烟尘尚未散尽，两道金色的光膜便从废墟中浮现——御神言与渚薰各自展开At立场，将爆炸的冲击与火焰牢牢隔绝在外。两人站在立场中央，衣衫虽有些凌乱，却毫发无伤。渚薰看着周围的废墟，赤红色的瞳孔里闪过一丝了然；御神言则皱紧眉头，目光锐利地扫过废墟，显然在思索爆炸的来源。
几乎是同一时间，NERV指挥室的警报声疯狂响起，mAGI系统的红色警示灯将整个房间映得通红。“紧急警报！探测到蓝色使徒信号！”操作员的声音带着颤抖，“不是一个，是两个！信号源都在总部内部，就在……御神司令的办公室区域！”
“什么？！”葛城美里猛地站起身，双手按在控制台上，“立刻确认信号真实性！通知所有驾驶员前往格纳库待命！”
碇真嗣刚走到明日香的病房门口，就听到了警报声。他下意识看向病房里，只见明日香不知何时已经睁开了双眼，可那双曾经充满骄傲与活力的眼睛，此刻却空洞得像两潭死水，她躺在床上，一动不动，仿佛只是一具没有灵魂的空壳。
“明日香……”碇真嗣心头一紧，却也知道此刻不是停留的时候——使徒信号在总部爆发，他必须立刻驾驶初号机应对。他咬了咬牙，转身朝着格纳库狂奔而去。
走廊的另一端，绫波丽正站在爆炸区域的不远处，看着翻涌的浓烟。她的指尖微微颤抖，意识深处传来强烈的共鸣——那两个使徒信号中，一个带着她所厌恶排斥的气息，另一个则散发着亚当的波动。作为莉莉丝的灵魂容器，她清楚地知道，这场混乱绝非偶然。她没有像碇真嗣那样冲向格纳库，反而缓缓后退了一步——她不愿再像棋子一样，被李林（人类）随意摆布，这场关于使徒与补完计划的博弈，她需要自己做出选择。
而在NERV总部的地下通道里，三道身影正快速穿梭——轮回者琴欣、雾牙、绮力，每人手中都提着精密的仪器，仪器中央，正是散发着微弱红光的S2机关，旁边还连接着起爆装置。“按照计划，在双使徒信号吸引所有人注意力时，引爆S2机关，把NERV和使徒一起炸掉！”琴欣压低声音，眼神坚定，“绝不能让任何人阻碍我们的任务！”另外两人点头，加快脚步，朝着总部的核心区域——中央教条区移动。
废墟之上，御神言与渚薰的At立场依旧亮着。两人对视一眼，都从对方眼中看到了警惕。
“看来，有人不想让我们好好谈话。”渚薰轻轻开口，语气里带着一丝嘲讽，“两个使徒信号……是想让NERV把我们都当成敌人吗？”
御神言攥紧的拳头泛出青筋，脑海里飞速闪过各种线索——爆炸精准针对他与渚薰，双使徒信号刻意锁定他们的位置……所有巧合串联起来，指向一个答案：是碇源堂，那个老狐狸竟然和来历不明的轮回者合作了。“为了他的‘计划’，连这种不稳定的势力都敢用，真是老糊涂了。”他在心里冷嗤，眼神愈发冰冷。
“看来，我的计划也要提前了。”渚薰的声音打破沉默，赤红色的瞳孔里褪去了往日的温柔，多了几分决绝，“既然李林已经做出了选择，那我也该履行自己的使命了。”
就在这时，地面传来剧烈的震动，初号机的巨大身影冲破烟尘，稳稳落在废墟旁。碇真嗣坐在驾驶舱里，看着前方悬浮在半空中的御神言与渚薰，又扫过一片狼藉的火海，眉头紧紧皱起。他对着通讯器沉声汇报：“指挥室，现场没有发现使徒踪迹，只有……御神司令和渚薰。”
话出口的瞬间，他心里已经有了可怕的猜想——mAGI探测到的双使徒信号，总部的爆炸，还有两人此刻异常的状态……可他不敢承认，也不愿意承认。渚薰是刚认识却意外合拍的同伴，御神言是一直坐镇NERV的司令，他们怎么可能是使徒？这种猜想像针一样扎在他心上，让他既恐慌又抗拒。
“真嗣，你面前的两个人，就是使徒。”碇源堂冰冷的声音从通讯器里传来，没有丝毫犹豫，“御神言的正体，是《死海文书》之外的番外使徒——空想天使；渚薰，则是第十七使徒自由天使塔布里斯。一旦让他们进入中央教条区，接触到里面的禁忌存在，全人类都会灭亡。”
“不可能！”碇真嗣几乎是嘶吼着反驳，“他们明明是人类！渚薰才刚来到总部，御神司令更是一直保护着NERV，怎么会是使徒？”
“是不是，由不得你质疑。”碇源堂的语气带着不容置喙的压迫感，“你的任务，就是消灭他们，保护人类。”
这句话像一把锤子，砸碎了碇真嗣最后的侥幸。他猛地想起对战子宫天使时，虚假绫波丽的质问——“如果和你朝夕相处的存在，也成了威胁，成了灭世的因素，你也会亲手杀了吗？”当时他迟疑了，可现在，这个问题竟以更残酷的方式摆在了他面前。
“为什么……”碇真嗣的声音带着颤抖，眼泪不受控制地涌出，“如果早知道会这样，我宁愿从来没有碰到过渚薰……”他看着屏幕上渚薰熟悉的脸，又想起御神言平日里的教导，心脏像被生生撕裂，“为什么偏偏是你们……”
他猛地抬头，目光死死锁定半空中的御神言，嘶吼着冲破通讯器：“这不可能！告诉我，这不是真的！御神言！”
话音落下的瞬间，初号机周身爆发出耀眼的金色光芒——At立场全开！巨大的立场以初号机为中心，如同无形的风暴，瞬间席卷整个废墟，将肆虐的火焰彻底熄灭，连空气中的烟尘都被强行驱散。
立场中央，碇真嗣的呼吸急促而沉重，他死死握着操纵杆，等待着一个否定的答案。可他心里清楚，从碇源堂开口的那一刻起，这场决裂，或许就已经无法避免。