这场东南士民之乱，从隆武四年十月初开始，到隆武五年正月终止。
叛乱之所以能终止，一是双方军事实力严重不成对比，二是南下攻打安南的军队各自返回了原驻地，三是春闱就要开始了。
闹了这么久，不但没有看到任何的成果，反而皇帝宣布要废除南北榜，此后按照各布政司人口比重确立录取进士名额。
而那些出现对抗朝廷的府县，将会取消隆武五年乙丑科的会试资格，甚至是隆武六年的县试、府试与院试，以及七年的秋试与八年戊辰科的会试。
科举这个大杀招一出，绝大多数本就意志不坚定的士绅，迅速地退出了闹事的队伍，转而举报那些顽固的对抗分子。
很神奇的事情是，隆武四年进行变革的辽东、山东、河南、湖广及三个行都司并没有什么府县参与这次的士绅之乱。
朱由校猜测辽东与三个行都司士绅实力太过弱小，而且多是军镇，根本闹不起来，而山东刚经历暴力对抗矿税被镇压，那些爱挑事儿的头儿已经被提前分流，所以也就无法响应东南的士绅民乱。
至于河南与湖广，两个布政司的官员虽然在土地上有所损失，但皇帝在商业上给予了较大的弥补，而且他们都知道皇帝以后会根据实际人口进行科举名额的重新分配，更关键的是现在朝廷掌权的重臣有不少是出自湖广与河南。
所以，这里的士绅没有响应东南士民闹事，也就很正常了。
民乱平息后，那些挑头的士绅全被抄家并废除功名，流放破虏行都司，而且三代以内禁止科举禁止返回原籍。
至于始作俑者黄尊素，朱由校并没有因他有个很牛逼的儿子而有任何的怜惜，直接准了李长庚斩立决的判罚。
可怜的黄宗羲，上一世因他父亲对抗皇帝与魏忠贤而被整死狱中，这一世的他父亲因鼓动民乱，被判了斩立决，而且全家还要被流放苦寒的破虏行都司。
能否还会出现历史上的那个所谓启蒙思想家黄宗羲，朱由校是不会有任何的兴趣的，至于会不会对抗朝廷与他朱由校，朱由校也不会过多关心，对他来说，只不过是一个蝼蚁而已。
与黄尊素一样待遇的，还有兴化吴甡、临邑王洽，他们被斩首的场所，不是京城的猪市口，也不是南京的太平门，而是南京城内应天府衙门前的府东街与三山街交汇口，以给予东南士民以最大的震慑。
其他的诸如董其昌、郑三俊、钱龙锡、孙慎行、望奎庆、王铎、姚希孟、刘策、陈一元之流，全被抄家流放破虏行都司，三代以内不得科举不得回原籍。
而那些参与叛乱的普通百姓，朱由校准了李长庚斩首首乱与作恶多端者，但对于其它胁从者，朱由校也没有轻易放过他们，全部流放至吕宋与安南总督府，进行劳役三到十年。
此次士民之乱结束后，江西少了一万人，江北少了近三万人，浙江少了五万人，福建少了八万人，而江东最多，少了十五万人，其中死伤人数合计一万八千来人，其它的全被流放破虏行都司，以及吕宋与安南总督府。
当然，抄了如此多豪绅巨富的家，钱粮、房屋、田产、古董等自然是十分的可观，按照过往抄家四六分账的惯例，分四成的内帑得了总共近三千万两白银价值的现银与轻便财物，而田地、矿山、湖泊等资源没有计入分账名单，全部进入了皇庄与大明矿业的腰包。
在镇压东南士民之乱进入高峰期的时候，许久未见的李凤祥突然出现在了朱由校的私人书房内，而陪同的人员有且只有方正化一人。
听完李凤祥的描述，朱由校有点不敢相信地问道：“你是说信王仍与东林之人有来往？”
“是的，这次是通过碧云寺的高僧进行的传话！”李凤祥低着头小声答道。
“有多久了？”
“回皇爷，大概是端午节前后！”
已经有半年多的时间了，这个朱由检还真是死性不改，一而再再而三地挑战他的忍耐性。
沉默了许久后，朱由校淡淡地开口道：“碧云寺中替信王传信之人全部处死，让督察院弹劾信王勾连外朝李标，请求废为庶人，并永久圈禁！”
“是，皇爷，不知圈禁何处？”
“圈禁千灵山忠烈祠！”朱由校微闭着眼睛答道。
就让朱由检去给这些战死疆场的将士守灵吧，也算是还他上一世坑死的无数忠臣良将。
“是，皇爷，奴婢遵旨！”
“近来宫中可还太平？”
见李凤祥沉默，朱由校皱着眉头追问道：“可是有什么大事瞒着朕？”
“回皇爷，奴婢不敢，就是李贵妃私下抱怨了几句皇爷杀戮太重！”李凤祥说完，被吓得赶忙跪趴在地上。
“郑太妃呢？”
“依然还是不过问任何事，只是每天上香念佛！”
“永定伯呢？”
“自从山东发生抗税之事后，永定伯选择了闭门谢客！”
“知道了，退下吧！”
“是，皇爷，奴婢告退！”
两天后，贵妃李若曦父亲护军兼镇国将军李元根贬为庶人，李若曦本人降为僖嫔，皇长子生母荣妃升为荣贵妃。
又过三日，御史周宗建、徐扬先弹劾信王朱由检勾连李标与赵南星，谋夺皇位，废为庶人，并圈禁终身。
帝大怒，令东厂严查，又过五日，经东厂实查，御史弹劾内容证据确凿，帝痛心疾首，诏告太庙，交由三法司会同礼部商议处置。
至于之前与朱由检联姻的扎鲁特格格其木格，被朱由校册封为福余郡主，着礼部与司礼监另选佳婿，于隆武五年秋完婚。
圈禁朱由检之后，朱由校心里也不是很好受，毕竟是自己在世的唯一亲兄弟。
在他原先的计划中，朱由校还期望朱由检能够与他一起稳固皇权与发展大明，但结果却是以互相敌视收场。
内心苦闷无法排解的朱由校，只能将怨念对向了那群利欲熏心、时刻想控制皇权的官僚士大夫，尤其是其中多次误导朱由检的东林党人。