剧烈震动的地下空间里，暗物质如潮水般翻涌，在首领权杖的操控下化作狰狞巨兽，张牙舞爪地扑向星羽三人。星羽将三种力量注入时序齿轮残片后，杖身光芒大盛，她大喝一声，金色的齿轮虚影如风车般飞旋而出，与暗物质巨兽正面相撞。齿轮虚影切割着暗物质，却在触及巨兽核心时被强大的反震力弹回。
“小心！这些暗物质凝聚体里有时间枷锁！” 林渊的机械义眼快速扫描，发现暗物质巨兽的动作虽迟缓，但其每一次攻击都能让周围的时间流速产生变化。他立即启动熵核的时间校准功能，在三人周身形成时间防护罩，抵消了部分时间扭曲的影响。
圣女的调和之杖深深插入地面，以杖为中心，圣洁的净化光环向四周扩散。被净化之光触及的暗物质，纷纷发出刺耳的嘶鸣，化作虚无。然而，首领却发出一阵狂笑：“净化之力？在暗星教团的终极计划面前，不过是蚍蜉撼树！” 随着他的话语，能量核心上方的时序齿轮残片突然迸发暗紫色光芒，与维序齿轮虚影产生更加强烈的共鸣。
整个地下空间的墙壁开始扭曲变形，显现出一幅幅诡异的画面：宇宙中无数星球被暗物质吞噬，暗星教团的旗帜在破碎的星系中飘扬，而在画面深处，一个巨大的、布满齿轮纹路的黑色球体缓缓转动。“那是......” 星羽瞳孔骤缩，她在平衡齿轮的记忆中见过类似的场景，那是宇宙诞生初期的混沌状态。
林渊的机械手臂突然发出警报：“能量核心的功率正在突破临界值！如果继续这样下去，整个星域都会被暗物质吞噬！” 他一边说，一边快速拆解着身边的机械装置，试图组装出能够干扰能量核心的设备。
就在这时，首领猛地扯下面具，露出一张布满暗物质纹路的脸。他的双眼空洞无神，却散发着令人心悸的威压：“你们以为我是暗星教团的首领？太天真了！我不过是被选中的容器，真正的主宰，即将苏醒！” 话音未落，他的身体开始膨胀，暗物质能量疯狂涌入，化作一个高达百米的暗物质巨人，与曾经的暗物质巨人极为相似，却又更加恐怖。
星羽感受到永恒齿轮杖的震动愈发强烈，杖身上的三种纹路已经完全融合，形成一个全新的、闪烁着三色光芒的齿轮图案。她心中一动，尝试与时序齿轮残片建立更深层次的共鸣。刹那间，一股庞大的记忆涌入她的脑海：在远古的齿轮战争中，五大齿轮并非简单破碎，而是被一股神秘力量封印，这股力量来自宇宙诞生前的混沌，企图将宇宙重新拉回无序的黑暗。
“原来暗星教团背后是混沌之力！” 星羽大喊着分享这一发现。圣女闻言，立即将全部净化之力汇聚于调和之杖，杖头绽放出九道金色光柱，直刺暗物质巨人。林渊则将组装好的干扰器投向能量核心，同时启动星舰的最大功率引力场，试图将暗物质巨人牵制住。
暗物质巨人挥舞着巨大的手臂，轻易拍碎了圣女的光柱，又一拳轰向林渊的干扰器。千钧一发之际，星羽将永恒齿轮杖插入地面，调动平衡齿轮的力量，在干扰器周围形成一个能量屏障。干扰器成功命中能量核心，引发一阵剧烈的爆炸。
然而，这并未对暗物质巨人造成实质性伤害。巨人张开血盆大口，一道暗物质激光射向三人。危急时刻，时序齿轮残片突然脱离能量核心，悬浮在星羽面前。残片散发出的金色光芒与永恒齿轮杖的三色光芒相互呼应，形成一个巨大的时间旋涡。
星羽集中精神，引导着时间旋涡迎向暗物质激光。两种强大的力量碰撞在一起，爆发出的能量将整个地下空间撕裂。在剧烈的能量风暴中，星羽、林渊和圣女被冲散。星羽在混乱中抓住时序齿轮残片，她的意识再次被拉入神秘空间。
在这里，她看到了创世齿轮、湮灭齿轮、平衡齿轮、时序齿轮和维度齿轮的完整形态，五大齿轮围绕着一个发光的原点旋转，维持着宇宙的平衡。而混沌之力正试图打破这个平衡，将宇宙重新拖入黑暗。“我们必须让五大齿轮重新共振！” 星羽在心中呐喊。
当她从神秘空间回归现实时，发现自己身处一片陌生的星域。林渊和圣女就在不远处，他们同样握着各自的武器，眼神坚定。三人对视一眼，无需言语，便开始调动各自的力量。星羽手中的时序齿轮残片、林渊身上蕴含的熵核之力、圣女杖中的净化之力，与永恒齿轮杖的力量相互融合。
在他们的努力下，虚空中渐渐浮现出五大齿轮的虚影。尽管还不完整，但齿轮的力量已经开始共振。暗物质巨人感受到这股力量，发出愤怒的咆哮，它不顾一切地冲向齿轮虚影，试图阻止共振的完成。
星羽三人咬紧牙关，全力维持着齿轮的共振。随着共振的加强，暗物质巨人的身体开始出现裂痕，暗物质能量不断外泄。而能量核心处，维度齿轮虚影也开始逐渐实体化，与其他齿轮产生共鸣。