清乾隆年间，江南吴县有个叫陈梦鲤的寒门书生，家住太湖畔。此人年方廿二，生得眉目清朗，却因家道中落，只在镇上学堂当个启蒙先生度日。家中最珍贵的，是一方祖传的松烟墨，黑中透紫，据说乃是前朝制墨名家程君房所制，历代不舍得用，传至陈梦鲤已是第七代。
这年梅雨季节，湖水暴涨，陈梦鲤家中老屋墙塌了一角。修缮时，竟从墙洞中落出个铁函来，打开一看，是卷用油布裹着的古籍，书名《墨林拾遗》，乃陈家先祖所着。书中除了记载制墨秘法，还夹着张泛黄绢图，绘着太湖七十二峰，其中西山缥缈峰处标有个朱红小字：“墨精藏处”。
七月初七，学堂放假，陈梦鲤忽发奇想，携书泛舟往西山去。那日湖上忽起大雾，小舟迷失方向，漂至一处从未见过的水湾。但见岸旁老梅成林，中有茅舍数楹。陈梦鲤系舟登岸，见一白发老妪正在檐下捣练，便上前问路。
老妪自称梅婆，独居在此制墨为生。见陈梦鲤怀中《墨林拾遗》，讶然道：“此乃先师遗着，君从何得之？”原来梅婆之师正是陈家先祖的制墨弟子。陈梦鲤说明来历，梅婆叹道：“既是师祖后人，请随我来。”引他至屋后墨棚，指着一窑新墨道：“老身近日得古法，制得‘如意墨’数锭，可随人心意幻化形态，君可试之。”
陈梦鲤取墨研磨，心中想着近日学堂孩童苦无趣味读本，那墨汁在砚中竟自行幻化成小人形状，演绎《论语》故事。梅婆笑道：“此墨通灵，然需以心血养之。君既得师祖真传，老身便将这‘七十二神墨法’传授予你。”遂留陈梦鲤住下，悉心教授制墨秘术。
一月后，陈梦鲤学成归家，按古法重开墨灶。说也奇怪，他所制墨锭不仅清香四溢，更奇的是写字作画时，墨迹竟能随人心意微微流动。他为学堂绘的《九九消寒图》，梅花瓣竟能随气温变化开合；写的书法条幅，字迹会在夜间微微发光。此事渐传渐远，人称“灵墨陈生”。
这年冬至，苏州知府举办雅集，陈梦鲤应邀前往。席间有个京城来的翰林学士，出示半块残墨，号称是南唐李廷珪真迹，难住了在场众多鉴墨行家。陈梦鲤被推上前鉴定，他取残墨研磨，忽见墨汁中隐现“建隆二年”字样，便断定是真品。更奇的是，当他用自家墨在旁作对比时，两块墨汁竟在纸上相融，幻出龙凤呈祥图案。翰林大惊，连称“神技”。
雅集后，陈梦鲤名声大噪。一日深夜，他正在研制新墨，忽闻敲门声。开门见是个蒙面女子，递上一封密信即匆匆离去。信中约他三日后子时，独往石公山墨禅洞相见，落款处画着个梅花印记。
陈梦鲤依约前往，洞中早有个白衣女子等候。女子自称墨娥，乃制墨世家传人，出示半部《墨林拾遗》下册。原来陈家祖传的只是上册，下册专记载“神墨通灵”之法。墨娥道：“近日江湖出现‘墨妖’，用妖墨伪造名画，欲嫁祸于我墨家。妾闻君得梅婆真传，特来相求，共制‘辨邪墨’以破奸计。”
陈梦鲤细观下册，果然载有辨邪墨制法，需取太湖心水、冬至梅花露、以及制墨人三滴心血。二人遂在洞中设灶，七日不眠不休，终成墨锭。试用时，那墨写在纸上，遇伪作即变灰黑，遇真迹则显金黄。
正当此时，忽闻洞外喧哗，苏州知府带衙役冲入，厉声道：“果然在此私制妖墨！”原来近日多幅名画被盗，现场皆留有用特殊墨汁写的狂诗。陈梦鲤方知中计，那墨娥竟是假扮，下册亦为伪造，真墨娥早已被囚。
公堂之上，知府出示所谓证物——数锭刻有“陈记”的墨锭。陈梦鲤有口难辩，被收监候审。狱中，他取贴身藏着的真如意墨，磨汁画鼠。墨鼠竟活了过来，循墙钻出。三日后，真墨娥果然被救出，连夜击鼓鸣冤。
原来真墨娥乃梅婆侄女，近日发现有人假冒墨家之名制售伪墨，暗中调查反被囚禁。她出示真正下册，书中记载的“还原墨”可令篡改的书画恢复原貌。知府半信半疑，命取来查获的赃物试验。墨汁涂处，一批所谓“古画”竟显出今人题款，果然都是伪作。
案情大白，知府释放陈梦鲤，发海捕文书缉拿真凶。陈梦鲤与墨娥联手，按下册古法制成“追踪墨”，书于嫌犯旧物上，墨迹自指方向。不出半月，竟在嘉兴擒获主犯，原是某个遭墨家除名的逆徒。
风波过后，陈梦鲤与墨娥情愫日深。二人合资在胥口开“墨缘斋”，专研古墨。这年乾隆南巡至苏州，偶访墨斋，见二人所制“七彩璇玑墨”，惊为天物。御笔亲题“墨魁”匾额，并命贡七十二锭如意墨入京。
谁知贡墨入京后，突发异变。原来逆徒在狱中买通差人，在墨料中混入毒粉。御用时有大臣中毒，龙颜大怒，下旨查封墨缘斋。陈墨二人再度入狱，这次案情重大，竟被判秋后问斩。
危急时刻，梅婆突然现身京城，击登闻鼓呈上血书。原来她查出毒粉乃西域奇毒“相思子”，与墨性相克，入墨三日必显红丝。开验库存墨料，果然见毒墨中隐现红纹。乾隆命三司会审，终证二人清白。
经此大难，陈梦鲤悟出“墨如其人”之理，与墨娥归隐西山，精研“立德墨”。此墨最奇，心术不正者研之出臭，仁人君子研之生香。二人晚年着《墨心说》，开篇即道：“制墨如修身，烟细胶清犹在次，第一须是心端正。”
三十年后，有盗夜入西山草堂，见案上墨锭光华灿灿，欲窃之。忽闻堂中墨香大作，历朝制墨先贤影像自墨中显形，齐声呵斥。盗骇极而遁，次日自首于官衙，从此洗心革面。
陈梦鲤墨娥夫妇皆享高寿，无疾而终。后人整理遗物，见那方祖传松烟墨竟自行裂开，中空处露出一卷帛书，乃先祖手迹：“墨通天地，心正为法；墨缘一世，心传千载。”自此吴门陈氏制墨术代代相传，尤重德操，“墨如其人”成为行规。
有诗证曰：
松烟万杵炼玄霜，一点灵犀透纸光。
莫道墨池惟黑色，此中清浊自分明。
至今太湖西山仍有人家制墨，尤以“梦娥墨”为贵，相传即按陈墨二人秘法所制。月夜泛舟湖上，时闻墨香自远山来，老人言此乃墨精感应，在择心正之人传其绝艺呢。