话说大明万历年间，终南山中有个剑客，姓燕名赤霞，本是秦地人氏。此人生得虬髯环眼，虎背熊腰，自幼得异人传授，能飞剑取人首级于百里之外，更兼通晓符箓咒法，专一降妖除魔。因见世间浊气熏天，遂隐于终南深处结庐而居，终日与青松明月为伴。
这一日，燕赤霞采药归来，见山道上横着三具尸首，皆被剖心挖肝，死状凄惨。蹲身细察时，但见伤口处黑气萦绕，显是妖物所为。正自蹙眉，忽闻林中有啜泣之声，拨开荒草一看，却是个十五六岁的樵童缩在石隙间发抖。
燕赤霞声如洪钟：“小儿莫怕，可知这是何物作祟？”樵童战战兢兢道：“好教道长得知，近日山中出了个黑煞神，专掏人心肝。方才眼见它掳了张秀才往北去了...”燕赤霞掐指一算，勃然怒道：“孽畜安敢！”当即解下背上剑匣，取朱砂画符三道贴于樵童额前胸后，嘱咐道：“你且下山报官，待某前去诛妖。”
言罢纵身而起，但见一道青光掠地，人已跃出十丈开外。循着妖气追至北山坳，忽见黑风卷地，腥臭扑鼻。有个青面獠牙的怪物正按着个文弱书生，尖爪已将触及心口。燕赤霞大喝：“妖孽看剑！”剑匣中嗡鸣骤起，一柄秋水也似的长剑破空飞出，直取妖物后心。
那妖物竟十分了得，反手一拍格开剑锋，发出金铁交鸣之声。转身露出赤红双目，桀桀怪笑：“哪来的牛鼻子，敢坏本座好事？”燕赤霞更不答话，左手掐诀右手引剑，但见剑光分化如雨，将妖物罩在当中。斗得二十回合，妖物渐露败相，忽地喷出黑烟欲遁。燕赤霞早取铜镜照定，喝声：“疾！”镜中射出白光，黑烟顿时消散，现出原形——竟是只七尺长的黑毛恶猿。
恶猿伏地哀鸣：“上仙饶命！小畜本在峨眉修行，只因误食毒果迷了心性...”燕赤霞冷笑：“你腹中尚有三颗人心，也说是毒果么？”剑光一闪，猿首落地，腔子里滚出颗赤红妖丹。燕赤霞叹道：“可惜百年道行。”遂以真火焚化尸身，超度亡魂。
救下的书生名唤宁采臣，原是赴京赶考的举子。当下拜谢不已，燕赤霞见他正气凛然，邀至草庐歇脚。二人烹茶论道，竟十分投契。宁采臣说起此行要经郭北县，燕赤霞忽道：“巧矣，某正欲往金华府访友，可同行一程。”
次日途经荒山，忽遇暴雨倾盆。见山腰有古寺一座，匾额上书“兰若寺”三字。进得殿中，但见蛛网密布，神像剥落，唯偏殿似有人迹。推门一看，有个白面书生正在榻上读书，自称姓夏侯，亦是避雨之人。
夜深雨急，忽闻女子哭泣声。夏侯书生坐立不安，循声而出。燕赤霞蹙眉道：“此间妖气甚重，宁兄切莫妄动。”话音未落，东厢忽传来夏侯惊叫。二人赶去时，但见夏侯瘫软在地，窗外有个白衣女子飘然而逝。燕赤霞掷出符纸，空中爆起团绿火，传来凄厉惨呼。
宁采臣颤声道：“莫非是鬼物？”燕赤霞冷笑：“比鬼更毒——是画皮妖！”说着掀开夏侯衣襟，心口已现出青黑手印。当即取银针封住七窍，画符烧灰灌下。五更时分，夏侯呕出黑血数升，方才醒转。
