崇祯十七年五月二十八日，北京皇宫文华殿内，气氛比往日更为凝重。王巢端坐于摄政席位上，案前堆放着厚厚的卷宗，每一本卷宗都记录着明朝旧臣的任职履历与财产明细。他手指轻叩卷宗，目光扫过殿内的文武百官，沉声道：“大明亡于流寇，更亡于吏治腐败。若官员皆以权谋私、欺压百姓，纵使有百万大军，也难挡亡国之祸。今日起，北京城内全面整顿吏治，凡贪腐者、无能者，一律严惩不贷！”
话音落下，殿内鸦雀无声。左侧列阵的明朝旧臣们无不面露紧张——他们中不少人在崇祯朝便有贪墨之举，如今王巢要整顿吏治，生怕自己被揪出把柄。曾任顺天府尹的刘良佐，手心更是冒出冷汗，他想起自己三年前曾收受商户白银五千两，包庇其偷税漏税的罪行，此刻正暗自祈祷不要被翻出旧账。
王巢早已看穿众臣的心思，当即下令：“传我命令，成立‘吏治清查司’，由曾任御史的钱龙锡担任司长，抽调二十名清廉正直的官员与五百名护卫队士兵，负责清查北京城内所有在职官员的贪腐情况。清查范围包括：官员家产与俸禄是否匹配、是否存在欺压百姓、是否有收受贿赂等行为，凡查实有贪腐者，一律革职查办，没收全部财产；情节严重者，处以流放或死刑！”
钱龙锡当即出列领命：“臣定当尽心竭力，清查贪腐，绝不姑息！”
次日清晨，吏治清查司的官员便带着护卫队士兵，分头前往各衙门调取官员的任职记录与账目。在顺天府衙，官员们翻开库房账目时，发现许多收支记录模糊不清，尤其是去年的粮税征收账目，竟有三万石粮食去向不明。“刘大人，这三万石粮食为何没有入库记录？”清查司官员拿着账目，质问顺天府尹刘良佐。
刘良佐脸色发白，强装镇定：“去年遭遇蝗灾，部分粮食在运输途中受损，故未入库。”
“受损的粮食可有官府出具的损耗证明？为何账目上没有任何标注？”清查司官员追问。刘良佐支支吾吾，无法回答。官员当即下令搜查刘良佐的府邸，结果在其书房的暗格里，搜出白银八万两、绸缎两百匹，还有十多份百姓的地契——这些地契，都是刘良佐以低价强买百姓的耕地所得。
铁证如山，刘良佐再也无法抵赖，只能跪地求饶。清查司官员当即下令将其逮捕，并张贴告示，公布其贪腐罪行。百姓们得知刘良佐被抓，纷纷拍手称快，有的还提着烂菜叶、鸡蛋，来到衙门前咒骂这个欺压百姓的贪官。
类似的场景，在北京各衙门不断上演。仅三日时间，吏治清查司便查处贪腐官员三十余人，其中包括两名六部侍郎、五名知府，共没收白银五十余万两、粮食十万石，以及大量的房产与地契。这些被没收的财产，一部分用于补充军饷，一部分则发放给贫困百姓，百姓们对王巢的整顿吏治之举，愈发拥护。
但清查贪腐只是第一步，如何防止官员再次贪腐，才是长久之策。六月初五，王巢再次召开朝会，宣布设立“监察院”，由钱龙锡兼任监察院左都御史，负责监督全国官员的行为。监察院的官员直接对王巢负责，可随时弹劾贪腐、无能的官员，不受其他衙门干涉；同时，王巢还下令在各州县设立“百姓举报箱”，鼓励百姓举报官员的不法行为，凡举报属实者，给予白银五十两至五百两的奖励；若举报者遭到官员报复，监察院将严惩报复者。
在通州，一名叫王二的百姓，因不满州官张某克扣赈灾粮款，便写下举报信，投入举报箱。监察院官员接到举报后，立刻前往通州调查，发现张某果然将朝廷发放的两万石赈灾粮，私自克扣一万石，转卖给粮商牟利。张某被革职查办后，王二不仅获得了五百两白银的奖励，还受邀参加通州的吏治监督会议，成为百姓代表。“监国大人设立举报箱，让我们百姓也能监督官员，这真是为民做主啊！”王二拿着奖励的白银，激动地对街坊邻居说道。
除了清查贪腐与设立监察院，王巢还推行官员考核制度，以政绩作为官员升迁的主要标准。他下令，每半年对全国官员进行一次考核，考核内容包括：政务处理效率、百姓满意度、农业生产恢复情况、税收完成情况等。考核优秀者，优先升迁；考核不合格者，降职或罢免；连续两次考核不合格者，永久不得为官。
