黑色的商务车在雨夜的掩护下，如同幽灵般穿梭于东京错综复杂的街道。车内暖气开得很足，与车窗外冰冷的雨幕形成鲜明对比。后座上，柯南小心翼翼地用车上备用的急救包为昏迷的灰原哀（宫野志保）处理着小腿的划伤。伤口不深，但失血和寒冷让她的小脸依旧苍白如纸，即使在昏睡中，眉头也紧紧蹙着，仿佛承载着无尽的悲伤与恐惧。
副驾驶上的悠真如同雕塑，目光锐利地扫视着后视镜和窗外，确保没有任何可疑的跟踪。开车的快斗则展现出了与怪盗身份不符的沉稳，熟练地避开主干道和监控密集区，朝着江古田区的旧天文台安全屋驶去。
“她刚才……好像叫了我的名字。”柯南低声说道，声音带着一丝难以置信的复杂情绪，“工藤……她认识我？”
“Aptx4869的‘死亡名单’上有你的名字，工藤新一。”悠真冰冷的声音从前座传来，“作为研发者，她自然知道。你的‘死亡’是组织确认过的‘成功案例’，也是她研发成果的‘证明’之一。”
柯南的心猛地一沉。原来自己一直活在“死亡名单”上，而名单的书写者，此刻正虚弱地躺在他身边，变成了和他一样的小学生。命运，真是充满了讽刺。
车子终于抵达了废弃天文台宿舍楼。悠真率先下车，如同融入阴影的猎豹，迅速扫视周围，确认安全后，才示意快斗和柯南带着灰原哀下车。他们悄无声息地进入楼内，回到了顶层b室的安全屋。
当安全屋的门轻轻关上，隔绝了外界的风雨声时，房间内另一个屏风后的身影猛地站了起来——正是听到动静、焦急等待的宫野明美！她的手臂还缠着绷带，脸色因为担忧而显得憔悴。
“志保？！”明美的声音带着颤抖的哭腔，目光瞬间锁定在柯南怀中那个小小的、茶色头发的女孩身上！虽然身体变小了，但那熟悉的眉眼轮廓，那让她日思夜想的气息……绝不会错！
“姐姐……”昏迷中的灰原哀仿佛感应到了血脉的呼唤，无意识地呢喃了一声。
这一声微弱的呼唤，如同点燃了明美心中所有的情感！她再也无法抑制，泪水汹涌而出，踉跄着扑到床边，小心翼翼地、如同捧着世界上最珍贵的易碎品般，从柯南手中接过了妹妹小小的身体，紧紧抱在怀里！
“志保！我的志保！真的是你！太好了……太好了……你还活着……姐姐在这里……姐姐在这里……”明美泣不成声，滚烫的泪水滴落在灰原哀冰冷的小脸上。她一遍遍地抚摸着妹妹的头发、脸颊，仿佛要确认这不是一场梦。
或许是温暖的怀抱，或许是熟悉的气息和呼唤，灰原哀长长的睫毛剧烈地颤抖着，终于缓缓睁开了眼睛。那双属于孩童的、冰蓝色的眼眸里，最初是极致的迷茫和虚弱，仿佛还未从地狱的噩梦中完全醒来。然而，当她的视线聚焦，看清了眼前这张泪流满面、却写满了失而复得的巨大惊喜与爱意的脸庞时——
时间仿佛在这一刻静止了。
灰原哀（志保）的瞳孔骤然收缩到针尖大小！巨大的、难以置信的、足以颠覆她所有认知的狂喜，如同核爆般在她小小的身体里轰然炸开！所有的冰冷、绝望、痛苦，在这一瞬间被这汹涌的情感洪流冲刷得粉碎！
“姐……姐？”她的声音沙哑、微弱，带着孩童的稚嫩和极致的颤抖，仿佛害怕这只是一个幻觉，一碰即碎。
“是我！志保！是我！姐姐没死！姐姐还活着！”明美用力地点头，眼泪如同断线的珠子，“对不起……让你担心了……对不起……”
巨大的冲击让灰原哀的大脑一片空白。她伸出小小的、冰凉的手，颤抖着抚摸上明美的脸颊，感受着那真实的、温热的触感和泪水。不是梦……姐姐……真的还活着！就在她面前！紧紧地抱着她！
“哇——！！！” 压抑了太久太久的恐惧、悲伤、委屈和此刻排山倒海的狂喜，终于冲破了所有的枷锁！灰原哀猛地将头埋进明美的怀里，放声大哭起来！那哭声撕心裂肺，充满了孩童最本能的宣泄，也饱含着劫后余生、亲人重逢的极致情感！她小小的身体在明美怀里剧烈地颤抖着，仿佛要将所有的痛苦和绝望都哭出来。
