混沌初开时，清浊分天地。东极神洲有嵯峨山脉，名曰“云梦大荒”，其主峰接天处，时有紫气盘旋，传闻乃古仙辟府之地。山麓有村名“栖霞”，民风淳朴，多以采药狩兽为生。
村中有少年李寒，字凝云，年方十六，父母早亡，独居茅屋。其性沉静寡言，常于破晓登绝壁，观云海吐纳。这日寅时，寒携药篓入深山，欲采百年灵芝为邻家病童续命。行至黑风涧，忽见崖壁隐现幽光，攀藤查看，竟是一处被古藤遮掩的洞府。石门刻篆文：“玄穹洞天，非缘勿入”。
寒心生好奇，以碎石击门，竟触机关。石门轰然中开，内有明珠照路。深行百步，忽见阔大石室，中央玉台端坐骸骨，身着星纹道袍，指套青铜扳指。壁上有剑痕纵横，似记载某种功法。寒恭敬三叩首，那骸骨手中忽落下一卷玉简，展开观之，乃《九转剑魄经》，末页朱批：“余乃天剑真人，遭奸人所害兵解于此，有缘者当承吾道统”。
正惊异间，扳指忽化流光没入眉心。寒只觉神魂剧震，昏厥前见那骸骨化作星尘，石门自闭。再醒时，洞中已过三日，体外排出腥臭污垢，双目竟能夜视。依经书所言，方知已引气入体，正式踏上修仙之途。
寒归村后，白日仍作采药郎，夜则依经修炼。三月后气贯周天，能御风而行。某夜练剑时，剑气误触祖传药锄，锄柄裂而现匕首，鞘上铭文：“青冥”。此匕锋利异常，更奇的是能与丹田剑气共鸣。寒方知祖上亦非凡俗，遂更坚定道心。
次年春，云梦大荒忽现异宝霞光，引各方修士前来。有黑云谷邪修欲以童男童女祭炼法宝，寒仗剑阻之，苦战时青冥匕突发长鸣，引九天雷煞诛灭妖人。此举惊动途经的玉虚宫长老清微真人，见寒根骨清奇却野路修行，遂赠《基础要诀》并指点：“欲求大道，当入仙门”。
寒决意寻仙，辞别乡邻西行。穿越瘴林时救下被毒蟒围攻的商队，得赠荒漠地图。行至金沙漠，巧遇地脉喷发，误入上古战场遗址。在残破剑冢中，见万千古剑皆朝一柄断剑朝拜。寒以青冥匕试探，断剑竟化入匕身，匕刃延长三寸，浮现龙纹。剑冢震动间，有守冢战魂现身，寒以新得剑器苦战三日，终得战魂认可，授“燎原剑诀”。
出沙漠后至碧水城，闻听城中首富张员外重金聘修士除妖。寒揭榜入府，见小姐面罩黑气，院中海棠夜渗血露。寒以剑气逼出附体妖物，原是百年前被斩的狐妖残魂作祟。正要灭杀时，狐魂泣诉乃为报灭族之仇，出示记忆灵珠，显现有修士冒充张府先祖屠戮狐族。寒心生怜悯，超度狐魂后暗查真相，终在祠堂密室发现修士留下的邪符，遂以雷法毁之。张员外感激涕零，赠先祖偶得的“须弥戒”，内有叁丈空间。
继续西行过伏龙山，见魔修驱使尸群围攻道观。寒助守观修士击退强敌，获赠疗伤圣药“九转还丹”。观主玄诚道人见寒剑意凛然却无师承，告知十年一度的“天罡问道会”将于重阳日在昆仑召开，天下散修皆可一试。
寒昼夜兼程赶赴昆仑，途中于古驿站救下被劫镖的镖师。镖头临死前托付紫檀匣，嘱交予昆仑玉衡长老。寒应诺，开匣检视时忽遭神秘人追杀，苦战不敌之际，匣中飞出一枚令牌震退强敌。寒方知此乃玉衡长老信物“天枢令”，牵扯一桩重大秘辛。
