明朝成化年间，江南应天府有个叫陈允的秀才，虽出身书香门第，却因父母早逝家道中落，只在城南赁了两间旧屋栖身。这日正值腊月二十三祭灶，陈允从学馆归来，见左邻右舍都在备办年货，自家灶台却冷冷清清，不由叹道：“想我陈允苦读二十载，如今二十五岁仍功名未就，连祭灶的糖瓜都买不起，岂不惭愧！”正自嗟叹，忽听门外有人叩响竹扉。
开门看时，却是城中开绸缎铺的赵掌柜。这赵掌柜平素与陈允并无往来，今日却提着四色礼盒，满脸堆笑作揖道：“陈相公万福！年关将近，特备薄礼，聊表敬意。”陈允心中诧异，仍将人让进屋内。赵掌柜环顾四壁，见墙上挂着几幅字画，案头堆着经史子集，点头笑道：“早闻陈相公才高八斗，今日一见果然名不虚传。”说着从袖中取出一封红帖，“实不相瞒，老夫受人所托，特来与相公说媒。”
陈允愕然：“晚生家徒四壁，哪家肯将女儿许配？”赵掌柜笑道：“正是城西苏员外家的千金。那苏小姐年方二八，容貌秀丽，更难得的是通晓诗书。苏员外慕相公才名，愿招为东床。”陈允听得怔住——那苏家是应天府数一数二的富户，苏小姐更是有名的才女，多少官宦子弟求而不得，怎会看上自己这个穷秀才？
赵掌柜似看出他疑虑，压低声音道：“苏员外最重文才，前日在文庙见相公文章，赞叹不已。只是...”他略作迟疑，“员外有个条件，须相公入赘苏家。”见陈允面色微变，忙又道，“苏家愿出资供相公继续科考，若得功名，仍以正厅相待。”陈允沉吟不语。他虽清贫却心气甚高，本不愿入赘，转念想到多年困顿，若能得苏家相助，确可专心举业。思忖再三，终是应承下来。
婚事定在正月十六。这日苏府张灯结彩，宾客盈门。陈允穿着崭新吉服，与蒙着盖头的新娘拜过天地，恍如梦中。待送入洞房，挑开盖头，果见新娘子明眸皓齿，姿容绝丽。只是那苏小姐眉宇间似有忧色，见礼时也略显疏离。陈允只道女儿家害羞，并未多想。
次日清晨依礼奉茶，苏员外夫妇端坐堂上。陈允偷眼观瞧，见岳父约莫五十年纪，面容清癯，岳母徐娘半老，穿戴华贵。奉茶时苏员外温言勉励几句，苏夫人却只淡淡应了声。返回新房时，经过回廊忽听假山后有人私语：“...真真委屈了小姐...”另一人道：“噤声！姑爷过来了。”陈允心生疑窦，却不好追问。
转眼过了半月。这夜陈允在书房温书至三更，回房时见妻子对灯垂泪，忙问缘由。苏小姐拭泪道：“妾身有难言之隐，望相公恕罪。”在陈允再三追问下，方哽咽道出实情。原来她并非苏家亲生女儿，本是苏员外表弟之女，名唤玉娘。表弟夫妇早逝，苏员外将她收养。月前苏家亲生女儿与人私奔，苏家为遮丑，才让玉娘顶替出嫁。
陈允听得目瞪口呆，玉娘又道：“妾本不愿欺瞒相公，奈何姨父以养育之恩相挟。如今真相已明，相公若欲休妻，妾绝无怨言。”说罢泪如雨下。陈允怔了半晌，忽执其手叹道：“娘子何出此言！这些时日娘子温良贤淑，小生早已倾心。何况此事非娘子之过，我陈允岂是负心之人？”玉娘闻言，感动不已，二人执手相看，反觉心意更通。
谁知隔墙有耳，这番对话被窗外经过的丫鬟听去，报与苏夫人。苏夫人本就不喜这穷秀才，闻讯大怒，立时唤来陈允道：“你既已知情，我也不必隐瞒。玉娘虽非我亲生，却是我苏家养大，婚事原是我苏家恩典。如今你既无功名又无恒产，若想继续留在苏家，须立下字据，他日若得功名，不得另娶平妻。”陈允气极反笑：“岳母此言差矣！小婿虽贫，却知礼义。既娶玉娘，自当白头偕老，何须立据？”苏夫人冷笑道：“你今日说得轻巧，他日若高中，只怕...”