明美也紧紧抱着妹妹，无声地流泪，用尽全身的力气去感受这失而复得的珍宝。姐妹俩相拥而泣的画面，充满了令人心碎的悲伤和难以言喻的温暖，让一旁的柯南也忍不住眼眶发热。
悠真静静地站在房间的阴影里，看着这一幕。他那冰冷的、仿佛永远不会有情绪波动的眼神深处，似乎有极其细微的光芒闪烁了一下，随即又归于沉寂。快斗靠在门边，收起了平日玩世不恭的笑容，眼神中也带着一丝难得的动容。
不知过了多久，灰原哀的哭声渐渐变成了抽泣，最后只剩下断断续续的哽咽。她蜷缩在明美温暖的怀抱里，如同找到了避风港的小船，疲惫和安心感同时涌上心头。她抬起泪眼朦胧的小脸，看着明美，又看了看房间里的其他人——那个救了她的小侦探（工藤新一？），那个开车的陌生青年，还有……阴影中那个气息冰冷、让她本能感到敬畏的高大身影。
“是……是你们救了姐姐……和我？”灰原哀的声音依旧带着哭腔，但已经平静了许多，冰蓝色的眼眸恢复了属于宫野志保的冷静和洞察力。
“嗯。”柯南点点头，走到床边，看着这个和自己有着相似遭遇的女孩，“我叫江户川柯南。他是黑羽快斗。至于那位……”他看了一眼阴影中的悠真，“他是……我们的影子。没有他，我们都无法在这里。”
灰原哀的目光落在悠真身上，带着深深的探究和一丝不易察觉的感激。她记得那个在冰冷雨巷中如同磐石般挡在身后的高大身影，那种令人窒息的压迫感，却也带来了前所未有的安全感。
“谢谢你们。”灰原哀的声音很轻，却很郑重，这是属于科学家的理性感谢。
“志保，”明美擦掉眼泪，温柔但认真地看着妹妹，“我们现在很安全，但组织还在疯狂地寻找我们。尤其是你，志保，你的价值对他们来说太大了。我们必须彻底隐藏起来。”
灰原哀（志保）点了点头，眼神变得凝重。她比任何人都清楚组织的可怕和执着。
这时，悠真从阴影中走了出来，他的声音依旧冰冷，如同在宣布一项既定事实：“宫野明美，宫野志保，这两个名字，从今天起必须彻底消失。”
姐妹俩同时看向他。
“你们需要新的身份，新的名字，新的生活。”悠真的目光扫过姐妹俩，“从此以后，你们是灰原爱，”他看向明美，“和灰原哀。”他的目光最后落在变小的志保身上。
“灰原……爱？灰原……哀？”明美（灰原爱）轻声重复着，品味着这个名字。
“灰原……”灰原哀（宫野志保）也喃喃念着。这个名字……带着一种灰烬中重生的意味，一种深沉的哀伤，却也蕴含着继续前行的力量。她冰蓝色的眼眸中闪过一丝复杂的光芒，最终化为一种认命的平静。“……哀。我明白了。”
“阿笠博士，”悠真看向柯南，“他会成为你们名义上的监护人。他的家，将是你们暂时的庇护所。‘灰原哀’会以他远房亲戚孩子的身份，与‘江户川柯南’一起就读帝丹小学。‘灰原爱’需要更深度的隐匿，具体安排稍后告知。”
“博士？”柯南有些惊讶，但随即明白这是最好的选择。博士家设备齐全，人可靠，而且就在工藤宅隔壁，便于他和悠真照应。
灰原哀（宫野哀）没有反对。对她而言，只要能和姐姐在一起，安全地活下去，去哪里，叫什么名字，都无所谓了。她靠在姐姐（灰原爱）怀里，感受着久违的温暖和安心，疲惫如潮水般涌来，小小的身体渐渐放松，沉入了真正的、安心的睡眠。
与此同时，杯户市药物研究所。
气氛压抑得如同暴风雨前的死寂。曾经属于宫野志保的私人实验室一片狼藉，破碎的试管、散落的文件、以及那支空了的Aptx4869注射器，如同无声的控诉，嘲弄着组织的严密布控。
琴酒站在实验室中央，银色的长发无风自动，周身散发着令人窒息的、如同实质般的冰冷杀意！他那双墨绿色的瞳孔，此刻如同淬了毒的冰锥，死死地盯着地上那件被遗弃的、沾着血迹的成人尺寸的白大褂衬衣！他的右手手腕还缠着厚厚的绷带，隐隐渗出血迹（悠真飞镖的贯穿伤），这伤口如同耻辱的烙印，时刻灼烧着他的神经！
伏特加战战兢兢地站在一旁，大气不敢出，他的右手也裹着纱布，掌心被穿透的剧痛让他脸色发白。
