进行了一番公开审判，凡是参与了屠杀侨民的人，一律斩立决。
至于那些仅次于犯下大屠杀罪行的人，一律判处劳役终身，再次之则是根据情况判定年数不等的劳役。
就算那些刚来吕宋岛的大弗朗机人，啥坏事都没来得及做，也依然是被判处了三年起步的劳役。
至于投降的那些女人嘛，并没有任何的处罚优惠，与男人一样。
之所以没有将这些投降的大弗朗机人一律斩立决，一是这些人可以为吕宋岛的基建出一份力，另一个则是等待大弗朗机人过来谈判，支付完人质赎买费用后，还能继续与大明进行贸易，毕竟现在的大明还离不开美洲的白银。
这时候的大明，民族自豪感十足，并没有犯下什么崇洋媚外的软骨病，也不觉得泰西人男的绅士、女的靓丽，该如何处置依然如何处置。
而无条件投降后的大弗朗机武器嘛，被清剿之后，能用的继续使用，不能用的干脆熔为铁块，打制成了各种冷兵器与农具。
至于马尼拉王城，在认真清扫一遍后，吕宋总督府与镇边营将士搬了进去，作为未来大明在吕宋岛的统治核心。