就在美里一行人离开医院返回NERV总部的同时，在总部最深处，一个隔绝一切阳光与喧嚣的绝密会议室里，氛围却冰冷彻骨。
巨大的环形屏幕占据了整个墙面，每一块屏幕上都显示着一个模糊、扭曲的、如同墓碑拓印般的黑色人影轮廓，正是SEELE的成员们。他们沉默着，无形的压力几乎让空气凝固。
碇源堂端坐在会议桌的主位，双手交叉置于桌前，他那副反光的眼镜完美地遮蔽了眼神，脸上是一如既往的、毫无波澜的冷漠。
最终，正中央那块屏幕上的黑影发出了经过处理的、毫无感情起伏的电子合成音，打破了死寂：
[碇源堂。] 声音在空旷的会议室里回荡， [我们对近期发生的一系列事件，表示极度失望。]
另一块屏幕上的黑影接口，声音同样冰冷：[EVA的作战接连受挫，甚至需要动用傀儡系统才能勉强应对。这完全不符合我们的预期。]
[更重要的是，] 第三个声音响起，带着不容置疑的质问， [那两个来历不明的‘光之巨人’。他们的存在已经严重干扰了剧本的进行。为何至今仍未有任何有效的分析或应对方案？你对此作何解释，碇源堂？]
碇源堂的身体微微前倾，声音平稳而低沉，听不出丝毫情绪波动：“诸位先生的指责，我理解。然而，无论是怪兽的新型攻击模式，还是光之巨人的出现，都属于计划外的变数，其技术层级与能量形式均超出我们现有数据库的认知范围。NERV已尽全力应对，并成功排除了眼前的威胁，保住了EVA系列与核心设施。数据的收集与分析正在进行，但这需要时间。”
[时间？] 中央的黑影声音提高了一丝，合成音里透出讥讽， [我们最缺乏的就是时间。你的‘尽力’似乎远远不够。人类补完计划马上就要实施了，任何不确定性都必须被排除。你让太多的变量干扰了神圣的进程。]
[尤其是那个红色的巨人，‘盖亚’，] 另一个成员补充道， [他的力量性质与我们追求的目标存在根本性的冲突。他的存在本身，就是对计划的亵渎与威胁。你必须给出解决方案。]
碇源堂沉默了片刻，镜片上闪过冰冷的光。他缓缓开口，语气依旧没有任何起伏，却带着一种不容置疑的笃定：“所有的变数，终将被纳入掌控。光之巨人的力量本质正在解析，其出现规律也将被摸清。至于EVA的最终阶段，‘弑神’的武器早已准备就绪。必要的‘钥匙’也在我掌控之中。”
他稍微停顿，加重了语气：“请诸位再给予一些耐心。最终的补完必将实现，所有阻碍都只会成为通往神圣仪式的垫脚石。我需要的，仅仅是最后一次机会，来证明这一切。”
会议室里陷入了更深的沉默，只有那些模糊的黑影在屏幕上无声地凝视着碇源堂，评估着他的话语。
良久，中央的黑影终于再次发声，合成音里带着最终通牒的意味：
[很好，碇源堂。我们就再给你这最后一次机会。]
[清除所有的干扰因素，无论是怪兽留下的隐患，还是那些不该存在的光。]
[确保剧本按照既定的轨迹运行。]
[不要再让我们失望。否则……你知道后果。]
话音落下，巨大的全息屏幕依次黯淡下去，最后一丝冰冷的红光也从会议室中抽离，只留下碇源堂独自坐在主位上，沉浸在近乎绝对的黑暗与寂静之中。他静坐了片刻，仿佛一尊凝固的雕像，然后才缓缓起身，整理了一下毫无褶皱的制服，面无表情地转身离开。厚重的隔音门在他身后无声滑闭，将他与会议室彻底隔绝。
然而，就在门合上的瞬间——
那十二面本已熄灭的屏幕，竟毫无征兆地再次同时亮起！猩红的眼睛标志如同滴血的伤口，灼烧着黑暗。只是这一次，屏幕上不再仅仅是冰冷的符号，隐约浮现出扭曲、模糊的人形轮廓，散发出远比之前更加阴冷、怨毒的气息。
【SEELE-01】的声音再次响起，却不再是那经过处理的、无机质的声音，而是充满了某种古老而狰狞的怒意，仿佛无数怨灵的低语汇聚而成： “他依然在玩弄他的小把戏！以为能瞒过我们的眼睛吗？！”
【SEELE-07】的声音如同毒蛇嘶鸣： “他以为他还能掌控一切？以为我们不知道他私下里那些关于‘弑神’的可笑准备？人类补完计划不容许任何个人意志的玷污！”
【SEELE-01】的声音如同最终审判，回荡在冰冷的空间中： “他真的以为我们会再给他一次机会浪费时间吗？NERV……这个组织本身，已经失去了存在的价值。它不再是执行计划的工具，而是变成了碇源堂个人野心的堡垒，一个必须被清除的障碍！”
“启动‘净化’程序。” 【SEELE-01】的声音不容置疑，“派遣‘清道夫’，目标：第三新东京市，NERV总部。不留任何活口，彻底抹除所有数据痕迹。我们要让碇源堂和他那可笑的玩具堡垒，一起化为灰烬！”
“同意。”
“同意。”
“……”
一连串冰冷的附议声响起。
【SEELE-01】最后补充，声音里带着一种残酷的期待： “同时，立刻启动b计划！让‘量产系列’苏醒！是时候让世人……不，是让那些自以为能反抗命运的蠢货们，见识一下真正的‘神之军队’是何等模样了！”
“为了真正的人类补完！”
十二面屏幕上的猩红眼睛骤然亮到极致，随即彻底熄灭。这一次，是真正的沉寂。
但在世界某个不为人知的角落，黑暗的深渊之中，九具巨大的白色人形——EVA量产机——渐渐苏醒。冰冷的插入栓被强行注入，没有驾驶员，只有被绝对命令控制的傀儡。
同时，数架没有任何标识的黑色飞行器，如同幽灵般从秘密基地悄然升空，朝着第三新东京市的方向高速潜行。它们的任务只有一个：彻底的“净化”。