达拉邦幼兽因宇宙航行中与母亲失散，坠入地球相模湾，误将江之电的警笛声当作母亲呼唤而在镰仓游荡。
已“摊牌”的苏小蕊直接在指挥室说了：“这小家伙没恶意，就是想妈妈了，大古，你送它回家。”
迪迦奥特曼随后现身，利用GUtS模拟的增强版警笛声作为引导信标，温柔地将幼兽护送回近地轨道，使其与等候已久的母兽团聚。
休假中的掘井正与女友千鹤享受难得的晚餐时光，却被tpc的紧急命令打断。千鹤的脸上难掩失落。
走出餐厅，看到大古驾驶德拉姆车已载着宗方副队长在等候，掘井立刻意识到事态严重，只能匆匆告别千鹤。
回到总部，众人面对的情报起初显得荒谬——电力系统异常竟是一只“猴子”在啃食电缆。然而，宇宙开发中心随后传来的消息让所有人脊背发凉：这并非普通猴子，而是移植了艾勃隆细胞、满怀对人类的仇恨的实验体——梅塔莫尔加。
苏小蕊顾问的目光瞬间锁定了实验室里的真田良介。在无形的压力下，良介内心煎熬，最终交出了所有关于艾勃隆细胞的原始研究资料。
苏小蕊带着资料前往指挥室，同时桐野牧夫开始运用其能力寻找梅塔莫尔加的弱点。首次交锋，梅塔莫尔加凭借变异后的力量逃脱，GUtS被迫返回基地。
讨论中，更令人震惊的事实被揭露：梅塔莫尔加不仅拥有了力量，更在艾勃隆细胞的影响下产生了复杂的情感，尤其是仇恨。
这让崛井勃然大怒，他对着宇宙开发中心的通讯屏幕怒吼：“你们最大的错误，就是擅自闯入生命的神秘领域，还傲慢地企图改造它！”
他不由得想起了差点走上歧途的真田良介。
居间惠队长拦住了激动的掘井。这时，苏小蕊默默将真田良介带到了指挥室。良介面对崛井，真诚地忏悔了自己的过错。
崛井怒火未消，被队长派往宇宙开发中心进行调查。
在宇宙开发中心门口，崛井遇到了等候他的千鹤，但公务在身的他只能硬着心肠说“我是来工作的”，让千鹤再次失望。
调查中，崛井偶遇了大学同学沙耶香，两人一起用餐聊起良介的近况，不料却被千鹤撞见，产生了误会。
与此同时，梅塔莫尔加再次出现，直扑宇宙开发中心复仇。千鹤与沙耶香在资料室寻找艾勃隆资料时被困。
危难中，千鹤展现出惊人的坚强，她鼓励绝望的沙耶香：“不要放弃，因为有胜利队在！” 她的语气像极了崛井平时的坚定。
GUtS紧急出动。崛井与良介联手赶制出能扰乱艾勃隆细胞的催化剂。
大古和崛井地面救援，丽娜和新城负责攻击。崛井冲进资料室，救出千鹤和沙耶香。
千鹤为保护崛井被倒塌的架子压住腿，崛井拼命救援，两人在生死关头相互鼓励，情感在危机中升华。
外面，迪迦奥特曼与阿基雷斯奥特曼联手对抗梅塔莫尔加。尽管催化剂初期效果不佳，但两位光之巨人最终合力将其消灭。
内部，崛井背起受伤的千鹤，与沙耶香在坍塌的建筑中艰难逃生。面对绝境，千鹤和崛井的永不放弃的精神感染了沙耶香。
最后时刻，怪兽爆炸的碎片把宇宙中心的一角砸了下来，崛井为保护千鹤被砸晕，但手仍紧紧握着她的手。
数月后，千鹤康复。崛井和千鹤举行了婚礼，千鹤终于完全理解了崛井的责任与信念。婚礼上，两人脸上洋溢着幸福。
