在南宋时期，有一座风景秀丽的山城，城外有一片浩渺的湖泊，名为碧波湖。这碧波湖湖水清澈，周围山峦环绕，是城中百姓重要的水源地，也是渔民们赖以生存的渔场。平日里，湖面上渔帆点点，渔歌阵阵，一派祥和的景象。
然而，不知从何时起，碧波湖中出现了一个可怕的水怪。这水怪身形巨大，形似巨蟒却长着四只锋利的爪子，头上还有一只闪烁着幽光的独角。它时常在湖中兴风作浪，掀翻渔船，吞噬渔民。一时间，湖面上惨叫连连，渔民们都不敢再下湖捕鱼，城中百姓也陷入了缺水的困境。
城中的富商赵员外，家中养着许多家丁和护院。他见水怪作乱，心中打起了主意。他贴出告示，声称谁能除掉水怪，便赏赐黄金千两和一座豪华宅邸。这告示一贴出，引来了不少自认为有本事的人，其中有一个江湖骗子，名叫王二。
王二身形瘦小，眼神狡黠，他根本没有什么真本事，但看到那丰厚的赏赐，便动了歪心思。他四处收集了一些破铜烂铁，打造了一把看似威风凛凛的“除怪宝剑”，又找来一块破布，在上面画了一些乱七八糟的符文，当作“驱邪法旗”。一切准备就绪后，他便大摇大摆地来到赵员外面前，拍着胸脯保证自己一定能除掉水怪。
赵员外被王二的花言巧语迷惑，给了他一些银两作为前期费用，还召集了城中的百姓，要为王二送行除怪。王二站在湖边，手持宝剑，挥舞着法旗，口中念念有词，装出一副高深莫测的样子。百姓们围在周围，满怀期待地看着他。
突然，湖面上涌起一阵巨浪，水怪那庞大的身躯露出了水面，它张开血盆大口，发出一声震耳欲聋的咆哮。王二吓得脸色煞白，双腿发软，手中的宝剑和法旗都掉在了地上。他想转身逃跑，可双脚却像被钉住了一样，动弹不得。水怪缓缓地向他游来，眼看就要将他吞噬。
就在这千钧一发之际，一个疯疯癫癫的和尚出现了。这和尚身穿破僧袍，脚蹬破草鞋，手持一把破蒲扇，一边走一边哼着小曲：“湖中怪，莫嚣张，活佛到此你难藏，善恶到头终有报，劝你早早归善良……”百姓们认出这和尚正是灵隐寺的济公活佛。
济公摇着破蒲扇，慢悠悠地走到王二身边，笑着对他说：“你这骗子，没本事还敢来招摇撞骗，今天就让你看看真正的除怪本事。”说着，他捡起王二掉在地上的宝剑和法旗，轻轻一扔，宝剑和法旗就飞进了湖里。
王二又惊又怒，刚想开口指责济公，却见济公从怀里掏出一个破酒葫芦，咕咚咕咚地喝了几口酒，然后对着湖面大声喊道：“水怪老兄，别在湖里兴风作浪啦，出来和贫僧聊聊。”话音刚落，湖面上又涌起一阵巨浪，水怪再次露出了水面。
水怪看到济公，眼中闪过一丝疑惑，它似乎感觉到了济公身上与众不同的气息。济公笑着对水怪说：“水怪啊，你在湖里作乱，害得百姓们无法捕鱼饮水，这是你的不对。你本是湖中的生灵，应该与百姓们和谐相处，而不是伤害他们。”
水怪听了济公的话，发出一阵低沉的吼声，似乎在诉说着自己的委屈。原来，前段时间，有一些贪婪的渔民为了多捕鱼，在湖中投放了大量的毒药，毒死了许多湖中的生物，水怪的家园遭到了严重破坏，它才会愤怒地出来报复。
济公听了水怪的话，点了点头，说：“我明白你的苦衷了。但你也不能以暴制暴，伤害无辜的百姓。这样吧，我让那些渔民向你道歉，并且保证以后不再投放毒药，还会在湖中种植一些水草，为你重建家园。你也不要再作乱了，好不好？”
水怪沉思了一会儿，缓缓地点了点头。济公转身对百姓们说：“大家听到了吧，水怪也是被逼无奈才作乱的。从今以后，大家要爱护湖泊，不能再做伤害湖中生灵的事情了。”百姓们纷纷点头答应。
接着，济公又对赵员外说：“赵员外，你发出悬赏，却引来骗子除怪，这是不对的。你应该把那些赏赐拿出来，买一些鱼苗和水草，投放到湖中，帮助水怪重建家园。”赵员外羞愧地低下了头，连忙答应按照济公说的去做。
从那以后，渔民们不再投放毒药，还在湖中种植了大量的水草，投放了许多鱼苗。水怪也遵守了和济公的约定，不再兴风作浪，湖面又恢复了往日的平静。百姓们又可以安心地捕鱼饮水，小城又充满了欢声笑语。而济公巧除湖中水怪的故事，也在民间流传开来，成为了人们口中惩恶扬善、倡导和谐的佳话。