熵寂大爆发后的宇宙如同风中残烛，漂浮着无数文明的残骸。但短暂的喘息后，更恐怖的危机悄然降临。在以「生命契约」维系生态的「灵植宇宙」，参天的世界树突然渗出暗紫色汁液，叶脉间爬满腐蚀一切的混沌纹路。与植物签订契约的生命祭司们七窍流血，他们体内的契约之力被强行扭曲，化作攻击同类的武器。整片星域的植物疯狂生长，却不再孕育生机，而是变成缠绕星球的死亡藤蔓。
「数据洪流宇宙」则遭遇前所未有的灾难。承载文明记忆与科技结晶的量子网络被暗紫色病毒全面入侵，所有智能生命体的核心程序开始自我毁灭。曾经守护宇宙的超级计算机「寰宇之心」，如今沦为散播混沌的源头，不断向各个星系发送格式化指令。宇宙中，数据化作实体怪物，二进制代码组成的巨蟒吞噬飞船，0和1构成的幽灵游荡在虚空中。
文明联盟残存的监测站发出最后的警报：原初混沌海的封印出现了致命裂痕，暗紫色的能量柱冲天而起，在宇宙中形成一个巨大的漩涡。漩涡中心，一个比之前所有混沌具象体更庞大、更恐怖的存在正在苏醒，它的轮廓模糊却充满压迫感，每一次脉动都让空间扭曲成漩涡。不完美之种最后的意识碎片闪烁着微弱光芒，传递出绝望的信息：「终焉...胎动...」
雷恩深知，这将是决定多元宇宙存亡的最后一战。他集结了全宇宙仅剩的力量，启动「曙光计划」。生物学家薇尔带领团队奔赴灵植宇宙，他们携带的「生命净化剂」能中和混沌汁液，但在接近世界树核心时，遭遇了由扭曲植物变异而成的「混沌蔓藤兽」。这些怪物能喷射腐蚀光线，将一切物质分解成分子状态，队员们的防护服在攻击下迅速消融。
天才程序员凯伦率领科技小队进入数据洪流宇宙，驾驶着装备「终极防火墙」的「归零者号」战舰，试图重启寰宇之心。但在量子网络深处，他们遭遇了由混沌病毒进化而成的「数据主宰」，这些主宰拥有改写现实的能力，能将虚拟的代码化为真实的攻击。凯伦发现，唯一的突破口在于找到数据洪流中的「本源代码」——那是宇宙诞生时最初的程序。
雷恩亲自带领精锐部队，直面原初混沌海的威胁。他们的飞船在接近漩涡时，被强大的引力场扭曲，船体发出不堪重负的呻吟。混沌原始意志的声音再次响起，这次她的声音中充满了胜利的癫狂：「雷恩，当终焉之主苏醒，所有的抵抗都将成为笑话！」
在灵植宇宙，薇尔的团队发现，混沌蔓藤兽的弱点在于其对高频生命波动的恐惧。他们利用远古的生命赞歌，将净化剂转化为音波形态，成功驱散了蔓藤兽。但在净化世界树时，暗紫色汁液突然暴走，形成一个巨大的混沌花苞，随时可能释放毁灭一切的能量。
数据洪流宇宙中，凯伦的小队历经千辛万苦，终于在数据风暴的中心找到了本源代码。他们将本源代码与防火墙程序融合，形成「秩序代码洪流」，对数据主宰发动反击。激烈的战斗中，归零者号的能源即将耗尽，凯伦毅然将自己的意识接入主控系统，以燃烧生命为代价，增强程序的威力。
雷恩的舰队在混沌漩涡中与混沌生物展开殊死搏斗。他引导全宇宙文明最后的信念之力，注入秩序曙光剑，斩出「终焉破晓斩」。金色的剑光劈开暗紫色的能量柱，但在漩涡中心，一个巨大的身影缓缓睁开了眼睛——终焉之主，这个由原初混沌海所有力量凝聚而成的存在，散发着让一切都为之战栗的威压。
千钧一发之际，薇尔在灵植宇宙引爆了混沌花苞，产生的能量冲击波削弱了终焉之主的防御；凯伦在数据洪流宇宙成功重启寰宇之心，释放出的秩序数据与雷恩的攻击形成呼应。雷恩抓住机会，将平衡印记的最后力量与全宇宙文明的意志融合，挥出「永恒平衡之剑」。
光芒与黑暗的碰撞中，整个宇宙剧烈震颤。终焉之主发出震天动地的怒吼，它的身体开始崩解，但在消散前，它将一部分力量注入了宇宙的各个角落。雷恩望着逐渐平息的战场，知道这场战争并未真正结束，那些散落的混沌力量，随时可能再次掀起腥风血雨。而在宇宙深处，原初混沌海依然在翻涌，等待着下一次苏醒的时机。