江崎博士看着女儿结婚泪流满面。
随着艾勃隆相关研究的全面终止和d机关的解散，这场因人类妄图掌控生命而引发的灾难告一段落。
正如崛井在婚礼上所言：“人类心中有黑暗，但更有光明。只要我们坚持不放弃，珍惜最珍贵的东西——比如生命、爱与责任，就一定能创造出更美好的未来。”
不久后，tpc月球表面基地“卡罗基地”在哥白尼环形山附近发现了一处于假死状态的巨大外星卵体。
在回收研究过程中，该卵体悄然孵化，其本体——双子怪兽梅珠朗——展现出惊人的拟态能力。它首先与卡罗基地的副队长岸永调包，并暗中破坏了基地的生命维持系统，制造混乱。
更可怕的是，梅珠朗将察觉异常的卡罗基地队长疾风封闭在一个特殊的茧中，并将其抛射向地球。
与此同时，梅珠朗的另一个个体潜入地球tpc总部，相继将泽井总监、兰原参谋、吉冈局长乃至居间惠队长替换！tpc高层几乎被完全渗透，危机一触即发。
幸运的是，大家凭借对居间惠队长的熟悉，察觉到了“假队长”的细微异常。
他们果断行动，大古和丽娜秘密前往宇宙，成功在疾风队长的逃生舱坠毁前将其救回，并安全返回基地。
真正的疾风队长归来后，立刻识破了梅珠朗的阴谋。假扮成岸永副队的梅珠朗个体见事情败露，企图抢夺先进的胜利飞燕Ex-J号逃离月球基地。
“别想逃。”大古和正木敬吾几乎同时行动。光芒闪耀中，迪迦奥特曼与阿基雷斯奥特曼现身，联手对试图起飞的Ex-J号发动精准攻击，迫使其坠毁在月球表面。
轰隆！Ex-J号的残骸中，梅珠朗的本体巨大化出现。它最初呈现双头连体的恐怖形态，从身体正中的结合部发射出密集的光弹，并试图用巨大的身躯夹击敌人，释放强力电击。
“攻击它的结合部！”疾风队长驾驶着赶来的胜利飞燕二号，敏锐地发现了弱点。一道德克萨斯光束精准命中梅珠朗的身体中央！
“嘶啦——！”伴随着刺耳的撕裂声，梅珠朗被硬生生分离成两个独立的个体：一个银色，一个金色！
分离后的梅珠朗个体实力减弱，但依旧凶悍。银色个体扑向迪迦，金色个体则找上了阿基雷斯，疾风队长驾驶飞燕二号从旁策应。
“哼，正好拿你们检验特训成果！”迪迦面对银色梅珠朗的猛攻，灵活运用苏小蕊教导的格斗技巧，以巧破力，抓住破绽，一记强有力的手刀将其劈翻在地。
另一边，阿基雷斯将速度优势发挥到极致，金色梅珠朗的攻击全部落空。“太慢了！”正木敬吾冷喝一声，阿基雷斯化作蓝色闪电，一连串迅捷无比的攻击打得金色梅珠朗毫无还手之力。
疾风队长看准时机，飞燕二号的炮火完美配合两位巨人的攻击，彻底封锁了梅珠朗的退路。
“结束了！”迪迦与阿基雷斯同时积蓄能量。迪迦的哉佩利敖光线与阿基雷斯的阿基雷斯冲击光束交汇，形成一道无比壮观的合体光流，瞬间吞噬了两个梅珠朗个体！
剧烈的爆炸中，这对从月球来的寄生双子怪兽被彻底消灭。
危机解除，所有被替换的tpc高层均获救。此次事件给tpc敲响了警钟，对外星生命的接触和安保又又又进行了彻底升级。
但苏小蕊心中想着，没用哒，你们该被伪装还是会被伪装的。
疾风队长也正式归队，增强了tpc的宇宙防卫力量。