原来昨夜有妙龄女子叩门，自称被恶人追捕。夏侯见她衣衫尽湿，心生怜惜让进屋内。不料宽衣时忽见其面皮脱落，竟是个青面獠牙的恶鬼！燕赤霞叹道：“画皮妖最善幻化美人，专掏负心人之心。阁下可是有亏心事？”夏侯面如死灰，良久才道：“三年前曾辜负一青楼女子，致其投缳自尽...”燕赤霞摇头：“冤孽，此妖必是其怨气所化。”
天明雨住，三人正要离去，忽闻钟鼓齐鸣。出殿一看，但见寺中焕然一新，香客如织，哪有半分荒废模样？有个老僧迎上前来：“贵客光临，敝寺蓬荜生辉。”燕赤霞瞳孔骤缩，暗扯二人衣袖：“闭眼莫看，这是百鬼幻术！”
宁采臣慌忙闭目，再睁眼时仍处破庙之中，哪有什么香客僧侣？唯见燕赤霞剑指老僧，喝问：“树妖姥姥何在？”老僧怪笑一声，身形暴涨，化作三丈高的夜叉，赤发蓝肤，手持钢叉杀来。燕赤霞飞剑迎战，斗得飞沙走石。正酣战时，地底突现巨藤，将宁采臣、夏侯卷入地下。
燕赤霞怒极，咬破舌尖喷血于剑，喝道：“天地无极，乾坤借法！”剑光大盛，斩断夜叉左臂。妖物哀嚎遁地，燕赤霞跺脚念咒，地面开裂，现出巨大洞窟。纵身跃入，但见地下别有洞天：虬根盘结如宫殿，处处悬着人皮灯笼。有个阴阳怪气的声音笑道：“燕赤霞，老身等你多时了！”
妖窟深处坐着个半男半女的老妖，面若枯树，发如藤蔓。左右列着无数艳鬼，正是昨夜所见画皮妖。树妖尖笑：“这两个书生好纯的阳气，待老身吸了精气，必能功力大增！”燕赤霞冷笑：“只怕你无福消受！”剑匣骤开，飞出七十二把金钱剑，布下天罡伏魔阵。
群鬼扑来，被剑阵绞得粉碎。树妖怒吼，万千根须破土而出。燕赤霞且战且退，忽瞥见宁采臣怀中掉出本《孟子》，灵机一动，喝道：“宁兄快诵浩然篇！”宁采臣忙拾书朗朗诵读。但见字字化作金光，根须触之即燃。树妖惨叫：“酸儒坏我好事！”燕赤霞趁机掷出轩辕神剑，贯穿妖心。
妖窟崩塌之际，燕赤霞救出二人。回看古寺，已陷地底不复存焉。夏侯经此一劫，决意出家修行。宁采臣则叹道：“若非燕兄，吾命休矣！”燕赤霞道：“世道纷乱，妖孽横行。某观宁兄身怀正气，他日必为栋梁之材。”
三人行至金华地界，忽见城外贴着海捕文书。宁采臣惊道：“这不是慈航道长么？”原来有妖人假冒高僧，以祈福为名掳掠童男童女。燕赤霞细看图形，勃然变色：“哪是什么慈航，分明是蜈蚣精幻化！”
当下直奔府衙，知府却嗤之以鼻：“慈航圣僧乃护国法丈，岂容污蔑？”燕赤霞冷笑：“待某取来证见！”夜探慈航禅寺，果见妖气冲天。殿中供奉的并非佛祖，而是只三眼六臂的妖神像。地窖里锁着百余童子，皆被妖法迷魂。
正欲解救，忽闻钟响，忙隐身梁上。但见“慈航”率众僧入殿，脱下人皮后，竟是丈长蜈蚣精！群妖正要分食童子，燕赤霞怒不可遏，现身高喝：“孽畜受死！”轩辕剑出鞘，斩落两个妖僧首级。