在房山县，县令周文斌便是考核优秀的典型。自均田政策推行以来，周文斌亲自深入田间地头，帮助百姓解决耕种难题，还组织工匠修建水渠，解决了当地的灌溉问题。在六月的考核中，房山县的百姓满意度高达九成，农业生产恢复速度也位居北京周边州县之首。王巢当即下令，将周文斌升任顺天府丞，并在朝会上公开表彰，号召其他官员向他学习。
周文斌的升迁，让许多官员看到了希望。原本敷衍了事的官员，如今也开始认真处理政务，主动走访百姓，北京的官场风气逐渐焕然一新。在户部，官员们不再拖延粮草调配，原本需要十日才能完成的粮草调拨，如今三日便可完成；在工部，官员们加快了房屋修缮进度，北京城内受损的百姓房屋，不到一个月便修缮完毕；在刑部，官员们严格按照律法审理案件，杜绝了冤假错案的发生。
吏治整顿的成效，很快便体现在政务处理效率上。六月中旬，北京周边遭遇暴雨，部分州县的农田被淹，百姓们纷纷向官府求助。接到消息后，王巢下令户部调拨粮食、工部组织救灾，监察院监督救灾进度。各衙门官员迅速行动，户部在一日内便调拨三万石粮食运往灾区，工部组织五千名工匠与士兵，前往灾区抢修堤坝、排水救灾，监察院官员则驻守灾区，确保救灾物资全部发放到百姓手中。
在通州灾区，百姓们看着官兵们冒雨抢修堤坝，感动得热泪盈眶。一名老农拉着工部官员的手说道：“以前遇到灾害，官员们只会催缴赋税，哪会像现在这样，冒着大雨帮我们救灾？监国大人整顿吏治，真是救了我们百姓啊！”
到六月底，北京的吏治整顿已初见成效。据监察院统计，北京城内的官员贪腐案件较之前减少了九成，百姓对官员的满意度从不足三成提升至八成，政务处理效率提升了两倍。许多明朝旧臣也彻底改变了对王巢的看法，曾任内阁大学士的周道登说道：“监国大人整顿吏治，清除腐弊，实乃大明之幸。有如此贤明的摄政，何愁大明不能复兴？”
王巢深知，吏治整顿并非一蹴而就，还需长期坚持。七月初一，他下令将北京的吏治整顿经验推广至山东、河北等地，并颁布《官员行为准则》，明确规定官员不得收受贿赂、不得欺压百姓、不得滥用职权等十条禁令，凡违反禁令者，一律从严查处。
在推广吏治整顿的同时，王巢还注重选拔年轻有为的官员。他下令在全国范围内举行科举考试，选拔有才能、有品德的读书人入朝为官，同时鼓励北伐军将领中的优秀人才转任地方官员，充实官员队伍。这些新选拔的官员，大多清廉正直、积极有为，为官场注入了新的活力。
七月初五，王巢在文华殿召见了新选拔的五十名官员。他看着这些年轻的面孔，语重心长地说道：“你们是大明的未来，也是百姓的希望。为官者，当以百姓为重，以社稷为重，不可有丝毫贪腐之心。若你们能坚守初心，好好为官，日后定能成为大明的栋梁之材。”
新官员们齐声应道：“臣等定当谨记监国大人教诲，清廉为官，为民做主！”
夕阳下，王巢站在文华殿的窗前，望着窗外逐渐恢复繁华的北京。吏治整顿虽已取得成效，但他知道，这只是复兴大明的第一步。接下来，他还要面对山海关外的清军、西逃的李自成，还有全国范围内的民生恢复与经济发展。但只要官场清明、官员勤政，百姓安居乐业，他便有信心带领大明走出困境，走向复兴。
此时，亲卫统领前来禀报：“监国大人，山海关方向传来急报，清军已与吴三桂合兵一处，共十五万人，正向山海关进发，似乎有入关之意。”
王巢的目光瞬间变得锐利：“传我命令，令吴甡与张勇加强山海关防务，备好粮草与武器；令李虎加快追击李自成的进度，若无法短期内剿灭，便暂时回师，增援山海关。清军若敢入关，定要让他们有来无回！”
“遵监国大人令！”亲卫统领躬身应道，转身离去。
王巢走到案前，翻开山海关的军事舆图。他知道，一场决定大明命运的大战即将打响，而清明的吏治、高效的政务，便是他打赢这场大战的底气。只要上下一心，官民同心，纵使清军来势汹汹，他也有信心将其挡在关外，为大明的复兴赢得更多时间。