1864 年霜降后的第十日，幼主召集太平军重要将领会议，将萧有和的最终想法公之于众，西征计划在烛影摇曳中被摊开在檀木案几上。地图上，赭石色的撤退路线如凝血的伤口，从湖州蜿蜒向西。太平军希望通过主动放弃湖州，换取老百姓不被清军屠城所害。
于是湖州地区的太平军，开始筹集物资，准备全军西去。
作为全军的眼睛和探头，洪天娇按计划派出了全部的夜鸢，撒出去，为太平军大部队转移打前站。
而幼天王洪天贵福，干王洪仁玕，毅王李开芳，匡王赖文鸿，幼赞王蒙时雍在幼西王萧有和的护卫下前往广德。堵王黄文金，辅王杨辅清仍然留守湖州，一是为幼主断后；二是在湖州发布告示动员百姓，可以自愿跟随太平军离开湖州，也可以选择留在湖州等待清军接收。得知太平军要撤离湖州，一部分老百姓愿意跟随，大多数老百姓选择了留下。
就在太平军紧锣密鼓作着西征准备时，左宗棠部清军完成调整，发动了第三次湖州围剿战，这一次左宗棠更加谨慎，制定了南北夹攻的计划。
1864年11月中旬，湖州保卫战拉开序幕。
当时。除了北面的长兴，西南面的安吉、孝丰还在太平军手巾外。湖州四周尽是清军的地盘。前来进犯湖州的敌人，除左宗棠的老湘军和洋枪队“常捷军”，还有来自江苏的淮军郭松林、潘鼎新部，从双林镇逃得一命的蔡元吉再次被左宗棠启用。敌人从四面八方扑来，湖州保卫战一开始就显得十分艰苦。
11月中旬，左宗棠命布政使蒋益澧为前敌指挥，分两路进犯湖州：一路由总兵刘连升、王月亮、蔡元吉率军自德清从西南面进发，一路由总兵刘树元率军自东面进发。12月9日，清将刘连升、叛徒蔡元吉率水师首先进攻菱湖。菱湖是太平军在湖州外围的重要军事基地，有重兵驻守。清军来犯，太平军英勇抗击。12月19日，湖州太平军出城，分数路袭击清刘连升在菱湖一带营垒，以解救菱湖。援军与清军在菱湖战斗，不胜，退往湖州，菱湖失守。20日，东林也为清将高连升、洋枪队头目德克碑攻陷。这样，湖州外围第一道防线被清军突破，太平军退守袁家汇、荻港一带第二道防线。12月21日，清将刘树元进犯荻港东面的长生桥，太平军与之激战，失利，长生桥为清军所占。后叛徒蔡元吉盘踞在长生桥。长生桥是湖州东面的门户，战略地位重要，太平军决定组织力量反攻。
1865 年初春，辅王杨辅清率部进攻长生桥，再次把蔡元吉军围困。清总兵刘树元、洋枪队头目实得棱闻讯赶来救援，双方在长生桥一带连日激战。23日，辅王杨辅清、佑王李远继又率太平军分七路力攻长生桥清军，并与清军大战。正当长生桥进行激烈战斗的时候，2月3日，太平军袁家汇守将李得芳叛变降敌，袁家汇失守，湖州外围第二道防线也被清军突破。
在湖州保卫战开始后不久，湖州邻近的长兴太平军也与清军展开了激烈战斗。
长兴位于安徽、江苏、浙江交界处，东临太湖，东南接湖州，是安徽入浙的必经之地，战略地位重要。当时，湖州与长兴成犄角之势，清军要夺得湖州，必须先取长兴。显然，长兴之战是湖州保卫战的组成部分。
2月6日，淮军提督郭松林从洞庭西山攻陷长兴夹浦，开始进犯长兴。14日，郭松林又陷长兴上莘桥、跨塘桥，继而进逼长兴城。
长兴守将在萧有和的建议下，如同历史上一样是襄王刘官芳。刘官芳英勇善战。历史上，他的部队曾在金坛大败外国侵略者戈登率领的洋枪队，是太平天国着名战将。
现在，敌人来犯，刘官芳坚决抗击。但长兴兵单，仅有3000守军。20日，湖州守将堵王黄文金从湖州派出壹万太平军由东南路来援，直达长兴城下。与此同时，黄文金又令其弟昭王黄文英自泗安率四仟太平军由西南路来援。援军在鸿桥、跨塘桥、磨盘山等地与清军连日大战。26日，堵王黄文金再从湖州调遣援军助战。太平军英勇作战，枪炮、喷筒并发，打伤打死大批清军。27日，清将郭松林、李朝斌等猛攻长兴城，城墙被轰塌十多丈。守将襄王刘官芳毫不畏惧，亲率将士奔赴缺口，迎头痛击冲进来的敌人，并将燃烧的火药桶向敌人掷去。这场血战，杀得敌人成批死伤，清军“死于城下者尸积成堆”。在刘官芳领导下，太平军将士个个奋勇杀敌，一直战斗到流尽最后一滴血，壮烈牺牲。
1865年暮春10日，长兴失守。
长兴的失守，使湖州保卫战形势严峻。但太平军毫不气馁，勇气百倍，狠狠打击敌人。上面提到袁家汇守将李得芳叛变，使叛徒蔡元吉得以进驻袁家汇。袁家汇军事上地位重要，太平军决定组织力量前去争夺。3月13日，辅王杨辅清、堵王黄文金亲自率领太平军自思溪、双福桥绕道袭击袁家汇清军，再次把蔡元吉紧紧围困。清总兵刘连升、道员杨道洽等赶忙率水陆师前来救援。太平军利用汊港交错、两岸桑林蓊翳的有利地势，并以数百只枪划船四出袭击，清军伤亡颇多。清前敌指挥蒋益澧又急忙调遣知府李邦达、总兵刘树元等增援，也为太平军所败。但在此前后，湖州东北面的太平军重要据点太湖塘、杨溇为敌人占有。到4月中旬，湖州军事形势日趋吃紧。
4月24日，堵王黄文金在思溪、双福桥与清布政使蒋益澧、知府李邦达、道员杨道洽和“常捷军\"头目实德棱激战，烟焰飞腾，战斗激烈，大败敌人，打死打伤敌官兵700多人，其中洋枪队官兵170人。28日，堵王黄文金率太平军数万人又在思溪一带与清军血战6小时，杀伤清军官兵600多人，打伤参将翁桂秋、营官周大受，前敌指挥蒋益澧的战马也被太平军枪弹击中。
在蒋益澧、郭松林、潘鼎新、德克碑、日德格等联合进攻下，黄文金、杨辅清决定按照计划主动放弃湖州，至此，历史半年多的湖州“绞肉机”结束。太平军在湖州保卫战中，共打死打伤敌人过万人。其中洋枪队800多人。