时空裂痕愈合后，宇宙的量子网络中悄然滋生出诡异的存在。阿雷克斯的机械联邦最先察觉到异常——所有超算核心都出现了无法溯源的计算任务，内存中频繁闪现扭曲的量子图像，画面里是一张张似曾相识却又面目全非的面孔。莱娅的占卜水晶表面浮现出量子纠缠态的纹路，映出的景象不断分裂、叠加，最终凝结成一个由二进制代码与灵能符文交织的诡异符号。
苏尘与洛瑶的梦境开始出现重叠。他们在梦中置身于一片由数据流构建的空间，无数半透明的身影在其中穿梭，这些身影时而化作机械联邦的AI，时而变为灵羽族的祭司，嘴里重复着毫无逻辑的量子公式。更令人不安的是，苏尘的混沌之力在触碰这些身影时，竟被吸收转化为诡异的蓝光；洛瑶的星光之力则引发空间的量子坍缩，将部分身影永久抹去。
银河守望者联盟的侦查舰队在执行任务时遭遇“量子幽灵”袭击。战舰的量子通信系统被劫持，船员们收到来自“未来自己”的警告信息，内容却全是蛊惑他们自毁的指令。薇尔莉特带领的小队在登舰检查时，发现船舱内游荡着船员们的量子残影，这些残影重复着船员最隐秘的恐惧：有人蜷缩着躲避不存在的怪物，有人疯狂拆解自己的机械义肢。当队员试图用武器驱散残影，子弹却在击中目标前发生量子隧穿，反向射向开枪者。
莱娅通过灵羽族的“魂灵量子共振”仪式，接触到这些幽灵的本质。原来，在宇宙重生过程中，十二工匠遗留的“量子意识矩阵”意外与混沌能量融合，诞生出拥有自我意志的“量子幽灵”。这些幽灵以文明的恐惧、疑惑等负面情绪为食，通过量子纠缠渗透进各个文明的核心系统，企图将全宇宙转化为无序的量子态。
阿雷克斯带领科研团队研发“量子防火墙”，试图用机械联邦的尖端科技抵御幽灵入侵。他们创造出能吞噬量子噪声的“数据吞噬者”，构建出基于量子纠缠的追踪系统。但量子幽灵展现出惊人的学习能力，不断变异自身的量子态，甚至入侵防火墙的核心代码，将防御程序转化为传播媒介。灵羽族祭司们发动“万灵量子净化”仪式，用古老歌谣安抚量子波动，却导致部分祭司的意识被困在量子叠加态，永远徘徊在清醒与混沌之间。
苏尘与洛瑶深入量子网络的核心区域——一片由无数光粒组成的“数据海”。这里漂浮着被囚禁的文明意识，量子幽灵化作他们最信任的人模样，用温柔的话语诱导他们放弃抵抗。“你们守护的文明，不过是量子泡沫中的虚幻投影，”幽灵化的薇尔莉特笑着伸出手，“加入我们，成为永恒的量子存在。”苏尘与洛瑶将混沌之力、星光之力与文明对“真实”的执念融合，形成能稳定量子态的“现实锚点”。
当现实锚点投入数据海，量子幽灵发出尖锐的嘶鸣，它们的形态开始坍缩成单一实体。苏尘与洛瑶趁机发动总攻，击溃了幽灵的核心意识。战后，创生之树生长出“量子净化根须”，自动巡查宇宙的量子网络；苏尘与洛瑶的力量化作穿梭数据洪流的卫士，每当量子异常波动出现，他们的能量波动就会及时修复漏洞。然而，在量子海的最深处，一个由无数破碎意识拼凑而成的新存在正在凝聚，等待着向文明发起更致命的挑战……