经历连番恶战，联盟好不容易稳住阵脚，在各星球废墟上重建家园。但暗影势力并未销声匿迹，而是如暗处的毒蛇，伺机而动。
一日，联盟侦察舰截获一段神秘信号，解析后发现竟是暗影势力的内部通讯，其中提及一个名为“虚空枢纽”的关键设施，它似乎掌控着暗影能量的根源，若能摧毁，将极大削弱暗影力量。
“星刃”队长立刻召集核心成员商议对策。“星语”博士推了推眼镜，神情凝重：“据目前信息推断，这‘虚空枢纽’必定防护森严，大概率藏在多维空间褶皱内，常规手段难以企及。”众人陷入沉思，许久，“睿文”学者开口：“古籍中有载，有一种星辰罗盘，能锁定跨维度能量节点，指引方向。传说在‘幻光星云’深处，有个神秘文明遗址，或许藏有此物。”
事不宜迟，舰队即刻向“幻光星云”进发。那星云宛如梦幻与危险交织的迷宫，绚丽光芒下是致命的辐射风暴与隐藏的空间暗流。舰队小心翼翼地穿梭其中，护盾时刻紧绷。终于，在星云核心区域，发现一座漂浮的古老遗迹，形似巨大蜂巢，散发着微弱蓝光。
“钢拳”率机甲先锋队率先登陆。遗迹内部仿若迷宫，墙壁闪烁着奇异符文，时不时射出能量脉冲。暗影生物在暗处蛰伏，形如鬼魅，突袭队员。“钢拳”开启机甲的红外探测，与队友背靠背作战，光子拳套轰碎一波又一波敌人。
深入遗迹，他们看到一座石台，上面放置着古朴的星辰罗盘，可刚触碰罗盘，周围空间瞬间扭曲，一头守护兽从异次元裂缝踏出。这巨兽形似麒麟，周身环绕紫电，蹄踏之处空间崩塌。“钢拳”眼神坚毅，瞅准巨兽张嘴咆哮的时机，将机甲能量全部汇聚至右臂，狠狠轰入其口中，伴随一阵强光，守护兽消散。
拿到星辰罗盘，返回舰队，“星语”博士迅速校准，锁定“虚空枢纽”大致方位。众人马不停蹄奔赴目的地，临近时，只见一片黑暗虚空中，矗立着一座巨大的环形建筑，无数紫黑色能量束在其周身环绕，恰似恶魔的触手。
联盟舰队尚未靠近，就被一层能量力场弹开。艾丽通过联合救援网络，向擅长破解能量防护的星际学者求助，得到一组复杂破解程式。舰队依此调整武器频率，再次冲击。与此同时，“钢拳”带领突击队乘坐穿梭舱，强行突破力场薄弱处，降落在枢纽表面。
这里遍布暗影炮台与机械卫兵，炮台发射的暗物质光束腐蚀性极强，机械卫兵行动敏捷，能组合成防御阵型。“钢拳”等人在枪林弹雨中艰难推进，利用地形与敌人周旋。“星语”博士在战舰上监测，发现枢纽运转有个关键能量中枢，位于地下深处。
“睿文”学者带着工程小队深入地下，一路上克服重重机关，找到中枢。但中枢被坚冰般的暗影结晶保护，常规炸药无法撼动。紧急时刻，“星语”博士想到利用“灵晶”能量共振，远程指导“睿文”操作。当“灵晶”靠近结晶，两者产生高频振荡，结晶出现裂痕。
地面上，联盟舰队与暗影残余战舰激烈交火，战舰不断陨落，化作宇宙中的残骸。“星刃”队长亲自驾驶旗舰，冲锋在前，主炮持续轰鸣。在内外夹攻之下，暗影结晶轰然破碎，“虚空枢纽”能量紊乱，开始自我崩解。
随着一声巨响，“虚空枢纽”爆炸，强大的能量冲击席卷四周，暗影势力哀号遍野。联盟舰队护盾全开，抵御冲击，虽有损伤，但成功挺过。经此一役，暗影力量被大幅削弱，联盟迎来宝贵喘息之机。
各星球上，民众欢庆胜利，重建家园的热情高涨。联盟高层趁势制定下一步战略，一方面加强边境防御，防止暗影残党反扑；另一方面加大科研投入，挖掘古老文明遗产，探寻彻底根除暗影的方法。战士们稍作休整，眼中满是坚毅，准备奔赴下一场未知的战斗，向着宇宙和平的曙光，永不停歇地迈进。