一场演习所带来的影响，可谓极其深远而广泛。就在那三位水师总兵转身离去之际，犹如拉开了一道帷幕，预示着明国海商们悲惨命运的正式开场。
葡萄牙王子若昂惊喜的发现，意大利人艾儒略竟然被朱由校引入了朝廷的核心决策层——军机处。两人多日来促膝长谈，若昂更是从他嘴中得知，如今的大明朝的现状，以及锐意进取的朱由校是何等的英明神武。
如此，更加坚定了若昂要与朱由校缔结同盟的决心。
大明疆域太大了，几乎等同于整个欧罗巴。皇帝拥有着无上的权势，可以说一言决定一人生死的存在，比欧罗巴的国王厉害多了。要知道，在欧罗巴，国王仅是贵族之一，并非是不可取代的。要想让国内的贵族听从他的命令，那就要付出不少的代价。
经过多日的谈判，朱由校与葡萄牙王子若昂秘密达成了明朝与葡萄牙的同盟条款：
一、作为盟友，双方约定，在未来同一时间向西班牙人发起进攻。明国负责拖住西班牙在远东的军事力量，使其不能回援本国。
二、为表诚意，葡萄牙则将澳门总督府撤销，将澳门这个小地方正式交还给明朝政府。同时朱由校同意，那些不愿意回国的葡萄牙人可继续留在澳门。不过，留下的人必须加入明国国籍，效忠明国皇帝。
三、双方未来可互派留学生，名额为一年十名。由于欧罗巴国家众多，葡萄牙同意，可帮助明人周游列国，并保证其人身安全。
四、明国同意，葡萄牙军人可自由参加明国任一场战斗，生死不论。既然要反抗西班牙统治，那么必要的武力是必不可少的，大明这样的庞大国家，东则数万、数十万人马的大战对葡萄牙来说是吸取宝贵经验的最好试验场。
五、葡萄牙在未来若干年，派遣不少于二百名经验丰富的造船、火炮、火枪、机床等相关人员，借用大明的船厂、枪炮厂帮助葡萄牙建造战船、枪炮，一切费用由葡王室按正常价支付。
六、必要时，明国愿意贷款给葡萄牙，葡萄牙则以全世界的殖民地作为抵押物。
经过一系列的谈判，双方均得到了自己想要的东西。条款看上去更有利于葡萄牙，但朱由校眼光长远，并不在意一时的得失。
帮助葡萄牙拖住西班牙，这就是个废话；西班牙在亚洲仅有菲律宾一处根据地，而这里也是明朝走出南海向深海发展的必经之地，双方迟早是有一场大战的。
加上如今英国、法国、荷兰开始针对西班牙的宝船，现如今能进入明国的白银越来越少了，这也是朱由校准备动手的另一个原因。
朱由校同意帮助若昂训练军队、打造远洋船只，并向葡萄牙提供贷款业务，一方面这些东西可以卖钱赚取白银，另外一方面，也可以趁机拿下一些海外岛屿作为落脚点。
造船业，对明朝来说已经落后欧罗巴很多，如今大行其道的盖伦船明朝就造不出来，失去了郑和宝船图纸的工匠们，连中型船都造的费劲，而且还未必适应远洋航行。所以通过葡萄牙造船师，明朝工匠也能学习到欧罗巴的经验，以明工匠的心灵手巧，相信举一反三造出比欧罗巴更加先进的战船。
作为交换，若昂代表家族会替朱由校在欧洲招揽更多有真才实学的人才。同时，他们家族将欧洲各国在新大陆以及南美大陆的矿产分布图转交给朱由校，并配合锦衣卫全力收集各国在远东地区的兵力布置，海军实力等情报。最为关键的是，若昂答应，会将欧洲各国最为先进的各类设备、武器、船只及其设计图都秘密收集齐全并转交给明国，这点也是朱由校最渴望拿到的。
两国达成秘密同盟之后，兴奋的朱由校更是乱点鸳鸯谱。获得傅懿太妃的首肯之后，他将光庙第六女，也就是他存世的长妹，十一岁的朱徽妍赐婚给了葡萄牙王子若昂为王后。等到朱徽妍十五岁成年之后，朱由校会让其与远洋船队一起远赴欧洲与若昂完婚。
大喜过望的若昂激动得满脸通红，他迫不及待地模仿着徐光启那郑重其事的样子，恭恭敬敬地向着朱由校行了一个标准而又虔诚的跪拜之礼。就这样，刚刚结下深厚友谊的两人，眨眼间身份便发生了巨大的转变，从朋友一下子变成了有着密切关系的妻兄和妹夫。
满心欢喜的若昂本已做好了归国的准备，但此时此刻，他却毫不犹豫地选择暂时留下来。一方面，怀着对大明军队的好奇与向往，他毅然决然地投身于皇家近卫师，积极参与到紧张刺激的军事训练之中；另一方面，则利用这难得的时光，与美丽动人、温婉可爱的公主朱徽妍逐渐培养起了那份朦胧而又甜蜜的小感情。
然而，世上没有不透风的墙，尽管朱由校自以为将这件事处理得天衣无缝，但最终还是走漏了风声。那些精明的朝臣们不知通过何种途径获知了皇帝乱点鸳鸯谱之事，这一消息犹如一颗重磅炸弹投入平静的湖面，瞬间激起了千层巨浪。
对于朝臣们来说，皇帝不尊重文官也就罢了，善武是万万不可取的。万一哪天这些武人要是爬到他们文官的头上怎么得了？而且皇帝有了底气，文官集团该如何自处？皇帝这番出人意料的举动，无疑给了他们一个绝佳的反击机会。于是乎，在三月二十九日这个看似平常的早朝之上，憋了一肚子怨气的朝臣们再也按捺不住内心的怒火，纷纷挺身而出，毫不留情地朝着朱由校发难起来。一时间，朝堂之上气氛异常紧张，众人唇枪舌剑，你来我往，好不热闹！
对于消息的走漏，朱由校更加火大，经过了数轮清洗，自己的内宫居然还能走漏消息，说明这些文官们还有其他的渠道可以获知内廷的消息，这让将保命工作做到了极致的朱由校如何忍受？
一场针对文官与内廷的大清洗即将上演。