正争执间，苏员外踱步进来，闻知此事，沉吟道：“贤婿不必动怒。依老夫看，你不如搬出府去，自立门户。老夫赠你白银百两，若来日高中，再风风光光将玉娘接回，如何？”陈允知岳家势利，不愿久居，当即应允。玉娘闻讯，收拾细软要与丈夫同去，苏夫人却拦道：“你且留下！他若真有心，功成名就再来迎娶不迟。”陈允见岳母如此，也不多言，只对玉娘道：“娘子宽心，多则一年，少则半载，我必回来接你。”
当下陈允搬出苏府，在城东租了个小院，发奋苦读。谁知不过十日，忽有差役上门，道他涉嫌科场舞弊，锁到府衙。原来今科举子中有人贩卖考题，府尹追查时，在那举子家中搜出几封书信，竟有陈允落款。陈允连呼冤枉，府尹见证据确凿，不容分说先打三十大板，收监候审。
这日玉娘正在房中做针线，忽闻丈夫入狱，惊得魂飞魄散。求见苏员外相助，却见姨父面有难色：“此事牵涉科场大案，苏家不便插手。”玉娘跪地哭求，苏夫人冷笑道：“早说那穷酸不是良配，你偏不信。如今惹上官司，正好写封休书了事。”玉娘心如刀绞，返回房中思前想后，忽忆起生父在世时曾与按察使司李大人有旧，如今李大人正在南京任职，或可相助。
当夜玉娘取出私房钱，买通看守婆子，女扮男装溜出苏府。到得按察使衙门，却被告知李大人已调任浙江。玉娘顿足长叹，孤身站在秦淮河边，见画舫往来，笙歌不绝，自己却举目无亲，不由泪落如雨。正悲切间，忽听有人唤道：“这不是玉娘么？”回头见一老妪，仔细辨认，竟是幼时乳母张嬷嬷。
这张嬷嬷如今在秦淮河畔开了间茶肆，听玉娘诉罢遭遇，拍腿道：“小姐莫急！老身有个侄儿在府衙当书吏，明日便去打探消息。”次日张嬷嬷果然带来音信，说那贩卖考题的举子与陈允素不相识，所谓书信乃是伪造。玉娘稍安，又问：“可能设法探监？”张嬷嬷道：“府衙大牢管得甚严，须得打点。”玉娘当即取下金镯递过：“有劳嬷嬷打点。”
三日后，玉娘得以探监。见陈允遍体鳞伤，奄奄一息，抱住痛哭。陈允勉力道：“娘子不必悲伤，我...我怕是熬不过今秋了...”玉娘泣道：“相公若死，妾绝不独活！”忽灵机一动，“妾闻巡按御史不日将至，届时必重审冤狱。相公务必保重！”回茶肆后，玉娘求张嬷嬷收留，每日绣花卖钱，一面打探御史消息。
却说这日玉娘在茶肆帮忙，忽见几个官差进来吃茶。为首的总旗道：“王御史后日就到，府尹大人命我等加紧巡防，莫让刁民拦轿喊冤。”玉娘心中一动，待官差走后，向张嬷嬷道：“妾欲拦轿鸣冤，只怕未近前就被驱赶。”张嬷嬷沉吟道：“老身倒有一计。御史来时必经过聚宝门，我在那儿有间旧屋，小姐可提前藏身其中...”
