危机的警钟，以远比黄金航行更快的速度，通过电波的传递，率先抵达了帝国的心脏——南京。
当顾昭从那份翻译过来的、字字泣血的电报中，读到“无名之疫”与“已折损我部数百人”时，一种比当年在山海关下面对数十万敌军时，更加沉重的压力，瞬间笼罩了他的心头。
他知道，他最担心的事情，终究还是发生了。大航海时代，从来不是温情脉脉的诗与远方，它是文明的碰撞，是财富的掠夺，也是病毒的交换。印第安人曾经面对的灭族之灾，如今，已经以一种更加凶猛的方式，敲响了大明帝国的大门。
但顾昭，从来不是一个会在危机面前退缩的人。在他的字典里，危机，往往意味着机遇。
仅仅在收到电报的两个时辰之后，一个史无前例的机构，便以雷霆万钧之势，宣告成立——“帝国紧急防疫委员会”。
由工部尚书、帝国首席工程师孙元化，以及西山医学院的院长，一名来自佛罗伦萨的、对欧洲黑死病有着深入研究的医生——安东尼奥，共同领衔。委员会被授予了几乎不受限制的权力，可以调动帝国所有的医疗、海军、以及情报资源，以应对这场迫在眉睫的、看不见的战争。
然而，顾昭明白，仅仅依靠行政命令，是无法战胜这场危机的。真正的力量，源自于民众的理解与支持。他没有选择封锁消息，制造信息壁垒，因为他深知，未知所带来的恐慌，远比病毒本身更加致命。
他做出了一个让所有旧时代官僚都为之瞠目结舌的决定——公开一切。
三日后，《皇家日报》的头版头条，刊登了一篇由护国主顾昭亲自撰写的署名文章。
其标题，足以让整个帝国为之震动——《告全体公民书：我们与未知的战争》。
在这篇文章中，顾昭以一种前所未有的、坦诚到近乎残酷的笔触，将环球舰队在美洲的遭遇，原原本本地公之于众。他没有丝毫隐瞒黄金的发现，更没有丝毫粉饰瘟疫的恐怖。
他第一次，用最通俗易懂的语言，向全体国民，普及了来自另一个时空的科学概念。
“……在我们的世界中，除了我们肉眼可见的鸟兽鱼虫，还存在着一个我们无法看见的、充满了无数微小生灵的世界。朕愿称其为‘微生物’。它们中的一些，与我们和平共处；而另一些，则如同最凶残的虎狼，一旦侵入我们的身体，便会引发疾病，朕称其为‘病毒’。”
“我英勇的将士，在为帝国带回无尽财富的同时，也遭遇了来自新大陆的、一种我们前所未闻的‘病毒’。我们的身体，对于这种陌生的敌人，尚未形成有效的防御之法，朕称其为‘免疫’。这，便是我等面临的无名之疫的根源。”
“……恐惧源于未知，而科学，则是刺破未知的唯一利剑。朕在此，不为安抚，只为告知。朕要求每一位公民，从今日起，学习并严格遵守西山医学院颁布的《卫生防疫条例》，勤洗手，饮开水，不食生冷。这不是懦弱，这是我们作为一个文明整体，对抗未知敌人的第一道防线。”
这篇文章，如同一颗投入平静湖面的巨石，激起了整个社会的滔天巨浪。有过天花之灾惨痛经历的民众，在最初的恐慌之后，更多地是被顾昭那坦诚的态度，和文章中展现出的、那种被称为“科学”的、强大而理性的力量所折服。
一种全民动员的、紧张而有序的气氛，开始在帝国上下悄然形成。
而就在这股由危机催生出的、对“科学”的巨大关注，达到舆论最高点的时刻，顾昭，趁热打铁，抛出了他真正的、酝酿已久的宏伟蓝图。
南京，钦天监旧址。
这座曾经服务于皇权，用以观测星象、预言吉凶的古老建筑群，如今已被彻底清空。取而代之的，是一片热火朝天的巨大工地。
就在工地的中央，一场简朴而又无比庄严的奠基仪式，正在举行。
一块巨大的、由整块花岗岩雕琢而成的奠基石，被巨大的起重机缓缓吊起，准备嵌入地基。
而在奠基石前，站着一群足以代表这个时代、这个国家所有顶尖智慧的人物。
护国主，顾昭。他的身边，是满头白发，但精神矍铄的孙元化；是刚刚从民间被请来，神情还有些局促的《天工开物》的作者，宋应星；是金发碧眼，身穿大明官服的耶稣会士，汤若望；是来自英国的战俘，如今却被奉为座上宾的蒸汽机工程师，爱德华；还有首席大法官常宇，西山医学院院长等人……
他们代表着中、西、新、旧，代表着工程、物理、化学、天文、法律、医学……这个国家所有最聪明的头脑，在这一刻，都汇聚于此。
在万众瞩目之下，顾昭走上前台。他没有拿讲稿，只是环视着眼前的众人，以及更远处那些闻讯而来的、黑压压的市民。他的声音，通过一个原始的、利用共振原理制造的扩音器，清晰地传遍了整个广场。
“诸位，我们脚下的这片土地，曾是大明最神秘的地方之一——钦天监。在这里，我们的祖先，用肉眼和最原始的仪器，窥探着星空的奥秘，并试图从中，找到国家的命运。”
