联盟战胜古老势力后，沉浸于胜利喜悦，宇宙进入高速发展期。星际旅行实现瞬间跃迁，星球生态繁荣多样，民众安居乐业。但在这昌盛背后，危险悄然降临。
林宇博士在新设立的宇宙观测站工作时，察觉星际磁场出现微妙扭曲。深入分析，数据指向遥远星渊中的未知区域，那里似有神秘力量干扰宇宙基本力平衡。博士率科研小队乘星舰前往，临近目的地，星舰被莫名引力拉扯，舱内设备乱闪，动力几近瘫痪。强行着陆后，眼前是一片荒芜死寂之地，地面布满诡异沟壑，散发着幽冷蓝光的巨石悬浮半空，似在遵循某种神秘规律移动。
与此同时，艾丽退役转岗至联盟安全情报部门，负责监控宇宙异动。各地情报显示，多个新兴星球文明毫无征兆地倒向反联盟阵营，其内部通讯被加密信息操控，民众言行受深度影响。艾丽率精英特工循迹追查，锁定一处位于暗物质星云后的隐秘基地。接近时，遭遇隐形无人机群突袭，这些无人机装备量子干扰器，使特工们的装备失效，只能徒手搏斗。
杰克船长负责新战舰研发项目，正测试新型主力舰性能。试飞途中，舰队遭遇“幽灵雷区”，肉眼不可见的能量地雷瞬间炸伤多艘战舰，紧接着，一群形似水母、能释放强腐蚀电浆的外星生物汹涌来袭。它们凭借透明身体与超强机动性，穿梭于舰队间，所到之处战舰外壳溶解，武器失灵。
联盟高层紧急碰头，认定这是一场蓄谋已久、针对联盟的全面攻击，背后或有超强势力操控。当即组建“星渊守护者”特遣队：林宇博士深入星渊，查明磁场扭曲根源，设法恢复平衡；艾丽潜入隐秘基地，破解加密信息，瓦解反联盟阵营思想控制；杰克船长重整舰队，研发对抗外星生物与隐形地雷的战术，守护联盟空域。
林宇博士在星渊之地，艰难搭建临时实验室。研究发现，巨石移动轨迹与古老星图暗纹契合，依此规律推算，地下深处藏有“星力枢纽”，其失衡引发磁场问题。挖掘途中，遭遇机械沙虫，它们由纳米金属构成，耐高温高压，可在地下自由穿梭，攻击一切闯入者。博士用电磁脉冲枪与自制防护盾，边抵御边深入，终找到枢纽，却发现被能量锁封印，需特定星图密码解锁。
艾丽的特工队在隐秘基地奋力突围，利用格斗技巧与缴获无人机的零件，临时拼凑出信号干扰器，反制部分无人机。潜入基地内部，看到巨型信息操控塔，无数线路连接着各个星球文明。特工们兵分两路，一路破坏线路，一路攻入操控塔核心机房，与守卫机械人激战。这些机械人手持激光剑，攻防兼备，特工们付出惨重代价，才接近核心，却发现机房被生物识别锁保护。
杰克船长舰队在困境中，工程师们争分夺秒研发“光学隐形探测仪”与“电浆中和护盾”。前者利用光量子反射原理，能探测隐形物体；后者可吸收电浆能量，保护战舰。装备初成，舰队再战。先用探测仪定位地雷与外星生物，再开启护盾推进，集中火力打击。但外星生物繁殖迅速，新一波攻击让舰队压力倍增。
林宇博士紧急向联盟求助，总部速派星图专家，结合博士发现，破解密码，开启“星力枢纽”封印。能量平衡瞬间恢复，磁场扭曲解除，周边区域趋于稳定。
艾丽特工队陷入绝境时，技术特工黑入生物识别系统，打开机房。他们植入病毒，瘫痪操控塔，反联盟阵营加密信息中断，各星球文明恢复自主意识，纷纷倒戈，协助特工队剿灭残余势力。
杰克船长舰队苦战之际，联盟援军携带大量“电浆中和护盾”赶到，联合舰队全力反击，外星生物死伤大半，残部逃离。“幽灵雷区”也被彻底清除。
经此一役，联盟转危为安。林宇博士带回星渊古老科技，开启多学科前沿研究；艾丽和特工队守护联盟思想防线，获至高荣誉；杰克船长的新战舰战术成型，为联盟打造无敌舰队奠定基础。宇宙再次恢复和平，联盟在废墟与胜利中汲取力量，向着曙光，开启新一轮探索、发展的壮丽征程，续写传奇篇章。