“废物！”琴酒的声音低沉得如同地狱的寒风，每一个字都带着能将人冻结的杀意，“一群废物！连一个手无缚鸡之力的科学家都看不住！让她在你们的眼皮子底下……变成了老鼠！逃走了！”
他猛地一脚踹翻了旁边的仪器架！昂贵的设备轰然倒地，发出刺耳的碎裂声！研究所的负责人和几个负责安保的底层成员吓得瑟瑟发抖，面无人色。
“大哥……我们……我们检查了所有出口……都锁死了……监控也没看到她离开……”一个安保小头目硬着头皮解释，声音抖得不成样子，“她……她就像凭空消失……”
“消失？！”琴酒猛地转身，伯莱塔冰冷的枪口瞬间顶在了那个小头目的额头上！那小头目吓得魂飞魄散，裤裆瞬间湿了一片！“她不是消失！她是变小了！像工藤新一一样！钻进了你们这群蠢猪想不到的狗洞！”琴酒的声音如同毒蛇吐信，充满了被愚弄的暴怒，“Aptx4869！她用自己的药，戏弄了整个组织！”
实验室里死一般的寂静，只有仪器短路发出的噼啪声和众人粗重的喘息声。
“还有那个影子……”琴酒收回枪，目光变得更加阴鸷恐怖，他抚摸着自己手腕的伤口，仿佛还能感受到那枚漆黑飞镖带来的剧痛和耻辱，“两次了……他救了那个没用的女人（明美），又搅黄了这次清理行动……他到底是谁？！”
“大哥，会不会是FbI或者日本公安的……”伏特加小心翼翼地问。
“不像。”琴酒冷冷地打断，“他们的手法没那么……‘个人化’。这个人，目标明确，行动高效，而且……对我们的行事风格非常了解。” 他脑海中闪过那个在雨巷中挡在雪莉身前、如同磐石般的黑色身影，以及那精准到恐怖的冷兵器打击。“他很强……而且，他认识工藤新一。”
“工藤新一？”伏特加一愣，“那个被Aptx4869干掉的高中生侦探？”
“干掉？”琴酒嘴角勾起一丝残忍而冰冷的弧度，眼神如同毒蛇般扫过实验室里那件小小的白衬衣，“现在看来，我们当初的结论……下得太早了。工藤新一……宫野志保……他们都‘死’了，却又都‘活’了下来，变成了躲在下水道里的老鼠！这绝不是巧合！”
他的目光变得更加幽深和危险：“那个影子……还有那个大阪的小鬼（服部平次）……他们之间一定有联系！宫野明美……很可能也还活着！这次行动，我们不仅丢了雪莉，还暴露了太多！”
琴酒猛地转身，墨绿色的瞳孔中燃烧着毁灭一切的火焰：“通知下去！启动最高级别追查！动用所有暗线！给我找出‘灰烬’（他给悠真起的临时代号）！找出所有和工藤新一、宫野姐妹有关联的‘老鼠’！尤其是那个大阪的侦探和那个叫阿笠的老头！雪莉……宫野志保……她掌握着组织太多的核心机密！她必须死！所有帮助她、知道她身份的人……都必须死！”
他拿起通讯器，声音如同来自九幽的寒风，下达了冰冷的指令：
“给所有行动组和情报组：”
“目标更新：”
“1. 确认并清除‘灰烬’（特征：使用特殊冷兵器，身手极高，疑似与工藤新一关联）。”
“2. 全力追捕叛逃者：宫野志保（雪莉），现幼化状态，茶色短发，约6-7岁外表特征。活要见人，死要见尸！清除所有庇护者！”
“3. 重新评估目标：工藤新一（状态存疑），关联人物：服部平次（大阪）、毛利小五郎、阿笠博士……列为高度监视对象！”
“4. 宫野明美（状态存疑），列入清除名单！”
“重复：叛徒，必须死！”
指令如同冰冷的死亡宣告，传遍了组织的黑暗网络。一场针对幸存者、保护者和那个神秘“影子”的、更加残酷和疯狂的猎杀风暴，已然拉开序幕！
而在江古田那间充满劫后余生温情的安全屋里，刚刚获得新生的“灰原爱”和“灰原哀”依偎在一起沉睡着，尚不知晓外面的世界，因为她们的存活，正酝酿着何等恐怖的反扑。悠真站在窗边，看着依旧阴沉的天空，冰冷的眼神中没有任何畏惧，只有一片沉静的、如同深渊般的决绝。柯南握紧了拳头，他知道，真正的战争，现在才正式开始。而他、悠真、快斗，以及这对刚刚团聚的灰原姐妹，都将成为这场黑暗风暴中最关键的角色。