剥夺了亲王就藩后的赡养田、盐引，以及对封地湖泊的所有权后。朱由校还将万历朝宗禄永额制和宗藩妾室数量进行了更加严格的规定。
《宗藩条例》规定亲王妾室的最大数量是十人，郡王是四人，将军是三人，中尉是两人。没有爵位的庶人，在年过四十后，仍然没有子嗣，才准许纳妾一人。
新规中明确规定了，亲王只允许三妻四妾，郡王只允许一妻三妾，镇国将军只允许一妻两妾，余下只允许一妻一妾。只有年过四十后，仍然没有子嗣的，才准许多纳妾一人。整妻无子亡故的，可从平妻中晋升一位，但不许新娶。
万历朝宗禄永额制规定：“宗室之子皆得受封，但限其禄数，郡王除长子外，给五子之禄，将军四子，中尉庶人三子，此固均禄之良法。臣今再乞天恩，于所拟之外，合量添一子之禄。中尉庶人禄薄，合与将军同例。”
新规中规定，郡王除长子外，给四子之禄，将军三子，中尉庶人无。
也就是说，朱元璋制定下来的宗藩八级制度：亲王、郡王、镇国将军、辅国将军、奉国将军、镇国中尉、辅国中尉、奉国中尉。在天启朝开始，只承认五世而袭。
首先，在妻妾数量方面采取了极为严格的控制措施，使得宗藩们无法像以往那样肆意纳妾，从而有效地遏制了人口的过度增长。与此同时，原本复杂的八级宗藩制度被大刀阔斧地改革为简洁明了的五级制度。且不提未来会产生怎样深远的影响，但就在这项新规开始施行之际，明朝的宗藩数量便要急剧减少整整五万人之多！
当然，朱由校和朝廷深知这五万余名宗藩突然间失去生活来源将引发诸多问题，因此并不会即刻逼迫这些毫无谋生技能的宗藩们马上自行寻找出路。
在对其数量加以限制之后，新规还明确设定了各等级宗藩每年所应领取的固定俸禄额度：亲王每年可获得两千两白银以及三百万枚崭新的元龙币；郡王则为一千两白银加上二百万枚元龙币；镇国将军能领到五百两白银与五十万元龙币；辅国将军可得三百两白银及同样五十万元龙币；而奉国将军则有两百两白银和三十万元龙币入账。至于公主、郡主以及县主等女性宗室成员，她们的俸禄标准参照亲王、郡王以及镇国将军来执行。
如此这般安排下来，宗藩们每年所领取的俸禄当中，将会有超过半数是以朱由校大力推行的新型货币——元龙币的形式发放。这一举措无疑极大地促进了元龙币的广泛使用和流通，毕竟大明皇家银行背后拥有着规模极其庞大的黄金和白银作为坚实的储备金，足以支撑起这种货币体系的稳定运行。
随着时间的推移，元龙币有望逐渐取代传统的金银货币，成为明朝经济领域中的主流交易媒介，进而推动整个国家商业活动的蓬勃发展。有了金银作为储备金，龙币的市场购买力相比起宝钞，龙币会显得更加的坚挺。
与此同时，新规还明令禁止了，郡王入继亲王后，以世子承袭亲王，次嫡、庶子以下，只能按照原封世次获得本等官职，不允许为他们请封郡爵；追封的亲、郡王，其嫡、庶诸子也只授予本等官职，不允许为他们奏请加封。
也就是说，当亲王没有后代而由郡王继承亲王之位后，除去该郡王的嫡长子之外，其他所有子嗣仍然保留他们原本所拥有的爵位，不会享受到亲王子嗣应有的待遇。
不可避免地会出现堂兄弟的子嗣继承亲王爵位，但即便如此，也只能对已经去世的直系长辈进行追封为亲王或郡王。而且，除了继承亲王的嫡长子会被封为亲王世子外，其余儿子都将继续保持原来的爵位，不会得到额外的加封晋升。这一系列措施不仅有效地防止了人为地创造出过多的郡王、镇国将军等爵位，还大大减轻了朝廷的经济负担。
要知道，上述各种各样的规定，其目的就是要抑制住宗藩人口无限制地增长，从而缓解朝廷在财政方面面临的巨大压力。然而，那一下子就被排除在宗藩队伍之外的整整五万多人及其家属们，朝廷却绝对不能置之不理。不然的话，如果这些人和他们背后的上万户家庭联合起来闹事造反，对于整个国家而言无疑将会成为一个极其严重的安全隐患。
为了解决这一问题，朱由校毅然决然地采取了一项重大举措——废除了长期以来宗藩不得从事四民之业（包括士、农、工、商等行业）的严苛规定。他不仅以明文形式明确许可所有宗藩子弟能够自主谋求生存之道，更为那五万失去宗禄的子弟开辟出一条活路。同时，这一决策对于那些仍然享有爵位的宗藩子弟而言，无疑也是一个利好消息，他们因此获得了一份额外的收入来源。此外，通过这种正规途径，这些宗藩子弟们还有望进入大明朝庞大而复杂的官员体系之中。
不得不说，朱由校在这件事情上可谓是费尽心思、绞尽脑汁。因为在此之前的十几位皇帝，即便心中有意对这条陈旧的条款加以修正和改进，但却始终没有足够的勇气去触碰皇明祖训中的核心条款。然而，朱由校这位未来庙号极有可能带有“祖”字之人，仿佛天生就是为了打破封建时代众多常规而生。在他眼中，无论多么古老且根深蒂固的祖制，在残酷的现实面前都必须做出让步与妥协。哪怕是明太祖朱元璋死而复生，恐怕也无法阻挡朱由校改变大明王朝命运的坚定决心！
最后，朱由校还对宗人府进行了一系列的改革。首先，他任命英国公张维贤为宗正令，定国公徐希皋与已经搬入北京的原南京勋贵之首魏国公徐弘基分别担任左、右宗正；尚未就藩的瑞王朱常浩和惠王朱常润分别担任左、右宗人。三个位置的品级为正一品、从一品和正二品。
此外新设正三品的府丞一名，掌宗藩文册典籍，管诸多事宜；改经历司经历一职为经历司郎中一名，正五品，新设从五品员外郎一名，从五品；在经历司以下设正六品主事三名，一人掌管发收公文；两人掌管勋贵、宗室谱牒，序录子女嫡庶、生卒、婚嫁，官爵、名谥；并核承袭次序，秩俸等差，及养给优恤诸事。其下补充了令史十人，书令史二十人。