蜈蚣精现出原形，百足如刀，毒雾喷涌。燕赤霞祭出法宝“日月乾坤镜”，金光过处毒雾尽散。恶战至天明，燕赤霞终以血咒引天雷，将蜈蚣精劈得焦黑。不料妖物临死反扑，毒颚刺入燕赤霞肩头。
待官兵赶到，寺中只余满地蜈蚣尸首。知府伏地请罪，燕赤霞却毒发昏迷。宁采臣延医诊治，皆摇头道：“此乃千年妖毒，非药石能医。”正当绝望时，有个游方道人登门，观其面相惊道：“可是终南剑侠燕赤霞？贫道师祖曾受他大恩！”当即取金针逼毒，又遣药童往昆仑求取雪莲。
七七四十九日，燕赤霞方醒。见宁采臣衣不解带在旁照料，叹道：“某纵横半生，未尝欠人情谊。今蒙宁兄再造之恩，当以薄技相报。”遂传其护身咒法，赠辟邪符三卷。宁采臣泣别赴考，后来果然高中进士，官至礼部侍郎，一生正气凛然，此是后话。
燕赤霞养好伤后，继续云游四方。这日行至山西地界，见某村户户挂白，悲声不绝。问之，方知有蛇妖作祟，每月要献童女一人。今当祭期，村人正欲将族长之女投入深潭。
燕赤霞至潭边观瞧，但见黑水翻涌，妖气弥空。对村民道：“某愿代女童入水诛妖。”众人将信将疑，见他气势非凡，只得应允。燕赤霞负剑跃入寒潭，直下百丈，果见水晶宫殿。有个白面书生迎出，笑道：“本王乃泾河龙君，道长何故犯我境界？”
燕赤霞冷笑：“区区蛇妖也敢妄称龙君？”挥剑便斩。妖王现出原形，竟是条独角巨蟒。激斗间忽有巡天夜经过，见状惊道：“此妖乃天庭逃犯，有劳道长擒拿！”遂借雷部正神相助，布下九霄神雷阵。霹雳声声，妖蟒伏诛。
村民感念恩德，欲立长生牌位。燕赤霞婉拒道：“斩妖除魔乃份内事。”连夜飘然而去。行至华山脚下，忽闻幽咽箫声。循声觅去，见个青衣女子对月吹箫，身旁躺着个黄衣书生，已然气绝。
女子泣道：“奴本洞庭龙女，因违天规被贬凡间。与书生柳毅相恋，触怒泾河龙王，遣夜叉害他性命...”燕赤霞查验尸身，摇头道：“魂魄未散，尚有救法。”遂设招魂阵，以还阳符聚魂。五更时分，书生果然转醒。
龙女大喜，却面露忧色：“龙王必不肯干休。”燕赤霞道：“某愿往洞庭说情。”至洞庭水府，呈上书信。龙王阅罢叹道：“非是老朽无情，实是天规难违。”正争执时，忽有天使传旨：“玉帝念龙女诚心悔过，特许还归仙班，与柳毅结三世姻缘。”原来燕赤霞早年所救药童，竟是太白金星化身，特来报恩。
诸事已了，燕赤霞重返终南。忽闻故人讯息：夏侯和尚因度化厉鬼，圆寂后肉身不腐，被封为护法罗汉；宁采臣官场清明，人称“铁面侍郎”；柳毅与龙女隐居西湖，白头偕老。
这夜明月当空，燕赤霞独坐峰顶抚剑而歌：“人间多少不平事，尽付青锋三尺剑。妖魔邪祟终有报，浩然正气天地间！”歌声激越，惊起宿鸟纷飞。
忽见东北方黑气冲霄，掐指一算，原来是长白山参精作祟。此妖已历千年劫数，能呼风唤雨，更炼就七具化身。燕赤霞长笑道：“穷尽此生，誓扫天下妖氛！”遂负剑东去，又踏征程。
正是：剑光耀彻九重天，法咒惊退八方魔。世上若无执剑客，妖氛哪得岁岁减？