三界表面虽恢复平静，暗涌却在深处翻涌。陈阳等人修复星渊封印后，各地接连出现异象：南荒山脉的药田一夜之间化作毒瘴之地，灵草扭曲成诡异的暗紫色；东溟海域的洋流倒卷，深海传来低沉的呜咽；西极冰原裂缝中渗出黑色雾气，所到之处冰灵复苏却目露凶光。圣典残章频繁发烫，模糊的符文若隐若现，似在预警更大的危机。
“混沌侵蚀虽被遏制，但本源未彻底清除。”陈阳抚摸着逐渐黯淡的星纹烙印，医道印玺表面浮现细小裂痕，“这些异象绝非偶然。”他召集众人于中洲天墟商议，却发现十二秘钥回归星渊后，太虚鼎、混沌钟等宝物残留的道韵竟在缓慢消散。无妄运转平衡残片推演天机，卦象呈现“阴阳倒置，虚实难辨”，残片表面甚至出现细密的暗紫色纹路。
正当众人忧心忡忡时，南荒传来急报：青岩村遗址突现神秘祭坛，祭坛中央竖立着刻满星渊符文的石碑，石碑顶端悬浮的黑色水晶，正源源不断吸收四周灵气。陈阳等人赶到时，发现被净化的魔修们竟围着祭坛念念有词，他们的双眼蒙上一层紫翳，动作机械僵硬，手中结出的不再是医道印诀，而是充满毁灭气息的混沌法印。
“不好！他们被混沌意识夺舍了！”林婉青鸾火剑出鞘，却在靠近魔修时被一股无形力量弹开。那些魔修同时转头，露出扭曲的笑容，异口同声道：“医道？不过是自欺欺人的谎言。混沌才是万物归宿！”话音未落，黑色水晶迸发出暗紫色光束，在空中交织成巨大的召唤阵，阵中传来锁链断裂的声响。
千钧一发之际，陈阳强行运转黄帝医典，将五方鼎之力化作金色光网笼罩祭坛。光网触及暗紫色光束的瞬间，爆发出震耳欲聋的轰鸣。苏清瑶吹奏《醒世曲》，音波形成的涟漪驱散了魔修眼中的紫翳；秦逸雷鞭如游龙般缠住石碑，金色雷霆炸得符文寸寸崩裂；林婉引动青鸾精血，火剑斩出九道炎龙，将黑色水晶击成碎片。
然而，水晶破碎的刹那，一股熟悉的气息从地底涌出——黑袍人！他的残魂裹挟着混沌之力，凝聚成半透明的身影，手中握着一块散发着幽光的碎片。“你们以为封印了混沌主宰就高枕无忧？”黑袍人笑声刺耳，“这块‘混沌之核’碎片，足以让三界再次陷入万劫不复！”他将碎片抛向空中，碎片化作万千暗紫色飞虫，朝着三界各地散去。
陈阳等人立刻兵分四路追击。林婉与秦逸前往东溟海域，发现飞虫正钻入深海古沉船，唤醒沉睡的海妖；苏清瑶和无妄奔赴西极冰原，那里的黑色雾气已凝聚成冰魔大军；陈阳独自留守中洲，却遭遇神秘黑袍人的偷袭。此人施展的功法与混沌之力截然不同，招式中暗藏医道痕迹，每一击都精准攻击他的经脉弱点。
“你究竟是谁？为何会医道功法？”陈阳甩出银针，却被对方轻易化解。黑袍人掀开兜帽，露出一张与他七分相似的面容：“我是千年前医道圣尊的一缕执念，因不甘失败而坠入混沌。如今，我要纠正他们的‘错误’！”话音未落，此人双手结印，竟强行抽取陈阳体内的星纹烙印之力。
危急时刻，圣典残章自动飞出，书页化作金色锁链缠住黑袍人。陈阳趁机运转医道新生诀，将体内残存的混沌之力与医道本源融合，形成全新的“净世印”。金光闪过，黑袍人发出惨叫，身影逐渐消散。但他留下的最后一句话，却让陈阳不寒而栗：“混沌之核的真正威胁，是人心...”
与此同时，其他战场也陷入胶着。林婉的青鸾火剑在对抗海妖时突然失控，火焰转为暗紫色；秦逸的雷鞭被海妖触须腐蚀，力量反噬自身；苏清瑶的音波结界被冰魔破解，无妄的平衡残片彻底碎裂。就在众人即将力竭之时，被净化的魔修们再次赶到。他们挣脱了混沌意识的控制，以自身为祭，发动古老的医道禁术——“万灵同归”。
魔修们的灵力化作璀璨星光，融入陈阳等人的武器。林婉的火剑燃起净化万物的白色火焰，秦逸的雷鞭引动开天辟地的金色神雷，苏清瑶的笛声化作镇魔天音，无妄以残存的阴阳之力构建出永恒屏障。当四股力量汇聚，暗紫色飞虫纷纷湮灭，混沌之核碎片的威胁暂时解除。
然而，这场胜利并未带来安宁。陈阳望着手中裂痕更深的圣典残章，残章上浮现出新的预言：“核碎魂未散，心魔蚀苍生。医道传千古，心火照归途。”远处的天空中，暗紫色云层正在聚集，而更可怕的是，一些修士的眼中，已经悄然闪过一丝不易察觉的紫芒...