随着声波核心被成功摧毁，洪兴市的街道逐渐恢复往日生机，但暗流仍在看不见的角落涌动。国际法庭对境外势力的审判正在进行，可就在开庭前一晚，关键证人的飞机在洪兴领空突然失联，雷达屏幕上只留下一团诡异的电磁乱码。
陈耀盯着会议室墙上不断闪烁的失踪航班轨迹图，通讯器突然震动，匿名短信带着一串经纬度和一句\"小心影子内阁\"。特种部队根据坐标展开搜索，在废弃的跨海大桥桥墩里，发现了被加密的全息影像——画面中，几位西装革履的政要正在密室举杯，背后投影赫然是洪兴市最新的城市规划图。
\"他们还在觊觎洪兴的深海资源。\"陈耀将影像资料甩在会议桌上，目光扫过在座的军方高层，\"新的危机不是来自海底，而是来自我们内部。\"话音未落，整座指挥中心突然陷入黑暗，应急灯亮起的瞬间，一名参谋官突然暴起，手中注射器泛着幽蓝光芒。
近身搏斗中，陈耀扯下对方衣领，露出后颈处微型芯片。\"是脑控装置！\"双面间谍特工眼疾手快将芯片摧毁，\"这种技术...和之前病毒解药管道里检测到的纳米机器人同源！\"实验室连夜解剖芯片，竟发现其编码与老吴体内提取的紫色药剂存在数据关联。
老吴主动请缨参与调查，带着陈耀来到童年居住的渔村。在摇摇欲坠的阁楼里，他翻出父亲遗留的航海箱，箱底藏着一本加密账本，每笔交易都标注着不同海域坐标。\"这些不是普通货物运输记录。\"老吴的手指划过泛黄的纸张，\"是境外势力多年来在洪兴海域埋藏的秘密武器坐标。\"
渔民志愿队再次集结，驾驶改装渔船展开\"清礁行动\"。当机械爪在某处暗礁触碰到金属物体时，海底突然升起巨大的球形舱体。舱门开启瞬间，无数装载着神经毒气的无人机蜂拥而出。千钧一发之际，小林启动渔船新装备的声波干扰器，无人机群如同折翼的候鸟纷纷坠落。
与此同时，国际刑警传来消息，失踪的证人在某国地下实验室被发现，身上插满连接脑机接口的管线。解救行动中，特工在实验室电脑里发现惊人文件——境外势力正策划利用洪兴新建成的反导系统漏洞，将其改造成覆盖全球的监控网络。
陈耀站在总统府顶楼，望着港口往来的货轮。手中的加密电话响起，传来老吴疲惫却坚定的声音：\"最后一个坐标已确认，是当年我父亲沉船的位置...这次，我想亲手了结一切。\"夜幕降临，洪兴海军舰队与渔民船队组成钢铁方阵，向着最后的未知海域破浪前行，船头的探照灯刺破黑暗，如同永不熄灭的希望之火。
深海中，老吴驾驶着特制潜水舱缓缓接近沉船残骸。舱内仪表盘突然疯狂闪烁，全息投影中浮现出父亲临终前的影像：“小吴，记住，珊瑚礁7号的核心装置还有自毁模式，密码...是你的生日...”话音未落，画面被刺耳的警报声打断。与此同时，国际刑警传来紧急情报——境外势力的秘密舰队已突破公海防线，正向洪兴海域全速驶来。
陈耀在指挥中心部署防御，却发现城市供电系统接连出现异常。双面间谍特工面色凝重：“总统，有黑客正在篡改反导系统的底层代码，攻击源...竟然来自市政厅内部！”安保部队火速包围市政厅，在地下室的服务器机房里，抓获了数名伪装成工作人员的境外特工，他们正在向反导系统植入“镜像病毒”，一旦激活，所有防御武器将调转枪口对准洪兴本土。
渔民志愿队的雷达突然捕捉到诡异的水下异动。小林驾驶渔船靠近时，海面上突然升起数十艘半潜式作战平台，平台上的粒子炮开始充能。千钧一发之际，独眼老者生前训练的海豚群突然出现，它们携带的电磁脉冲装置准确吸附在作战平台的关键节点上，引发连锁爆炸。
老吴在沉船内找到了父亲藏匿的加密硬盘，里面不仅有境外势力的全部犯罪证据，更揭露了一个惊天秘密：洪兴现任副总统竟是境外势力安插二十年的“终极棋子”。消息传回指挥中心时，副总统突然发动政变，控制了总统府的安保系统。陈耀带领亲卫队浴血突围，在总统府花园与叛军展开激烈交火。
此时，老吴启动沉船内的自毁装置后，却发现逃生通道被神秘力量封锁。通讯器里传来境外势力首领的冷笑：“吴先生，你的利用价值到此为止了。”就在潜水舱即将被海水压碎的瞬间，渔民志愿队驾驶改装的深海救援艇冲破重重阻碍，将老吴救出。
黎明前夕，洪兴海军与渔民志愿队组成的联合舰队，在反导系统修复后的掩护下，与境外舰队展开决战。电磁炮与粒子束的光芒照亮海面，海豚群与无人机协同作战，撕开敌人的防线。陈耀亲自率领特种部队突袭副总统的秘密据点，在地下室发现了正在向全球发送加密信号的量子通讯装置——境外势力企图将洪兴的危机升级为世界大战。
随着最后一枚电磁脉冲弹引爆，境外舰队的电子设备全部瘫痪。老吴将加密硬盘的内容通过卫星传遍全球，国际社会一片哗然。当旭日升起时，洪兴的天空重新恢复晴朗，而那些隐藏在黑暗中的阴谋家，终将在世界的审判下无所遁形。港口边，渔民们修补着破损的渔船，孩子们在沙滩上嬉戏，仿佛一切都回到了最初的模样，但所有人都知道，这场胜利，是用无数人的鲜血与牺牲换来的。