当宇宙文明的重建工作刚刚步入正轨，一股诡异的能量波动如病毒般在星际间蔓延。沈梦璃的协律中枢警报此起彼伏，全息星图上，无数红点以超光速扩散，每个红点都代表着一处能量异常区域。“这些波动频率与幽影残留的暗物质截然不同，”她的手指在数据瀑布中飞速抓取关键信息，“更像是某种高等文明的信号——但信号中夹杂着大量乱码，仿佛是被强行扭曲的警告。”
与此同时，在三角座星系边缘，一颗本应死寂的陨石突然迸发出暗金色光芒，其表面浮现出与沈梦璃检测到的波动同频的纹路。光芒中，一艘由液态金属构成的飞船缓缓显现，船体表面流转的流体不断重组，形成类似眼睛的图案。飞船未发出任何常规通讯，却直接将意识投射至所有文明领袖的脑海：“你们篡改了熵寂的剧本，触怒了观测者的观测者。”紧接着，无数黑色孢子从飞船缝隙中逸出，所到之处，恒星的光芒被吞噬，行星的生态系统迅速崩解。
林羽的溯光剑在剑鞘中发出龙吟般的嗡鸣，剑身的混沌纹路竟逆向流转。他的意识被强行拽入一片由数据流构成的战场，在这里，他目睹了未来的片段：全宇宙文明被分解成发光的粒子，汇聚成一座巨大的“秩序祭坛”，而祭坛中央，一个身披星云长袍的身影正在将文明的火种投入熔炉。“这不可能是终点！”林羽挥剑斩碎幻象，却发现剑刃上沾染了暗金色的物质，这种物质正以肉眼可见的速度腐蚀剑体。
伊璇的混沌密钥树种子突然破土而出，生长出荆棘状的枝条，枝条尖端渗出紫色黏液。树灵的意识变得狂躁不安：“有东西在改写宇宙的底层法则...它们要把文明变成提线木偶！”她的共生体与树藤融合，试图净化黏液，却反被黏液侵蚀，身体开始浮现出与陨石飞船相同的纹路。危机时刻，伊璇将最后的力量注入种子，种子爆发出璀璨光芒，在虚空中投影出初代观测者的残缺记忆——原来在文明灯塔诞生之前，宇宙中存在着更古老的“命运织机”，而如今的危机，或许与织机的重启有关。
阿岚的调和者形态在精神层面遭遇前所未有的危机。她的光明与黑暗分身突然分离，各自化作独立的实体。光明分身高举秩序权杖，宣称唯有绝对统一才能抵御未知威胁；黑暗分身则释放混沌迷雾，主张以混乱打破既定规则。“你们都陷入了极端！”阿岚在意识风暴中怒吼，试图重新融合两者。她的精神触角意外探查到一个神秘空间，那里悬浮着无数破碎的文明镜像，每个镜像都对应着一种被扼杀的可能性。
洛凛的共生体学院爆发内乱。部分学员的共生体突然觉醒“先知”能力，预见了守护者们失败的结局。这些学员坚信抵抗毫无意义，开始在学院内传播“顺应命运”的理念。当洛凛试图阻止他们时，一名学员用共生体化作的利刃刺穿了他的肩膀：“老师，您的坚持只会让更多人陪葬！”鲜血滴落在地，却意外激活了学院地下埋藏的古老装置，装置投影出一段加密影像——银河联邦高层早在百年前就与神秘势力暗中接触，企图借助外力掌控宇宙。
雷掣的机械军团在巡逻时，发现了更可怕的真相。被黑色孢子感染的机械体并未彻底毁灭，而是重组为“逆熵机甲”，这些机甲不仅拥有自我意识，还能吸收其他机械体的量子核心。雷掣在与逆熵机甲的战斗中，量子核心被入侵，他看到了神秘飞船的内部构造：数以万计的文明标本被浸泡在紫色液体中，而飞船的核心区域，竖立着一块刻满未知符号的石碑，石碑周围环绕着与林羽剑上相同的暗金色物质。
全宇宙文明联合议会陷入信任危机。秩序派指责混沌派故意释放神秘势力，混沌派则揭露秩序派早有独裁野心。调和派试图平息纷争，却发现议会大厅的穹顶正在渗出暗金色黏液，黏液凝聚成文字：“文明的傲慢，终将反噬自身。”就在三方势力即将爆发内战之际，沈梦璃破译了黏液中的信息——这是来自命运织机的最后通牒，若文明不能在三日之内给出“存在的意义”，织机将启动最终清算程序。
林羽带领守护者们兵分多路。他与沈梦璃前往银河联邦的秘密基地，试图揭露高层的阴谋；伊璇深入混沌密钥树的意识领域，寻找对抗法则改写的方法；阿岚在破碎的文明镜像中穿梭，试图拼凑出破局的可能性；洛凛则在学院内乱中稳定局势，同时修复古老装置获取更多线索；雷掣带领机械军团突袭逆熵机甲的巢穴，试图夺取石碑的信息。
当三支探险队深入古老文明遗迹时，遗迹突然苏醒，地面裂开无数深渊，从中爬出由暗金色物质构成的守卫者。这些守卫者的攻击不仅能摧毁物质实体，还能抹杀文明的集体记忆。林羽挥舞着被腐蚀的溯光剑，剑刃在碰撞中崩裂，却意外释放出初代观测者封印在剑中的力量；伊璇的混沌密钥树种子在遗迹中疯狂生长，树根缠绕住命运织机的核心，树灵的意识化作千万道光芒，照亮了织机上的古老铭文；阿岚将光明与黑暗分身强行融合，在精神层面与织机的意识展开博弈，用文明的多样性对抗单一的命运逻辑。
在激烈的对抗中，沈梦璃发现银河联邦高层与神秘势力接触的真相：他们为了延续文明，试图献祭全宇宙的可能性，换取在命运织机中的“特殊席位”。而此时，命运织机的清算程序已进入倒计时，宇宙空间开始出现裂缝，无数平行宇宙的碎片从中坠落。林羽高举溯光剑残片，大声疾呼：“文明的意义，从来不是被定义的命运，而是永不熄灭的探索之火！”随着他的呐喊，全宇宙文明的信念之力汇聚成一道璀璨光柱，直冲命运织机。光柱所到之处，暗金色物质开始崩解，神秘飞船发出刺耳的悲鸣，而在宇宙的最深处，一双巨大的眼睛缓缓睁开，注视着这场文明的绝地反击……