重阳日至昆仑，见万丈虹桥接引群修。寒持令见玉衡长老，竟被告知乃三百年前兵解的天枢星君转世。原来当年星君为护修真界，以元神封印域外天魔，残魂转生应劫。玉衡长老助寒开启部分前世记忆，得授“北斗剑阵”，但叮嘱：“魔胎已附当世枭雄，劫数再临汝当重执帅印”。
问道会上，寒连败七大派真传，却故意输给一小派弟子。此举感动隐世散仙忘忧子，暗赠《心剑秘要》。会后寒婉拒宗门招揽，决意以散修之身游历磨砺。
下昆仑入红尘，于酒肆闻听南疆有古修洞府现世。赶至迷雾沼泽，见各派修士争夺入口。寒趁乱潜入地宫，连破九重禁制，在主室见得坐化的古修遗蜕。正要取宝时，遗蜕忽然睁眼：“等的便是星君传人！”原是天魔分神诱杀之局。寒苦战不支，危机时青冥剑自动护主，与前世佩剑共鸣，双剑合璧斩灭魔念。得古修真正传承“八荒撼宇诀”，却因此触动天机，遭雷劫加身。
渡劫时方知自身乃“逆脉剑体”，每破一境需受九天雷煞洗炼。九死一生后，寒丹成九品，紫府内结剑形金丹。出关时忽感心血来潮，以先天神算推知黑云谷邪修卷土重来，正攻打故乡。
寒御剑千里驰援，见护村大阵将破。当即布下北斗剑阵，独战三大元婴邪修。恶斗中顿悟“心剑合一”，引动周天星辰之力，终全歼来敌。乡梓得保，寒却因力竭坠入村中古井。
井底竟有暗河，寒水流漂至地下溶洞，见壁画记载娲皇补天秘辛。壁顶嵌有五彩石，受寒剑魄感应而落，融入青冥剑。剑身化出五色霞光，寒亦得悟“补天剑意”。出洞后遇当年所救狐族后裔，得赠可趋吉避凶的“通明玉珏”。
此后十年，寒踏遍四极八荒。北极冰原斩恶蛟，得龙元淬体；西极火山收服离火之精，炼入剑窍；南海秘境解上古棋局，获《河洛阵图》；东海坊市赌石，切出太古剑胎。其间结识妖族公主、佛门禅子、魔宗圣女，共探多处遗迹，恩怨纠缠渐生。
某日寒正在天山悟剑，忽见天下修士齐聚昆仑。赶去方知天魔封印松动，修真界组建盟军。盟主竟是被魔胎附体的天衍宗宗主，寒当众揭穿其阴谋，却反被诬为魔头。正邪大战爆发，寒被围困于陨星崖。
血战中，寒红颜知己舍身挡劫，剑侍战魂俱灭，自身金丹亦裂。濒死之际悟通《九转剑魄经》终极奥义——剑魄不灭体。碎丹成婴时引动诸天星辰，方知前世早布后手，周天星斗皆为大阵节点。
寒以元婴催动北斗剑阵，与盟军中正道之士里应外合，终斩宗主肉身。魔胎现出原形，竟是域外天魔主分身。寒燃烧元婴祭起青冥剑，合前世今生剑道修为，终将魔主分身重新封印。然自身剑婴溃散，坠落归墟海眼。
众人皆悲恸时，海眼深处忽起五色霞光。寒竟借补天石重生，更得海眼中先天混沌之气重塑道基。出关时霞举飞升，却斩断仙门接引神光，立誓：“不离红尘，护此人间”。
终成一代地仙，开宗立派曰“剑魄阁”，收徒不论种族出身，只问向道之心。万年后凡间尚有传说：云深处有剑仙，御青冥神剑，护山河永安。