南宋绍熙年间，临安城繁华热闹，却也暗流涌动。城中有座仁心医馆，馆主林郎中医术精湛、心地善良，无论贫富贵贱，只要有人求医，他都悉心诊治，且常免费为穷苦百姓看病抓药，在城中口碑极佳。
林郎中有个女儿，名叫林婉儿。自幼聪慧好学，跟着父亲学得一手好医术。她不仅医术高明，还生得花容月貌，宛如一朵盛开在尘世中的白莲，纯洁又美好。
这一年，临安城突发怪病，患病之人浑身发热、咳嗽不止，严重时还会咳血，不少人因此丧命。林郎中父女俩日夜钻研医术，四处寻找药方，经过无数次的尝试和努力，终于研制出了一种能够有效缓解病情的药方。他们将药方免费公布给城中各大药铺，让药铺按照方子抓药，分发给患病百姓。
然而，这药方却引来了奸人的觊觎。城中有个恶霸，名叫孙虎，此人仗着自己有几个臭钱，在城里横行霸道、无恶不作。他听闻林家父女的药方能治怪病，便起了贪念，想将药方据为己有，以此大发横财。
孙虎带着一帮打手来到仁心医馆，恶狠狠地对林郎中说：“老头，把治怪病的药方交出来，不然我就砸了你这医馆！”林郎中义正言辞地拒绝道：“这药方是为了救治百姓，绝不能落入你这种恶人之手！”孙虎恼羞成怒，指挥打手们对林郎中拳打脚踢，然后要将他拖走关起来。
林婉儿见父亲被抓，心急如焚，她不顾自身安危，冲到孙虎面前，大声说道：“你如果不放开我父亲，我就去报官。”孙虎眼珠一转，觉得林婉儿说得有道理，便将她也一并抓走，一起关在了一座偏僻的宅院里，逼迫父女俩交出药方并为他配药。
林婉儿被囚禁后，心中充满了绝望和无助，但她始终没有屈服于孙虎的威胁。她暗自盘算着如何逃脱，将药方继续用于救治百姓。
此时，灵隐寺的济公和尚正在临安城云游。他听闻了林家父女被恶霸囚禁的事情，心中十分愤慨，决定要出手相助。济公穿着一件破破烂烂的僧袍，摇着一把破蒲扇，大摇大摆地来到了孙虎囚禁林婉儿的宅院前。
守门的打手看到济公这副模样，以为是个疯和尚，便上前驱赶：“哪来的疯和尚，这里不是你该来的地方，赶紧滚！”济公却笑嘻嘻地说：“贫僧是来给孙老爷送大礼的，你们可不能拦着我。”打手们听了，觉得好奇，便进去通报孙虎。
孙虎听说有个疯和尚要给他送大礼，心中也有些疑惑，便让打手们把济公带进来。济公走进大厅，对着孙虎双手合十，说道：“孙老爷，贫僧听闻您最近身体欠安，特来为您送上一剂良药。”孙虎不屑地说：“我身体好着呢，哪需要什么良药。你到底有什么事，快说！”
济公不慌不忙地说：“孙老爷，您虽然现在身体无恙，但您抓了林家父女，这可是大罪啊。他们是为了救治百姓才研制出药方的。您若执迷不悟，继续囚禁他们，恐怕会招来灾祸。”孙虎听了，大怒道：“你这疯和尚，竟敢威胁我！来人，把他给我轰出去！”
济公却哈哈大笑起来，说：“孙老爷，您先别着急赶我走。贫僧这里有一件宝贝，保证能让您大开眼界。”说着，济公从怀里掏出一个木盒，慢慢打开，里面竟是一只活蹦乱跳的老鼠。孙虎和他的打手们看到老鼠，都忍不住笑了起来，孙虎说：“你这疯和尚，拿只老鼠来糊弄我，当我是三岁小孩吗？”
济公一本正经地说：“孙老爷，这可不是普通的老鼠，它是一只神鼠。只要您放了林家父女，它就能为您找到一处藏有无数金银财宝的地方。”孙虎一听“金银财宝”，眼睛顿时亮了起来，他半信半疑地问：“你说的是真的？”济公拍着胸脯保证：“出家人不打诳语，贫僧绝无半句虚言。”
孙虎想了想，觉得为了那可能的财宝，放走林家父女也值得。如果没有财宝，再把林家父女抓回来就行。于是，他带着济公和一帮打手来到了关押林家父女的地方。
林郎中看到济公，心中十分惊讶，而林婉儿则仿佛看到了希望。孙虎主动放了林家父女，并送他俩出了大门。
济公对孙虎说：“孙老爷，您先让您的手下退下，贫僧要单独和林家父女说几句话，然后神鼠就会带您去找财宝。”孙虎为了财宝，只好照做。等打手们退下后，济公悄悄对林家父女说：“你们快走，贫僧自有办法离开。”
等林家父女走远了，济公返身回了宅院。济公来到宅院的后门，用手中的蒲扇轻轻一扇，后门的门锁竟自动打开了。济公刚走出后门，就听到宅院里传来一阵喧闹声。原来，孙虎在大门外远处，看见济公回了宅院，觉得事情不妙，便带着打手们追了过来。
而济公平空消失。再现身时，已经到了林家父女身边。济公拉上林家父女一路狂奔，很快就来到了城中的官府。他们将孙虎的恶行一五一十地告诉了知府大人。知府大人立刻派人去捉拿孙虎，经过一番审讯，孙虎对自己的罪行供认不讳。最终，孙虎被关进了大牢，受到了应有的惩罚。
林家父女对济公感激不已，他们将药方继续用于救治百姓，在他们的努力下，临安城的怪病终于得到了控制，百姓们又过上了安居乐业的生活。而济公妙救被囚医女的故事，也在临安城流传开来，成为了人们口中传颂的佳话。