解决了财务问题之后，大家也都松了一口气，大明联邦的大致框架也算是搭建起来了，现在主要也就是解决大明联邦政务院的行政问题，其实大明联邦就算是不设置行政机构。
只把政务院当成是一个象征都可以，毕竟大明联邦每个国家行政机构都已经成熟，就算没有中央，也能自行运转。
不过政务院的联邦事务总理肯定是所有藩王当中的一位，总不能真的把这个职位当成是傀儡，多多少少还是要给他一点权力的。
于是在政务院的下面设置九部，礼部、户部、兵部、法部、工部、农部、商部、财部、民部，最让藩王们开心的就是这些了，大明联邦和大明虽然在法统上一脉相承，但是原来的大明始终是在传统的框架内删删减减。
原来的大明就算在朱元璋裁撤丞相之后，还是逃脱不了历史上秦始皇制定的三公九卿制度的框架，三公九卿和三省六部从某种程度上来说也只是换汤不换药的皇帝收拢权力，用内朝替代外朝的手段罢了。
现在的大明联邦则是在一张白纸上作画，这些藩王们的想法自然可以跳脱出传统的框架，如果不是为了节省联邦的开支，他们甚至想要让每一个部只负责一个业务，防止下面的人制约到中央的权力。
按照藩王们的想法，这九个部门中，礼部主要负责外交事务、宗藩事务、对外使节，下设外交司和协调司，外交司主要负责对外交往沟通，以及在未来向其他地方派驻外交使节等工作，而协调司主要是协调大明联邦各藩国之间的问题，也算是相当重要的一个部门了。
而户部主要负责户籍管理，人口普查，移民政策的制定，怎么保证各藩国内部人口比例平衡，保证汉人的优势地位等。
兵部下辖联邦军队、边防安全、军事调度，可是兵部与传统的兵部不同，大明联邦的兵部不设置尚书，兵部最高负责人是政务院的联邦事务总理，在平时则不设置尚书之类的，而是设置军机司，这个军机司不设置品级，均为军中老将和军校中培养的年轻军事人才。
军机司负责大明联邦军队日常事务的管理，包括军队训练、日常管理以及军队的后勤，以及战争时期的军事规划，后勤筹备等。
法部与传统的刑部相比，削弱是最大的，现在的法部只负责联邦法律的执行、监察，只能算是一个执法机构，用来配合其他部门联合执法，以及维持地方稳定。
但同时这也是一个准军事机构，里面的执法人员遍布整个联邦，如果战争烈度超过军队的承受范围，这些执法人员随时都可以转入军队，负责作战。
至于工部，自然承袭了原来工部的名字，但其职权则远非传统意义上的桥梁营造、器物修造那么简单。
如今的大明联邦，正处在一个百废待兴的时期，各藩国之间道路不通、制度不一，工业化进程也颇为参差不齐，因此工部的权力被极大地扩大，成为政务院九部中最具扩张潜力的一个。
工部下设基建司、制造司以及技术监督司、技术研发司，基建司专司铁路、公路、港口、堤坝、城市基础设施的筹建与协调，尤其是推动建立联邦级的道路运输与通信系统，被视为打造“联邦一体化”的物理基础。
制造司则兼掌联邦各类战略工业的协调，尤其是军工、机床、冶金等基础领域，确保技术和产能分布不至于失衡。
而技术监督司则负责制定联邦统一的工业标准，协调藩国内部之间的工艺与零部件互通事宜，防止重复建设、资源浪费。
技术研发司是朱昭熙主动提出来的新机构，虽然现在各国都很重视技术研发，但是现在的技术研发各国已经相当吃力，在儒家的打压之下，中原王朝一直不怎么在意技术发展，所以大明极度缺乏科研人才，科学研究一直各自为政。
而技术研发司的主要工作就是联合各藩国的能工巧匠，在各种急需的大型项目上，做技术研究的公关。
农部的设置，在藩王们眼中略显鸡肋，但却是政务院内部最贴近百姓生活的部门。传统意义上的农业事务多属藩国内政，联邦设农部，主要目的是为了在应对自然灾害与粮食调度中拥有一手资料与主导权。
农部下设“农业调查司”与“粮政司”，前者负责统计各藩农业产出、土地分布、水利状况等数据，为联邦政策提供决策依据；后者则负责灾荒时期的粮食调拨、库存管理、价格管控，保障整个联邦的粮食安全体系，避免出现一地丰收一地饥荒而又调不动粮的问题。
相较于农部略显温和，商部的权力则体现出十足的“火药味”。在大明联邦构建早期，税收制度尚未彻底统一，各藩关卡林立，商旅不通，联邦内部经济如同一盘散沙。商部便是在这样的基础上应运而生。
商部下设“通商司”、“税则司”与“工商审议局”，通商司专责打通各藩之间的关卡壁垒，主张“联邦关税同盟”，推行“联邦通商执照”制度，力图实现货物流通无障碍。税则司则制定统一的商品分类、税目与征收标准，协调各藩在商品税上的差异。
而工商审议局则是一个带有准司法性质的机构，处理跨藩商业纠纷，审议大型行会与商业公司是否涉嫌垄断、违约、欺诈，某种意义上，也可算是“商业法庭”的雏形。
财部算是从户部里面拆分出来的部门，之前的户部职权实在是太大了，户籍人口、税收等等全部都是户部管辖，可以说是皇帝除了丞相府之外，最忌惮的部门了，趁着这个机会，自然要把户部给拆分掉。
财部主要负责财政、税收、货币发行、联邦金库管理，下设两个主要部门，财政司和大明联邦中央银行，财政司主要负责联邦内外的财政问题，和税收问题，而大明联邦中央银行主要负责货币发现和联邦金库的管理。
最后的民部，则被称为“最像内务府”的一个部门。它的权责庞杂，下辖“教育司”、“卫生司”、“人口司”与“宗教与社会事务司”，是一个典型的“民生事务大一统”。
教育司主张推动联邦级基础教育课程统一，尤其是在历史、法制、语言三个方面要形成共识，以塑造联邦认同，本来朱昭熙是主张把教育司升级为教育部的，可是藩王们再怎么注重教育，也看到了全民教育的危害。
他们从来就不是代表大明普通百姓利益的，可以为了维持社会稳定，说教育的重要性，可是他们看到了朱昭熙在北方实行全面扫盲之后，百姓有了自己的想法，对原来的明朝离心离德，所以根本不想真心发展教育。
经过朱昭熙的争取，也只能允许在藩国之内各藩王自己调整教育部门的地位。
卫生司则着眼于传染病防控、公共卫生体系构建，与藩国医院系统联动防疫。人口司负责户籍数据整合、移民迁徙管控以及统计局功能，是目前最忙碌的部门之一。
而宗教与社会事务司，则在这个多民族、多信仰的联邦中，承担着极其敏感的“社会稳定职责”，以及消灭极端宗教的任务，是政务院中最容易被忽视、却也最容易出大事的部门之一。