“他们的精神，值得尊敬。但他们的方法，已经落后于这个时代。”
顾昭的声音，陡然拔高，充满了斩钉截铁的力量。
“三百年前，当郑和的宝船在印度洋上宣扬国威之时，我们错过了继续向西，发现整个世界的机会，我们错过了海洋！一百年前，当利玛窦和徐光启合译《几何原本》之时，我们与一个名为‘科学’的、能够解释世界万物运行规律的伟大工具，擦肩而过！”
他的话，如同重锤，敲击在每一个人的心上。
“今天！就在这里！在这片曾经只为皇权服务的土地上！我要以中华护国主的名义，将原本松散的西山书院、军械总局、制图总局、医学院等所有研究机构，正式整合，成立一个属于这个国家的、至高无上的科研殿堂——大明国家科学院！”
他停顿了一下，目光如炬，扫过全场。
“从今往后，朕，将亲任第一任院长！我更要以护国主的名义宣布：‘科学’二字，将与‘国家’、‘民族’并列，成为我们这个共和国的、不可动摇的最高信仰之一！”
“我们尊崇孔孟，因为他们留下的典籍，教我们如何修身齐家，如何成为一个有道德的人！我们更要拥抱科学，因为它，教我们如何认识世界，如何改造世界！如何战胜饥饿、贫穷、以及像此次‘无名之疫’一样的未知之敌！如何让我们民族的这艘方舟，能够在这波涛汹涌、危机四伏的世界上，永远，永远地航行下去！”
话音落下，全场先是死一般的寂静。随即，爆发出山呼海啸般的掌声与欢呼！
在这一刻，一种新的思潮，一种新的信仰，被以国家最高意志的形式，强行注入了这个古老民族的灵魂深处。
奠基仪式之后，国家科学院立刻投入了运作。
其下属的数个研究院，也正式挂牌成立：
由孙元化领衔的“物理与工程研究院”，整合了原军械总局和所有工匠，负责能源、动力、机械等一切“格物致知”的领域。
由欧洲医生安东尼奥和数名中医圣手共同组建的“生物与医学研究院”，其首要目标，便是攻克一切瘟疫。
由宋应星主管的“化学与材料研究院”，将《天工开物》中的古老技艺，与来自西方的新化学理论相结合，目标是创造出更坚固的钢铁，和更强大的火药。
由汤若望负责的“天文与地理研究院”，将绘制更精确的星图与世界地图。
由首席大法官常宇领导的“社会与法律研究院”，则负责研究适应新时代的法律与社会制度。
而顾昭亲自签发、并由皇家银行拨付百万银元研发资金的、科学院的第一个“国家级重大攻关项目”，便是——彻底搞清楚美洲新病毒的真面目，并开发出有效的防治手段！
在南京郊外，一座由军队二十四小时看守的、最高安全等级的生物实验室内。
气氛凝重到了极点。
孙元化和安东尼奥，以及几名最顶尖的助手，都穿上了由多层浸油帆布和玻璃制成的、笨拙而怪异的全身防护服。
在他们的面前，摆放着一台由黄铜和水晶打造的、精密无比的仪器。那是一个简单的复合式显微镜，是顾昭根据后世的记忆，画出基本原理图，再由帝国最顶尖的工匠，耗费了无数精力，用最纯净的水晶，研磨出来的。
安东尼奥小心翼翼地，将一份从檀香山用冰块密封、星夜兼程送来的、来自病死船员的血液样本，涂抹在了薄薄的玻璃片上，然后，将其放在了显微镜的镜头之下。
年过花甲的孙元化，颤抖着，将自己的眼睛，凑到了目镜之上。
下一秒，这位一生都在与机械、建筑和物理定律打交道的帝国首席科学家，如遭雷击般，猛地僵在了原地。
他的呼吸，变得无比急促。
“天……天哪……”他发出了不敢置信的、梦呓般的呻吟。
“孙公，您看到了什么？”安东尼奥紧张地问道。
“一个……一个世界……”孙元化的声音带着无尽的震撼，“一个全新的、从未被任何人想象过的、由无数微小生灵组成的世界！它们……它们在动！就在这滴血里！如同……如同夜空中的星辰般繁多！”
他让开了位置，让安东尼奥也上前观察。
当安东尼奥看到那个微观世界时，这位见多识广的欧洲医生，也忍不住在胸前画了一个十字。
他们看到了。
在那些正常的、圆盘状的血细胞之间，漂浮着无数微小的、闪烁着诡异光芒的、他们无法理解的“微粒”。它们就像是一群微缩的、贪婪的蝗虫，正在疯狂地侵蚀、破坏着那些红色的细胞。
虽然他们还不知道那是什么。
但他们知道，他们找到了敌人。
那个看不见的、给环球舰队带来死亡与绝望的幽灵，第一次，在人类的面前，显露出了它模糊而又狰狞的身影。
一个全新的科学领域——微生物学，在这一刻，伴随着巨大的危机，和一个帝国的强力推动，正式诞生了。
战争，进入了新的阶段。