到了那日，玉娘天不亮就躲在聚宝门旁小楼。巳时三刻，果见仪仗煊赫而来。待轿子将近，玉娘猛地冲出，高举状纸喊道：“民女有冤！”护卫刚要阻拦，轿中传出声音：“且住。”只见轿帘掀起，走出一位四十余岁的官员，正是巡按御史王守仁。王御史接过状纸细看，又见玉娘虽衣衫朴素却气度不凡，问道：“你为何人喊冤？”玉娘跪禀：“为夫陈允蒙冤入狱...”将前因后果细细道来。
王御史听罢，当即命随从带玉娘回衙，又传令重审科场案。三堂会审时，那贩卖考题的举子受不住刑，招出实情：原来他伪造书信乃是受苏员外指使。差役拘来苏员外，起初他还狡辩，直到玉娘出堂作证，方瘫软在地供认不讳。却是苏夫人嫌陈允贫寒，恐他日后借苏家势力得功名反欺主，故设此毒计。案情大白，陈允当堂释放，苏员外夫妇被判流刑。
夫妻劫后重逢，抱头痛哭。王御史见陈允才华不俗，留在身边做个幕僚。转眼过了年余，正值大比之年，陈允在王御史资助下进京赶考。放榜之日，果然高中进士，授了杭州府推官。赴任前，陈允携玉娘至苏府。此时苏家已败落，只剩个老管家看门。玉娘见旧宅萧条，叹道：“姨父姨母虽负我，终究有养育之恩。”陈允道：“娘子放心，我已打点过，让他们在流放之地少受些苦楚。”
二人行至秦淮河畔谢过张嬷嬷，启程赴任。这日船到苏州，忽遇狂风，只得泊岸暂避。陈允登岸闲逛，见码头围着一群人。近前看时，却是个老翁卖身葬女。那老翁须发皆白，怀中抱着个少女，面色青紫似是溺亡。陈允心生怜悯，正要施舍，忽听那少女咳嗽一声，竟悠悠转醒。围观者惊呼：“活了！活了！”
老翁喜极而泣，向陈允叩头道：“多谢官人！小老儿愿做牛做马...”陈允忙扶起，问起缘由。老翁道：“老汉姓周，本是绍兴师爷，带小女投亲不遇，盘缠用尽，小女一时想不开投了河...”陈允见他们可怜，邀至船上。玉娘取出干净衣物让周姑娘更换，又备热汤饭食。周姑娘梳洗后出来，竟是个清丽佳人，与玉娘相见，彼此都觉面善。
闲谈间，周师爷问知陈允是新科进士，赴任杭州，拍须笑道：“巧得很！老汉在杭州府衙当过十年刑名师爷，大人若不嫌弃，愿效犬马之劳。”陈允大喜，当即聘为幕僚。船抵杭州后，陈允交割官印，周师爷果然熟稔刑名，将政务处理得井井有条。
这日陈允升堂审案，有桩争产官司：城中富商钱某暴病身亡，留下万贯家财。钱某无子，只有原配所生一女，妾室所生一子。那妾室柳氏声称老爷临终前立下遗嘱，家产尽归其子。大小姐却道父亲死得蹊跷，遗嘱系伪造。双方各执一词，已闹了月余。
陈允细看遗嘱，见笔迹与钱某平日书法确有差异，便传钱家账房、管家问话。账房道：“老爷病重时，都是柳姨娘在旁伺候，遗嘱是小人亲眼所见...”管家却眼神闪烁：“那日小的在门外，仿佛听见...”话未说完，柳氏厉声道：“你这奴才，莫非受了什么人好处？”陈允察觉有异，暂将众人押下，退堂与周师爷商议。
周师爷道：“此事不难。大人可假称钱老爷托梦，已找到真遗嘱...”附耳低语一番。陈允依计，次日升堂道：“昨夜钱老爷托梦，说真遗嘱藏在书房《论语》夹页中。”差役去取，果然取回一封遗嘱，写明家产七成归女，三成归子。柳氏当即喊冤：“这遗嘱是假！”陈允拍案道：“你怎知是假？莫非见过真遗嘱？”柳氏语塞。陈允又传钱家郎中，那郎中原被柳氏收买，见事败露，只得招供：钱老爷实被柳氏下毒，遗嘱系柳氏逼迫所写。
案情既明，柳氏下狱。钱小姐叩谢青天，又呈上礼单。陈允婉拒道：“分内之事，何必言谢。”钱小姐道：“大人有所不知，先父与按察使李大人是故交。李大人前日来信，还提及大人。”陈允惊喜交集——这李大人正是玉娘生父旧友。当下回后堂告知玉娘，夫妻皆称奇缘。
