地方政府分为省、府、县、镇、村多个层级，每个层级都设有相应的行政官员。省长负责省内的行政和经济事务，布政使负责财政和税收，按察使负责司法和监察。府级政府由知府领导，县级政府由知县领导，他们都负责本行政区域内的行政和经济事务。镇级政府和村级政府则负责更基层的行政工作，确保政策的实施和社会的稳定。
司法体系独立于行政体系之外，大理寺作为国家的最高司法机构，负责审理重大案件和复审地方法院的死刑案件。地方各级人民法院负责日常的司法审判工作，而刑部则负责国家的司法行政工作，检察院系统负责地方检察机关的工作。
监察院作为国家的监察机构，监察御史负责监督各级官员的行为，防止腐败和权力滥用。经济管理体系中，户部负责国家财政政策和税收管理，农业部负责农业政策和农村发展，商业部负责对外贸易和商业管理。社会服务体系中，礼部负责国家教育政策和学校管理，卫生司负责公共卫生和医疗服务，民政司负责社会救助和福利政策。基础设施建设由工部负责，包括交通基础设施建设如道路、桥梁等，以及城市建设和乡村发展。
这套体系结合了传统结构与现代管理理念，确保了从中央到地方的命令传达和执行效率。同时，通过设置监察机构，增强了对官员行为的监督，以防止腐败和权力滥用。这样的体系设计旨在提高国家的治理效率，确保社会的稳定和公正。
林振兴深知，改革不可能一蹴而就，需要时间和持续的努力。他计划在实践中不断调整和完善这些措施，以适应不断变化的社会需求和挑战。通过这些改革，林振兴希望能够建立一个更加公正、高效和稳定的国家治理体系，为国家的长治久安和民众的福祉奠定坚实的基础。
在林振兴的军队中，新兵是从几十万的流民当中亲自挑选的，训练和选拔也是极为严格的。他们首先要接受的是忠诚教育。林振兴深知，一支军队的战斗力不仅仅取决于士兵的勇武，更取决于他们对领袖的忠诚。因此，他特别强调军队的政治工作，通过各种方式培养士兵的忠诚意识。
除了忠诚教育，这些新兵还要接受严格的军事训练。林振兴从最先的2000人的军队中挑选出最优秀的教官，他们都是同期当中最为优秀的尖兵，对战斗技巧和战术有着深刻的理解。在这些教官的指导下，新兵们学习如何使用各种火器，如何进行队列操练，以及如何在实战中保持冷静和果断。
在战术训练方面，林振兴借鉴了19世纪的军事思想，强调火力与机动性的结合。他的军队不仅装备了先进的火枪和火炮，还学习了如何利用地形和掩体进行有效的防御和进攻。林振兴的军队还特别重视夜战和伏击战术，这些战术在对抗大明朝廷的正规军时显得尤为重要。
在后勤保障方面，林振兴的军队建立了一套完善的补给系统。他知道，军队的战斗力不仅取决于前线的士兵，更取决于后勤的支持。因此，他设立了后勤部，由李大牛负责，确保军队的粮食、弹药和医疗物资能够得到及时的补给。从流民中选拔而来的中医世家传人，周秀英，领导的医疗队结合林振兴从穿越三大神书之一的赤脚医生手册单中学来的医学知识，在战场上抢救伤员，他们的工作大大降低了士兵的伤亡率。他设立的铸炮工厂，由一位名叫赵铁柱的工匠担任厂长，负责生产和维修火炮。
此外，林振兴还重视科技人才的作用，他提拔了一位名叫孙文才的工匠，负责设计和改进火器。孙文才是一位特殊的科学人才，在火器方面有特殊的创造天赋。他的创新思维和举一反三的能力，让林振兴惊讶不已，在林振兴给他讲解后世的一些火炮设计理念以及一些相关技术的时候，孙文才总是能很快的消化，并提出不同的意见。经过几个月的交流，林振兴会的那一点火炮技术都让他给学去了，如今，孙文才带领他的几个助手正在日夜不停的研究火箭推进剂，因为林振兴告诉他有人能够利用糖和硝酸钾，作为推进剂，做出可以飞16公里的火箭弹，但林振兴也告诉他，这当中可能加入了其他什么原料，才能使硝糖混合物的推力变得如此凶猛。
情报收集也是林振兴军队的重要组成部分。陈狗牙和他的副手吴用领导的情报部门通过各种渠道收集敌军的动态，为林振兴的决策提供了重要的信息支持。这些情报人员不仅潜入敌后，还与当地的百姓建立了良好的关系，通过他们获取了大量有价值的情报。
林振兴的军队还重视文化教育，他知道，一个有文化的军队更能理解和执行复杂的战术。因此，他要求所有的士兵都要接受基本的文化教育，包括读写和简单的数学计算。这些文化教育不仅提高了士兵的素质，也增强了他们对林振兴改革理念的认同。这就是当初林振兴为什么只招十五六岁的少年，还要学习能力强的原因。
在地方行政管理上，林振兴设立了里长，村长、镇长等官职，这些官员由当地民众选举产生，他们负责维护地方的秩序，征收赋税，以及组织民众参与公共工程的建设。这些地方官员的选拔标准是能力和廉洁，林振兴要求他们必须为民服务，不得贪污腐败。
林振兴的改革还包括了对司法系统的改革。他设立了法院和检察院，确保法律的公正执行。法官和检察官由林振兴亲自任命，他们不受地方官员的干涉，直接对林振兴负责。这样的司法体系保证了法律的权威，也保护了民众的权益。