在此之前，朱由校为了维护朝堂的稳定以及各党派之间的势力均衡，他对待东林一系的官员时，只是对那些贪赃受贿的东林官员，处以抄家、砍头之罪。对于政见不一，或者仅是言语上触怒他的，采取的措施相对较为宽容，至多也就是将他们流放，而更多的情况下，则是免去其职务或是将之贬谪到地方为官。不得不说，这样的处置方式在一定程度上算得上是颇为温和的了。
只可惜！他的这种温和态度竟然被那些士绅阶层视作是一种软弱可欺的表现。于是乎，现如今这些人竟敢公然发动民变来回应他的宽厚仁慈。倘若江南一带的乱局无法迅速得以平息，那么其他各地势必会纷纷效仿，跟风作乱。如此混乱不堪的局面，自然绝非朱由校所期望见到的。
鉴于此，这一次他已然下定决心不再与满朝文武百官共同商议前往江南平叛的合适人选了。他决定独断专行一次，向世人展示出自己强硬铁血的手腕和决心。
经过深思熟虑之后，朱由校最终亲自选定了内阁阁臣顾秉谦担任此次朝廷派遣前往江南的正使一职；同时，又任命大理寺寺卿薛国用——这位原本按照历史轨迹应当命丧于辽东战场之上的巡抚大人，由于朱由校的意外穿越从而得以幸存至今且安然无恙，还被提拔到了大理寺卿职位——出任本次江南之行的副使。此外，一同随行的还有刑科给事中周应秋以及詹事府詹事魏广微等人，作为朝廷官方调查这次民变的缘由的文官团队。
紧接着，朱由校责令以东厂厂督魏忠贤为首，东厂理刑官孙云鹤率领整整一百名训练有素且身手矫健的东厂番子共同奔赴现场展开深入调查。
锦衣卫指挥同知田尔耕也接到皇命，他要统率着北镇抚司镇抚使许显纯以及其下辖的三个千户所一同前行。
而与此同时，新军第一师提督满桂则肩负重任，带领着新军第一师八千精兵强将，通过水路和陆路两种运输方式火速南下江南。表面上来看，这八千将士需听从阁臣顾秉谦的调遣与指令行事，但实际上，英明睿智的朱由校暗中给予了满桂一道机密诏令。此道密令要求满桂务必将东厂、文官两大派系每日的一举一动详细记录下来，并以秘折这种特殊的文书形式，每隔五天便用八百里加急的速度送回京城，而且不得经过内阁转手，而是直接呈交至司礼监。同时，事态紧急之事，他可有先斩后奏之权，绕过文官，直接弹压地方。
然而，当这份关于皇帝派遣以顾秉谦作为领头人的朝廷使者名单公布之后，内阁首辅叶向高尚未发表任何意见之时，通政司那边却率先炸开了锅。以通政使刘元珍为首的一众东林党官员们，竟然毫不畏惧皇权，当场就毅然决然地直接驳回了圣上的圣旨。
朱由校坐在龙椅之上，面色平静如水，丝毫看不出有发怒的迹象。在众人还在议论纷纷之际，直接说道：“准通政司刘元珍以下三人致仕！”他直接越过内阁，直接罢黜了通政使、右通政、左通政。这一突如其来的举动，让上书房内鸦雀无声。
紧接着，朱由校又趁热打铁，迅速提拔了三位官员填补通政司的空缺。其中，詹事府经筵讲官来道宗荣升为通政使；左春坊谕德、讲师施凤来出任右通政；而少詹事、直讲钱向坤则担任左通政一职。
值得一提的是，这三位新上任的官员皆为朱由校的任课老师。经过长时间的接触与观察，朱由校对他们可谓了如指掌。此三人在复杂多变的朝政局势中，始终保持着中立立场，并未表现出明显的政治倾向，实属朝中为数不多的“无党派人士”。
不仅如此，这三位先生虽然才华横溢，但却并不迂腐守旧。不像有些官员，凭借多年积累的资历好不容易爬上了皇帝讲师的高位后，便迫不及待地向皇帝以及皇子们强行灌输自己的理念，令听者感到不胜其烦，头痛欲裂。
面对皇帝此番雷厉风行的举措——罢黜通政司全体官员并提拔自己的老师上位，内阁成员们竟出奇地一致选择了缄默不语。
就连身为东林党首脑的叶向高，此时也紧闭双唇，不再发表任何言论。既然连这位权倾朝野的大人物都三缄其口，其他大臣们自然更是不敢轻易去触碰皇帝的逆鳞，生怕引火烧身。一时间，上书房陷入了一种诡异的安静之中。
前文提到，自从官复原职之后，叶向高觉得如今的东林党已经不是他辞职之前的那些有信仰，忧国忧民的进步党派人士了。如今的东林党已经变成了只讲利益，不顾实情的皇帝改革朝政的绊脚石，成了以前他们最为讨厌的顽固、守旧派。
所以，他不顾朝野非议，始终站在皇帝的一边，助其推行新政。同时，尽力保住东林党这块招牌，团结一切认可皇帝、认可他这个首辅执政的东林党官员。
如今的叶首辅只想先保住东林党的招牌，准备以徐徐图之的谋略与皇帝周旋，再也不是那个与万历皇帝硬抗，坚决废除矿税时期的他了。
他深知，随着这批人下江南，会掀起多大的腥风血雨，但作为一个成熟的政治人物，特别是一位爱国人士，犯上作乱已经属于超纲的范畴了，这个时候如果他站出来反对，相信皇帝会连同他以及好不容易保护下来的东林党成员都将会被皇帝清洗出朝堂，到那个时候，才是东林党真正的末日。
他摇头示意史继偕、王象乾两人不要再行反对之事，他决定回去就立马修书，快马加鞭的通知江南同僚，要求他们务必保持克制，明哲保身躲过这次危机。
只可惜，他高估了如今的他在东林党中的地位，也为未来他彻底走上张居正的改革之路埋下了伏笔。
一道道指令从上书房发出，一封封信件从京城各处高官府邸发出。此时的朱由校深知江南士绅能掀起如此之大的风暴，恐怕那些南京勋贵并定深涉其中，于是他眼咕噜一转，传旨召见英国公张维贤、定国公徐希皋二人，命二人率皇家近卫师五千人马为后队，跟随满桂的新一师从事。
朱由校的收尾之作顿时让上书房内所有的官员瞪大了双眼，这是皇帝版恶人自有恶人磨吗？
官对官、兵对兵、勋贵对勋贵，特么的这是捉对厮杀，皇帝是一个漏洞都不留啊，妥妥的赶尽杀绝啊！