转眼三年任满，陈允政绩卓着，升任扬州知府。这日携家眷赴任，船经镇江，忽遇水匪。十数只小舟围住官船，匪首跃上船头，钢刀直取陈允。危急时，周师爷挺身而出，竟使出一套拳法击退匪首。原来周师爷年轻时走过镖，后改行当师爷。众水匪见头领吃亏，纷纷跳水逃窜。
陈允惊魂甫定，向周师爷深施一礼：“不想先生还有这般武艺。”周师爷笑道：“江湖旧艺，让大人见笑。”玉娘却望着水匪逃遁方向蹙眉：“这些水匪进退有度，不似寻常贼寇。”正说着，舱中周姑娘捧出个包袱：“适才水匪中有人遗落此物。”打开看时，却是官驿文书并几封密信。陈允展信读罢，面色骤变：“难怪近年漕运屡屡失窃，原来有官匪勾结！”
到任扬州后，陈允不动声色，暗中查访。发现扬州卫所有个千总与漕帮勾结，专劫官粮。这日正欲详查，忽接密报：那千总已知事情败露，欲今夜举事。陈允忙召周师爷商议。周师爷道：“卫所兵变非同小可，须请巡抚调兵。”当即修书，命家丁连夜送出。
当夜三更，果然喊杀声起。乱兵包围府衙，箭如雨下。陈允率衙役死守，眼看大门将破，忽听城外号炮连天，巡抚亲率大军赶到。乱兵顷刻溃散，那千总被生擒。审讯之下，竟牵出布政使司某高官。此案震动朝野，陈允因功擢升按察副使。
时值中秋，陈允在庭院设宴。玉娘抚琴，周姑娘起舞，月色如水。周师爷多饮了几杯，击节歌曰：“十年江湖雨，一朝青天云。莫道风波恶，终见月华明。”歌罢忽老泪纵横。玉娘体贴，婉转问起缘故。周师爷叹道：“实不相瞒，老汉本名周彦，曾官至兵部主事。因得罪权贵罢官流落，怕连累小女，故隐姓埋名...”陈允夫妇唏嘘不已。
又过两年，陈允升任浙江按察使。赴杭州前，玉娘忽染重病，群医束手。陈允衣不解带侍奉汤药，这夜朦胧间见一老僧入梦：“夫人之病，非药石能医。城北栖霞庵有株百年梅树，取经霜梅蕊七钱，晨露煎服可愈。”陈允惊醒，连夜赶往栖霞庵。住持老尼听明来意，叹道：“此梅乃先师手植，向来不许人攀折。但为救人性命，破例一回。”取梅蕊时，老尼见陈允面容，忽问：“大人可识李按察？”陈允称是。老尼道：“三十年前，李大人曾在此庵避雨，与一女子有段姻缘。那女子后来产女而亡，女婴被苏家收养...”陈允大惊，回府问玉娘，玉娘道：“确听姨母说过，生母姓柳，生产时血崩而逝。”夫妇方知老尼所言不虚。玉娘服下梅蕊汤，果然病愈。
在杭州任上，陈允偶然翻看旧案卷，见有桩谋杀亲夫案疑点重重：死者孙某，屠户出身，其妻赵氏柔弱，却招认因口角杀夫。陈允亲审赵氏，那妇人目光呆滞，只求速死。查验凶器——一把屠刀，柄上确有赵氏指痕。但周师爷发现刀柄血迹有疑：若是赵氏行凶，握刀处不应有喷溅血点。陈允微服至孙家街坊查访，得知孙某平日嗜赌，欠下巨债。又访得孙某死前曾与赌场管事争执。再审赵氏，温言开导，赵氏方哭诉实情：那夜孙某欲卖女还债，争执间赌场派人索债，失手打死孙某，胁迫赵氏顶罪。
案情大白，真凶伏法。赵氏携女叩谢时，女孩颈间玉佩引起玉娘注意——竟与周姑娘所佩一模一样。细问之下，才知赵氏原是周师爷失散多年的妹妹。兄妹重逢，抱头痛哭。周师爷对陈允道：“大人于我周家恩同再造，小老儿愿来世结草衔环...”陈允忙扶住：“先生助我良多，何出此言。”
光阴荏苒，陈允官至刑部侍郎。这年携妻返京，船经扬州旧地，但见运河上千帆竞发，两岸商铺林立。忽有少年拦轿献诗，陈允见其文采斐然，问起来历，原是当年钱小姐之子，今科新中举人。陈允大喜，作书荐与国子监。玉娘在轿中望见，轻声笑道：“相公如今，也成慧眼识才的伯乐了。”陈允执其手道：“若非娘子当年秦淮河畔舍身相救，我早成冤狱之鬼，焉有今日？”夫妇相视而笑。
是夜泊船瓜洲，月色澄明。陈允与玉娘立于船头，见江涛浩渺，渔火点点。玉娘倚栏轻吟：“一叶浮萍归大海，人生何处不相逢。”陈允接道：“但使同心金石固，风波历尽月明中。”江风拂过，带来远处寺院的钟声，悠悠荡荡，仿佛在应和这人间佳话。