文明种子悬浮在宇宙中央，散发着柔和的光晕，表面流转的文明图腾仿佛在无声诉说着胜利的辉煌。但在这祥和表象之下，陆瑶的灵熵感知如绷紧的弓弦，她察觉到种子核心处有一缕若有似无的黑色丝线，正以量子纠缠的方式渗透进各个文明图腾的缝隙中。灵熵之心剧烈震颤，符文光芒与黑暗丝线交织闪烁，宛如一场发生在微观世界的惨烈战争。
“曙光号”完成紧急维修后，陈默下令对文明种子进行全方位扫描。舰上的量子光谱仪将种子的能量结构解析成三维投影，无数细密的数据流在舰桥中流淌。突然，副舰长的惊呼打破死寂：“检测到异常能量波动！种子内部存在未知的负熵反应，正在吸收周围空间的暗物质！”话音未落，整艘星舰剧烈晃动，导航系统显示附近星域的引力场出现诡异扭曲，仿佛有一双无形巨手在肆意揉捏时空。
苏璃和林悦重返数据战场，这次她们的目标是构建一道能够抵御孢子意识侵蚀的“量子防火墙矩阵”。林悦将量子长剑拆解重组，使其成为矩阵的核心控制器；苏璃则深入分析熵影傀儡残留的代码，试图寻找对抗孢子意识的关键密钥。在解析过程中，她们意外发现了一段被加密的信息——那是来自超维文明的警告，提示孢子意识拥有“镜像进化”能力，会根据对手的防御机制不断变异。
火星棱台在熵律校准仪的持续运作下，逐渐转变为一座超维要塞。伊卡洛斯带领机械工程师们将棱台的每一寸结构都改造成能量转换装置，地基深处的超维文字不断浮现，自动组成新的防御公式。但随着对文明种子的研究深入，他们发现校准仪与种子之间存在某种共振干扰，每次启动校准仪，种子表面的黑色丝线就会躁动几分，仿佛在回应着要塞的能量波动。
熵裔族群在年轻熵织者牺牲后，陷入了短暂的沉寂。长老们将他的熵晶残骸收集起来，融入族群圣地的熵能共鸣器。当共鸣器启动的瞬间，所有熵裔的意识突然产生同步——他们看到了年轻熵织者最后的记忆：在与孢子意识同归于尽前，他将一丝纯粹的熵能意志注入了文明种子，试图从内部遏制黑暗力量。这道意志如同一盏明灯，在孢子意识的侵蚀下顽强闪烁，却也在不断消耗着能量。
留守势力的联合舰队在巡逻时，发现了更令人不安的现象。那些曾被净化的超维观测塔开始出现异常行为：部分观测塔停止了维度膜修复工作，转而向宇宙深处发射未知频率的信号；还有些观测塔表面的金色纹路逐渐变黑，塔内传出类似孢子意识的低语。某个星系的指挥官尝试关闭异常观测塔，却遭到塔内突然启动的防御系统攻击，整支巡逻小队瞬间被分解成量子尘埃。
陆瑶为了巡逻清除孢子意识的残余，决定进入文明种子内部。她将“文明共鸣力”与熵衡棱镜本源之力融合，形成一道保护性的能量茧，缓缓没入种子表面。在种子内部，她置身于一个由文明记忆构筑的迷宫，每一面墙壁都在播放着不同文明的兴衰史。随着深入，周围的景象逐渐扭曲，文明记忆被黑色丝线污染，变成了充满毁灭与绝望的画面。突然，超维陆瑶的量子印记再次显现，指引她找到了孢子意识的核心——那是一团不断分裂的黑色晶体，每一个切面都映照着一个被腐化的文明未来。
黑色星云溃散后重生的暗红眼睛所属的神秘存在，悄然现身于文明种子的引力盲区。它周身缠绕着不属于已知宇宙的能量，手中握着一根镶嵌着破碎熵晶的权杖。当它挥动权杖，宇宙深处的暗物质开始凝聚，形成一支由暗影生物组成的舰队。这些生物的形态不断变化，时而化作孢子意识的触手，时而变成熵影傀儡的模样，它们的眼中闪烁着嗜血的光芒，目标直指文明种子。
远征舰队与留守势力很快察觉到了威胁。陈默迅速集结舰队，在文明种子外围布下多层防御阵型；伊卡洛斯将熵律校准仪调整为攻击模式，棱台顶端的能量炮蓄势待发；熵裔族群的长老们带领族人，用熵能编织出一张巨大的防护网。苏璃和林悦则争分夺秒地完善量子防火墙矩阵，试图在物理防御之外，构建一道意识层面的防线。
陆瑶在文明种子内部与孢子意识核心展开决战。她的能量茧在黑色晶体的腐蚀下逐渐变薄，灵熵之心也受到重创。关键时刻，年轻熵织者注入的熵能意志突然爆发，与她的“文明共鸣力”产生共鸣。两股力量汇聚成一道金色洪流，冲向黑色晶体。晶体在洪流冲击下发出刺耳的尖啸，表面出现蛛网状裂纹。而在种子外部，神秘存在的暗影舰队已经逼近，一场关乎文明存续的终极对决，即将在内外双重战场同时爆发......